菏泽曹州足球俱乐部成立于2019年2月，在菏泽市人民政府、菏泽市体育局、菏泽市教育局的大力支持下，依托菏泽市曹州武术学校组建而成。俱乐部旨在完善菏泽市足球青训建设，打造鲁西南第一支职业足球俱乐部，加快推动鲁西南足球产业整体快速的发展，擦亮菏泽足球城市名片。
菏泽曹州武术学校先后被命名为“全国青少年校园足球特色学校”、“鲁能泰山菏泽足球项目学校”、“山东省校园足球训练营”“北京体育大学国家高水平竞技体育后备人才培养基地”。2024年，北京体育大学中国足球运动学院与俱乐部共同组队参赛。球队成员主要由北京体育大学部分校队成员与菏泽曹州武术学校(曹州俱乐部)部分梯队成员构成。
菏泽曹州曾先后参加2019年中国足协杯和中国足球协会会员协会冠军联赛，最终放弃递补中国足球协会乙级联赛资格。2023年球队先后拿到菏泽市业余足球甲级联赛冠军和山东省齐鲁足球超级联赛第四名。另外球队还参加2024中国五人制足球甲级联赛获得全国第七名。
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