当前，随着洪水退去，琼海也进入了灾后防疫的重要时期。从10月31日开始，海口、文昌、临高、澄迈四个市县携带消杀器械及物资支援琼海，逐村逐点开展环境消杀、饮用水卫生监测、病媒和传染病监测等重点工作，全力确保大灾之后无大疫。
在中原镇乐群村委会敖内村，文昌市支援琼海灾后防疫工作消杀人员联合琼海卫健委、疾控中心、镇卫生院工作人员开展水井消杀工作。
洪涝灾害发生后，水源容易受到细菌、病毒、寄生虫卵的污染，因此饮用水科学消毒非常关键。水中余氯含量代表水消毒的效果，对于井水来说，如果是持续使用的井水，可以采取持续消毒法或者按时投放消毒剂，才能保证饮水的安全。
在消杀过程中，做到先清理、后消毒。首先清理水井周边树枝、杂物等垃圾，随后根据井水的深度和出水量，投放足量的消毒药片，投放消毒剂半小时后，测试井水余氯量，确保余氯量大于0.5毫克/升以上，并抽水清洗后使用。
为全面做好灾后卫生防疫工作，多个兄弟市县也陆续支援琼海开展全面消杀，预防传染病的发生。在省疾控局的统一协调和支持下，从10月31日开始，海口、文昌、临高、澄迈四个市县共55人10辆车携带消杀器械及物资支援琼海，主要负责龙江、石壁、万泉、中原、博鳌以及乐城先行区的灾后卫生防疫工作。
在此次洪水逐渐消退后，琼海疾控部门根据受灾情况优化整合抗灾救灾力量，组建多支卫生防疫小组，分别到受灾镇村开展卫生防疫工作。针对全市被洪水淹过的区域开展饮用水消毒、病媒监测和传染病监测，指导群众做好居住地环境消杀，要求全市每个医疗机构每天上报发热跟腹泻病例情况，根据病例的实际统计数据实时监测研判，警惕传染病流行。
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