微生物教学工作中，关于真核微生物这一章节主要讲的是真菌。教材一般将真核微生物分为植物界的显微藻类、动物界的原生动物和菌物界，而菌物界又包括真菌、黏菌和假菌。真菌的分类不仅让学生迷糊，很多老师其实也不甚了解，上课时一笔带过以防出错。为了搞清楚这个基本概念，查了一点资料，如有错误之处，留言指出。地球生物的分类是一门庞大复杂且在不断更新发展的学科，真菌的分类工作尤甚，而从事真菌学研究的工作人员的丰度和多样性远远低于真菌的丰度和多样性。1969年Whittaker提出的五届分类系统影响很大，将生物分为动物界、植物界、原生生物界、真菌界和原核生物界。在这五届分类系统中，真菌界的范围和内涵有一定歧义，特别是黏菌、卵菌等归属问题。1981年Smith等人提出藻物界和六届分类系统，将卵菌从真菌界调到藻物界，将黏菌从真菌界调到原生动物。我国裘维蕃院士在90年代初提出了“菌物”的概念，认为把Fungi一词翻译为“菌物”，而把“真菌”一词让位给True fungi更为合理，由于卵菌Oomycetes已经被归隶于“假菌界”（Chromista），成为一个门（Oomycota），而粘菌则归隶于“原生动物界”（Protozoa），都已经不在“真菌”范畴之内，因此把Fungi译成“菌物”，其意义更为确切，指代包括真菌和类似真菌的生物，中国的真菌学会也正式更名为中国菌物学会。那真菌和假菌包含哪些门类呢？《Dictionary of the Fungi》，译为《菌物词典》，是国际上认可的真菌权威著作，目前为第十版（2008）（文末可下载）。其中对真菌和假菌的定义如下：Fungi.: Kingdom of Eukaryota; the true fungi. 6 phyla. Eukaryotic organisms without plastids, nutrition absorptive (osmotrophic), never phagotrophic, lacking an amoeboid pseudopodial phase; cell walls containing chitin and β-glucans; mitochondria with flattened cristae and peroxiomes nearly always present; Golgi bodies or individual cisternae present; unicellular or filamentous and consisting of multicellular coenocytic haploid hyphae (homo- or hetero-karyotic); mostly non-flagellate, flagella when present always lacking mastigonemes; reproducing sexually or asexually, the diploid phase generally short-lived, saprobic, mutualistic, or parasitic. The organisms studied by mycologists, fungi, are mostly placed here, but other belong to the kingdoms Chromista and Protozoa (see Kingdoms of fungi, Phylogeny). Some authors use Eumycota as the kingdom name which has the advantage of avoiding confusion with 'fungi’(e.g. Barr, 1992). The kingdom name Fungi is retained by Cavalier-Smith (1993) and Corliss (1994); as most fungi belong here, and as the name Fungi is immediately familiar to most students, we retain that here. Various arrangements and ranks have been proposed for the main groupings of Fungi. The rank of phylum is adopted here as that is currently almost universally used (Barr,1992; Bruns et al., 1992; Corliss, 1994; Kendrick, 1992) and was already advocated by von Arx (Sydowia 37:1,1984); some authors nevertheless prefer lower ranks, e.g. classes (Nishida & Sugiyama, Molec.Biol. Evol. 10:431, 1993). The 6 phyla accepted here are: (1)Ascomycota, (2)Basidiomycota, (3)Chytridiomycota, (4)Glomeromycota, (5)Microsporidia, (6)Zygomycota真菌：真核生物界，the true fungi，含6个门类。无叶绿体、营养吸收，不摄食营养，无变形伪足期；细胞壁含有几丁质和β-葡聚糖；线粒体有扁平嵴，大多有过氧化物酶体，有高尔基体；单细胞或丝状多细胞组成；通常无鞭毛，如果有鞭毛则总是缺少鞭毛丝；有性或无性繁殖，二倍体阶段通常很短暂，腐生的、共生或寄生。真菌学家所研究的真菌大部分都在这里，但其他还包括菌藻界和原生动物界，一些学者使用Eumycota作为界名，避免与“fungi”混淆。Fungi即真菌界的名称由Cavalier-Smith(1993)和Corliss(1994)保留，因为大多数真菌都属于真菌界，而且这个名字对大多数学生来说都很熟悉，所以本词典选择保留这个名称。对真菌界的主要分类曾有很多争论，这里采用门的等级，并且已经被von Arx所倡导。一些作者更喜欢较低的等级，例如纲等。本词典接受的6个门是(1)Ascomycota子囊菌门，(2)Basidiomycota担子菌门，(3)Chytridiomycota壶菌门，(4)Glomeromycota球囊菌门，(5)Microsporidia微孢子菌和(6)Zygomycota接合菌门。Pseudofungi：A subdivision in the Chromista; including the fungi treated as belonging to the oomycetes in a broad sense, and as Oomycota, Hyphochytriomycota, Labyrinthulales and Thraustochytriales in this edition of the Dictionary.假菌：菌藻界的一个分支，包括广义上属于卵菌的真菌，以及本词典中的卵菌门、丝壶菌门、网粘菌目和破囊壶菌目。由此，现在的共识如下：菌物是指由真核生物域原生动物界（Protozoa）中的黏菌（slime moulds），菌藻界（Chromista）中的假菌（pseudofungi）等以及真菌界（Fungi）中的全部成员。目前关于假菌的综述性论文不多，反正我没怎么查到，黏菌可参考陈双林老师的综述《黏菌分类学史研究》。总体而言，现在的真菌学科发展仍然任重而道远，分类学、系统进化、培养、多样性保护及资源开发和应用等方面研究尚有诸多空白。也许在不久的将来，基于基因组的分析比对能为物种的分类和界定提供黄金指标。植物系统学家Michael Donoghue曾这样描述他的梦想：未来的某天，人类将发明出手机大小的装置来鉴定和搜集物种的基因组信息，任何一个人都可以即时知道他面对的生物的各种属性和系统学位置！菌物有三界，人亦三界中，真真假假不知晓，春花秋月多烦恼。刘杏忠,刘润进,裘维蕃.菌物之概念[J].植物病理学报,1993,(04):3-5裘维蕃.对菌物学进展的前瞻[J].真菌学报,1991,(02):81-84陈双林.黏菌分类学史研究[J].菌物学报,2023,42(01):38-49李利,陈莎,余知和.微生物学教材中真核微生物教学内容更新的思考[J].生物学杂志,2020,37(02):119-122.Ainsworth G C. Ainsworth & Bisby's dictionary of the fungi[M]. Cabi, 2008.Richards T A, Leonard G U Y, Wideman J G. What defines the “kingdom” fungi?[J]. The Fungal Kingdom, 2017: 57-77.
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