最近在为自己的课题疯狂找数据，头发都差点想变白哈哈哈哈哈哈哈！
这不，我找啊找啊找啊找，发现一篇或许可能对大家也有用的文章，里面汇总了超多的数据库资源！大家快来看看有没有自己需要的呐！万一有一个这不就可以美滋滋用上了嘛！哎嘿嘿嘿嘿嘿！
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详情简介
2024年的《Nucleic Acids Research》数据库专刊涵盖了来自生物学及其相关学科的180篇论文，其中90篇聚焦于新数据库的发布，83篇是针对以往发布资源的更新进行报告，此外还有7篇涉及其他期刊中数据库资源的最新更新。
核酸数据库包括提供结构信息的NAKB，以及GenBank、ENA、GEO、Tarbase和JASPAR等的更新。本期的突破性文章为一种用于新型原核蛋白家族的数据库（NMPFamsDB），AlphaFold蛋白质结构数据库也进行了重要升级。在代谢研究领域，Reactome、WikiPathways和Metabolights等数据库也有新的进展；微生物方面则由RefSeq、UNITE、SPIRE和P10K提供支持；病毒相关的资源包括ViralZone和PhageScope。医学领域中，COSMIC、DrugBank和TTD等我们比较熟悉的数据库也有新功能；基因组学相关资源则涵盖了Ensembl、UCSC Genome Browser和Monarch。此外，植物成像（如OPIA和PlantPAD）以及作物研究数据库（包括SoyMD、TCOD和CropGS-Hub）也有新增资源。
整期数据库专刊可在《Nucleic Acids Research》官网上免费获取（https://academic.oup.com/nar）。过去一年间，NAR在线分子生物学数据库集合已更新，共审查了1060条目，新增97个资源，同时移除了388个已停用的URL，当前总数达1959个数据库，该集合可通过 http://www.oxfordjournals.org/nar/database/c/ 访问。
NAR 发布的新数据库
| 数据库名称 | URL | 简要描述 |
|---|---|---|
| A3D Model Organism Database | http://biocomp.chem.uw.edu.pl/A3D2/MODB | 模式生物蛋白质组的聚集预测 |
| ABC-HuMi | https://www.ccb.uni-saarland.de/abc_humi/ | 人类微生物群体中的生物合成基因簇 |
| ADC-DB | https://idrblab.org/adcdb/ | 抗体-药物偶联物数据库 |
| AgeAnnoMO | https://relab.xidian.edu.cn/AgeAnnoMO/#/ | 动物衰老的多组学数据 |
| AGIDB | https://agidb.pro/ | 动物基因型插补数据库 |
| AnimalMetaOmics | https://yanglab.hzau.edu.cn/animalmetaomics# | 动物微生物组的多组学数据 |
| ATLAS | https://www.dsimb.inserm.fr/ATLAS | 蛋白质动力学ATLAS数据库 |
| BioExcel-CV19 | https://bioexcel-cv19.bsc.es/#/ | 新冠病毒蛋白的分子动力学研究 |
| BioKA | https://ngdc.cncb.ac.cn/bioka | 动物生物标志物资源库 |
| CancerProteome | http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/CancerProteome | 癌症蛋白质组数据库 |
| CASpedia | http://caspedia.org | 二类CRISPR相关酶 |
| CDS-DB | http://cdsdb.cloudna.cn/ | 癌症药物诱导的基因表达特征数据库 |
| CellCommuNet | http://www.inbirg.com/cellcommunet/ | 基于单细胞RNA测序的细胞间通讯分析 |
| CellSTAR | https://idrblab.org/cellstar | 单细胞转录组注释资源 |
| cfOmics | https://cfomics.ncRNAlab.org/ | 无细胞多组学数据库 |
| ClinicalOmicsDB | http://trials.linkedomics.org/ | 癌症临床试验的转录组学数据 |
| COLOCdb | https://ngdc.cncb.ac.cn/colocdb | 性状和表型的跨模型共定位 |
| COV2Var | http://biomedbdc.wchscu.cn/COV2Var/ | 新冠病毒基因变异及其影响 |
| CropGS-Hub | https://iagr.genomics.cn/CropGS/ | 作物基因型与表型数据库 |
| CROST | https://ngdc.cncb.ac.cn/crost | 空间转录组学综合资源库 |
| dbAPIS | https://bcb.unl.edu/dbAPIS | 抗原核生物免疫系统基因数据库 |
| DDA | http://www.bioinformaticspa.com/DDA/ | DNA损伤图谱 |
| DiSignAtlas | http://www.inbirg.com/disignatlas/ | 基于单细胞和大规模转录组数据的疾病特征 |
| DRMref | https://ccsm.uth.edu/DRMref/ | 基于单细胞数据的癌症药物抗性机制 |
