与秀荣对决后，秀甫的心情却并未特别舒畅，他一生至力于消除棋坛的门户界限以令棋道振兴，现在却是形成了自己一手创立的方圆社与本因坊家的对立。然而他这烦恼并未持续很久，本因坊秀荣在明治十九年即西历1886年，出人意料地向秀甫提出了本因坊与方圆社合作的建议，并请秀甫担任本因坊家的掌门。
秀荣会有此提议，对他的见识与胸襟确实也是值得一赞，这样既避免了持续对立而两败俱伤的危险，又达成了秀甫团结棋坛人士共同振兴棋道的理想。更重要的是，秀甫毕竟也是本因坊一门出身，能回到本因坊并接任掌门，对他来说实是已喜出望外。合作很快便顺利达成了，村濑秀甫于明治十九年即西历1886年，成为了本因坊家新的家主，然而，上天似乎总是不愿成人之美，本因坊秀甫做上掌门未及百天，竟因心脏病发作而逝世，本因坊一门上下哀痛之余，再次以秀荣出任家主，秀荣遂复为第十九任本因坊，更进而成为名人，直至明治三十九年1906年病故。
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