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看下面这篇NC的论文，整合GWAS和eQTL数据，从SNP水平出发分析哪些基因的表达变化会导致某些疾病的发生就是一篇NC：
非常简单。因为还很热，所以很好发。所以小编今天教大家一键完成这个孟德尔分析，得到：49个组织中任意基因的表达水平与任意疾病的因果关系，发一篇Nature。
小鼠实验都不用做了，直接就知道该组织中该基因增加是否会导致疾病的发生。下面看操作：
一、snp提取：
先去（49个组织的eqtl数据，该数据来源于GTEX数据库，我们已经给大家处理好了，能直接读取和提取数据）下载自己想要的组织的eqtl数据，随后将我们给大家的代码和该文件放在同一个文件夹下，如下：
打开代码后，一键运行（修改你的工作路径和读取文件名就行），运行完代码后就可以得到每个基因的eqtl数据，一个all_genen文件，和每一个基因会有一个文件夹（正常情况下，血液中会提取到1万多个基因有snp，也就是会有1万多个文件夹，我这里仅仅显示3个基因3个文件夹给大家看看），如下：
二、提取影响基因表达量的snp：
那我们提取了基因的snp之后，我们要知道哪些snp会影响该基因的表达量。如下（需要你修改工作路径哦）：
这里使用连锁不平衡参数（R平方＞0.2和遗传距离为100kb，有些SCI是用0.1，有些是0.2，所以我这里选用的0.2）筛选影响每个基因表达水平的SNP。一键运行后，你就会得到snp影响基因表达量的基因文件，如下示例A3GALT2_expo_rt.txt文件就是说明A3GALT2基因的SNP是可以影响A3GALT2表达量水平的（这只是示例，实际上基因snp能影响该基因表达量的应该有大几千个，运行时间大约为24小时，普通电脑也可以运行的）：
这些_expo_rt.txt结尾的基因文件就是我们后面用来做孟德尔随机化分析的文件（我这里仅用A3GALT2_expo_rt.txt作为示例演示）。
二、孟德尔随机化分析：
接下来，我们要看影响了A3GALT2表达量的SNP能不能导致我们疾病的发生。对于疾病文件的选择，你可以从芬兰数据库中选取任意疾病做后续的分析（芬兰数据库R10的数据我们都给大家整理好了，一共2408种疾病，点击即可下载）。
我们从R10下载自己任意想要的疾病数据即可，比如我要下载上图里面的数据，复制链接到网页就自动下载了：
我这里以我们前面得到的A3GALT2_expo_rt.txt的SNP对心源性哮喘finngen_R10_ALLERG_ASTHMA.gz为例（我这里仅以这个基因为例，真实上你会得到几千个基因的文件夹，该代码是循环的，一键批量运行的）：
一键运行代码，你就可以该血液中基因表达量增加是否会导致过敏性哮喘的发生：
就搞定了，对于结果的解读，非常简单，如果你不懂。小编给你准备了这份中文文献：
一模一样的操作，他们只是做了lncRNA与肺腺癌的因果关系。有了我们这份代码和工具你可以做任何组织中任何基因与任何疾病的因果关系，你也可以照着模仿写作，结果出的好就是一篇5-10分的SCI。结果不好就跟上面一样发篇中文的。
好了，总结一下，你只要有了我们给大家分享的代码和工具就能天下无敌。你如果能一次性分析完（GTEX数据库中有49个组织，芬兰数据库R10中有2408个疾病，49乘以2408。一个组织一个疾病跑一次代码，你如果想一次性做出来，你需要跑117992次代码），我觉得发篇Nature都是可以的。
一键eqtl孟德尔随机化分析代码和工具免费分享给大家：
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顶级CNS插图如下：
但是自己画一只小鼠可能需要花一整天的时间。
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可以随意修改颜色：
也可以随意修改大小：
Ctrl+c和V复制粘贴到自己的画板中，并对齐：
随后画一条线，示意要D369打药：
随后添加字体，这样审稿人一看就知道你做了什么动物模型。
最后保存和导出，一定要记得保存，保存就是矢量图了，以后还能修改。导出就是导出为图片，用来讲PPT或者投稿。
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还有，我们下载的素材，也可以右键取消分组：
然后修改任何一个你想要修改的元素，比如修改液体的颜色：
也可以将注射器放在背上，模拟皮下注射：
还可以将小鼠变为黑色：
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三、各种Nature插图原图：
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