| EndoQuad | https://EndoQuad.chenzxlab.cn/ | 实验和预测的DNA G四链体结构 |
| eRNAbase | http://bio.liclab.net/eRNAbase/index.php | 人类和小鼠的增强子RNA数据库 |
| FL-circAS | https://cosbi.ee.ncku.edu.tw/FL-circAS/ | 环状RNA的全长序列和剪接信息 |
| FLIBase | http://www.flibase.org | 癌症和正常组织中的全长异构体数据库 |
| FusionNeoAntigen | https://compbio.uth.edu/FusionNeoAntigen | 融合基因特异性新抗原数据库 |
| FusionPDB | https://compbio.uth.edu/FusionPDB | 融合蛋白注释数据库 |
| gcPathogen | https://nmdc.cn/gcpathogen/ | 全球病原体目录 |
| GDPF | http://bioinfo.qd.sdu.edu.cn/GDPF/ | 蛋白质家族的全球分布 |
| HALL | https://ngdc.cncb.ac.cn/hall/index | 人类衰老和长寿景观数据库 |
| HervD Atlas | https://ngdc.cncb.ac.cn/hervd/ | 人类内源性逆转录病毒与疾病的关联 |
| HHCDB | http://hhcdb.edbc.org/ | 人类异染色质区域数据库 |
| IMG/PR | https://img.jgi.doe.gov/pr | 质粒序列数据库 |
|---|---|---|
| IMP | https://www.bic.ac.cn/IMP | 综合药用植物组学 |
| iNClusive | https://non-canonical-aas.biologie.uni-freiburg.de/ | 非标准氨基酸数据库 |
| M2OR | https://m2or.chemsensim.fr/ | 分子到嗅觉受体数据库 |
| MACC | http://macc.badd-cao.net/ | 代谢物相关的细胞通信知识库 |
| MAJIQlopedia | https://majiq.biociphers.org/majiqlopedia/ | 人类剪接位点数据库 |
| MAMI | https://bioinfo.biols.ac.cn/mami/ | 母婴微生物组图谱 |
| MethMarkerDB | https://methmarkerdb.hzau.edu.cn/ | 癌症DNA甲基化生物标志物数据库 |
| mHapBrowser | http://mhap.sibcb.ac.cn/ | DNA甲基化单体型浏览器 |
| MINRbase | http://cm.jefferson.edu/MINRbase/ | 核糖体RNA片段数据库 |
| MultifacetedProtDB | https://multifacetedprotdb.biocomp.unibo.it/ | 多功能蛋白质数据库 |
| ncRNADrug | http://www.jianglab.cn/ncRNADrug | 靶向药物的非编码RNA数据库 |
| NMPFamsDB | http://www.nmpfamsdb.org/ 或 https://bib.fleming.gr/NMPFamsDB | 新型宏基因组蛋白家族数据库 |
| NAKB | https://nakb.org | 核酸知识库 |
| Open Genes | https://open-genes.org/ | 与衰老和长寿相关的人类基因数据库 |
| OPIA | https://ngdc.cncb.ac.cn/opia/ | 开放植物图像存档 |
| P10K | https://ngdc.cncb.ac.cn/p10k/ | 原生动物万基因组项目 |
| PGS-depot | http://www.pgsdepot.net | 多基因风险评分数据库 |
| PhageScope | https://phagescope.deepomics.org | 噬菌体数据库 |
| PharmGWAS | https://ngdc.cncb.ac.cn/pharmgwas | 药物再利用的基因组关联研究 |
| PigBioBank | http://pigbiobank.farmgtex.org | 猪基因型与表型数据库 |
| PLAbDab | https://opig.stats.ox.ac.uk/webapps/plabdab/ | 专利和文献抗体数据库 |
| PlantPAD | http://plantpad.samlab.cn | 植物图像表型组学与疾病数据库 |
| PMhub | https://pmhub.org.cn | 植物代谢物中心 |
| PPGR | https://ngdc.cncb.ac.cn/ppgr/ | 多年生植物基因组和调控资源 |
| PRMD | http://bioinformatics.sc.cn/PRMD | 植物RNA修饰数据库 |
| RAVAR | http://www.ravar.bio | 稀有变异关联库 |
| RefMetaPlant | https://www.biosino.org/RefMetaDB/ | 植物参考代谢组数据库 |
| Ribocentre-switch | https://riboswitch.ribocentre.org | 核糖开关：序列、结构、功能与应用 |
