秀甫逝世，秀荣重新成了本因坊的掌门，而方圆社则由原先的副社长、本因坊丈和之子中川龟三郎接任社长。就这样又过了十数年的岁月，中川龟三郎退休，方圆社的社长之位便交给了安井家门下出身的岩崎健造。
岩崎健造颇有经营的手腕，在他的运作下，方圆社繁荣更胜往日。但岩崎颇为刚愎自用，而且为人处事不大考虑他人的心情，因此人缘并不很好，方圆社新人中的精英雁金准一便是由于这个原故而退社投奔了本因坊家。本因坊秀荣原本就非常看好准一，如今雁金准一竟自己跑来给自己做门人，当然欣喜不已。遂将其收为爱徒，尽心尽力进行指导，在自己临终时，更留下遗命让雁金接掌门户。
然而，由于只是口头遗命，这遗命的效力并未得到特别广泛的认同，实际上，秀荣弟子中另有一位强者，实力更在雁金准一之上，这便是后来改名秀哉的田村保寿，只是秀荣和保寿师徒关系一直不好，但以保寿之棋力，确也有成为新掌门的资格。因此两人各有相当的支持者，新家主的人选一直悬而不决，以致秀元只得复出，做了一段掌门，直到田村保寿击败围棋同志会会长中川千治，确定新掌门资格为止。那中川千治原本是方圆社副社长，也是因为不满岩崎社长的专断才自立门户退社的。能击败实力派人物中川，证明田村保寿的实力确实相当强劲，凭这一战，田村保寿得到了本因坊二十一代目的座位，从此改名为本因坊秀哉，这时正是明治四十年的西历1908年，又数年后的大正三年即西历1915年，本因坊秀哉升位名人。
这时候的日本棋坛，论实力虽然无疑是秀哉名人稳坐龙头，论人望则未必有那么绝对了。秀哉虽然有能力也有见识，但思想颇为古旧，加上身为名人，时常也是以居高临下之姿态面对同道，故而对秀哉不满的棋士也是大有人在。各种组织不断成立，令整个圈子呈现分裂的局面。不过世事总是十分难测的，西历1923年即大正十二年，关东大地震的发生，却为棋坛重新带来了统一。
当时的日本正是不断发展当中，棋坛各门派无论运营状况好坏，吃饭都不是什么问题，而在大地震发生后，各家都遭受重创，面对生存危机，这时，大仓财团的总帅、当时的显贵财阀大仓喜七郎向棋士们伸出了援手，而资助棋坛的同时，他也表示了希望棋士们团结合作才是他相助的前提。在大仓男爵的促成下，日本棋院终于成立起来，本因坊一门与方圆社都合并至棋院中，日本棋坛真正的统一机构终于产生了。之后虽然又有雁金准一等高手实在无法忍受居于秀哉之下而离开棋院成立棋正社，但那也不过是与秀哉私怨带来的个别现象而已了。日本棋院就这样成为了日本围棋的中枢，一直到今天也没有改变。
日本棋院成立，本因坊秀哉的地位并没有什么实质上的变化，毕竟以实力而言，棋坛仍是没有人可以和他相比的，虽然原方圆社出身的濑越宪作和铃木为次郎也是超一流的高手，但与秀哉相比终究差了半筹，令秀哉头痛的，却是两名辈份更低的年轻人，那便是铃木的弟子木谷实和濑越的弟子——来自中国北京的少年吴清源。
木谷从出道之后一直是新锐中的精英，在棋院与棋正社的对抗赛中，他以一介后辈的身份曾连续击败包括雁金在内的棋正社多位成名人物而引起轰动；吴清源则更以怪招迭出挫败无数强者，到了日本后，1929年初次和木谷交手时，便开创了执黑以天元开局后下模仿棋的战法（这模仿棋在当时引起了相当大的争议，但最终人们都认同了这也是一种战术而非耍赖的招术，后来的围棋高手藤泽朋斋更将模仿棋加以研究，开创了模仿棋战法的专门流派）。而木谷实和吴清源在对行棋理念的见解上面更是有着同样超越传统的思路，两人在各自的比赛中使用新布局手法获得良好战绩后，合著《新布局法》一书，大胆地推广全新的重视速度和行棋效率的布局思想。这当然会令传统势力代表人物的秀哉名人看着不顺眼，连吴和木谷的恩师濑越与铃木也不满意两人的反传统。在传媒界的促成下，一场两位弟子对两位师傅的新旧战术对抗相谈棋战于1935年展开，结果是以两位年轻人的获胜落下帷幕。尽管如此，新布局在当时仍不为多数正统棋士所接受，但其价值毕竟是无法抹杀的，在今天的围棋比赛中，新布局已相当广泛地被使用。能够创出新的战略思想，吴清源和木谷实的伟大之处也正在于此。
西历1938年即昭和十三年，本因坊最后一代家主、同时也是最后一位名人秀哉的退休战展开。经预赛获得挑战权的正是新锐棋士木谷实，这场较量因为秀哉的身体带病而中断过两次，虽只一局棋，但从开局到终盘经过了半年的时间，结果是以本因坊秀哉的败北告终。一年后，秀哉名人去世，本因坊一门四百年的历史，也终于落下了大幕。时至今日已是七十多年了，本因坊一门的历史虽然离我们远去，但那些棋圣和名人们的风彩，将永远被后人怀念……
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