明治十二年即西历1878年，本因坊秀悦引退，由其弟秀元接任家主之位。秀元与长兄有几分相似，弈棋资质不算差，但性格上存在一些问题，心胸有些狭小，又好酒贪杯，作为掌门人实在很难振兴门户。因此，没过几年，林秀荣便让秀元引退，自己再度改回本因坊之名，接掌本因坊一门，同时秀荣将林家也合并进本因坊一门，林一门的历史便至此结束了。而秀元便从此一直过着退休生活，直到二十多年后的明治四十年，雁金准一和田村保寿争夺掌门之时，为了维护本因坊家的安定，秀元在决定新家主之前再次做了一年的第二十任掌门，直到传位给田村保寿。
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