| RVdb | http://rvdb.mgc.ac.cn | 鼻病毒数据库 |
| SCAN | http://scanatlas.net | 神经细胞时空云图集 |
| SCAR | http://8.142.154.29/SCAR2023 | 单细胞和空间分辨癌症资源库 |
| scGRN | https://bio.liclab.net/scGRN/ | 人类和小鼠单细胞基因调控网络 |
| scPlantDB | https://biobigdata.nju.edu.cn/scplantdb | 植物单细胞RNA测序数据集 |
| scQTLbase | http://bioinfo.szbl.ac.cn/scQTLbase | 单细胞QTL数据库 |
| scATAC-Ref | https://bio.liclab.net/scATAC-Ref/ | 单细胞ATAC-seq数据 |
| scTEA-db | http://www.scTEA-db.org | 基于单细胞的末端外显子注释数据库 |
| SilkMeta | http://silkmeta.org.cn | 蚕全基因组和多组学数据库 |
| SingPro | http://idrblab.org/singpro/ | 单细胞蛋白质组数据库 |
| SLKB | https://slkb.osubmi.org | 合成致死知识库 |
| SORC | http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/SORC | 癌症空间组学资源 |
| SoyMD | https://yanglab.hzau.edu.cn/SoyMD/#/ | 大豆多组学数据库 |
| SPDB | https://scproteomicsdb.com/ | 单细胞蛋白质组学知识库 |
| SPIRE | https://spire.embl.de | 可搜索的全球微生物组资源库 |
| StemDriver | http://biomedbdc.wchscu.cn/StemDriver/ | 基于单细胞RNA测序的造血干细胞分化研究 |
| STOmicsDB | https://db.cngb.org/stomics/ | 空间转录组数据库 |
| TargetGene | https://ngdc.cncb.ac.cn/targetgene/ | 人类遗传变异靶基因数据库 |
| TCOD | https://ngdc.cncb.ac.cn/tcod | 热带作物组学数据库 |
| Telobase | http://cfb.ceitec.muni.cz/telobase/ | 端粒序列数据库 |
| TETSS | http://xozhanglab.com/TETSS | 转座子衍生的转录起始位点数据库 |
| TheMarker | https://idrblab.org/themarker | 治疗性生物标志物数据库 |
| UniTmp | http://www.unitmp.org/ | 跨膜蛋白结构与拓扑数据库 |
| UTexas Aptamer Database | https://sites.utexas.edu/aptamerdatabase/ | 适配体数据库 |
| VarEPS-influ | https://nmdc.cn/influvar/ | 流感病毒变异风险评估系统 |
| ZEBRA | https://www.ccb.uni-saarland.de/brain_atlas | 脑单细胞基因表达图谱 |
其他期刊发布的数据库
| 数据库名称 | URL | 简要描述 |
|---|---|---|
| BATMAN-TCM | http://bionet.ncpsb.org.cn/batman-tcm/ | 中医分子机制的生物信息学注释数据库 |
| circAtlas | https://ngdc.cncb.ac.cn/circatlas/ | 脊椎动物环状RNA数据库 |
| circRNADisease | http://cgga.org.cn/circRNADisease/ | 环状RNA与疾病数据库 |
| m7GHub | http://www.rnamd.org/m7GHub2 | mRNA的N7-甲基鸟苷（m7G）位点数据库 |
| OrthoMAM | https://orthomam.mbb.cnrs.fr/ | 哺乳动物直系同源基因的精确比对数据库 |
| TPIA | http://tpia.teaplants.cn | 茶树信息档案 |
| TFcheckpoint | https://www.tfcheckpoint.org/index.php | 人类、小鼠、大鼠转录因子数据库 |
真的是好多好多好多数据库呐！反正我是有点眼花缭乱呜呜呜呜呜呜呜！如果对大家可以有一丢丢帮助的话，那我今晚一定可以做个好梦！就不用累呼呼去大战外星人了哈哈哈哈哈哈哈哈！
文末碎碎念
那今天的分享就到这里啦！我们下期再见哟！
最后顺便给自己推荐一下嘿嘿嘿！
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参考资料
Rigden DJ, Fernández XM. The 2024 Nucleic Acids Research database issue and the online molecular biology database collection. Nucleic Acids Res. 2024;52(D1):D1-D9. doi:10.1093/nar/gkad1173
