hello。我的老baby们。牛马限时回归大放送了。是不是好久没有看到我了，现在我确实没有做临床医生岗位了，但是也不重要，临床医生也不是我的宿命。有的人说你学了10多年的医生，你不干医生了，balabala，但是又能怎么样呢？此十年，彼十年，人生又有多少个十年？或许激流勇进是个褒义词，可以比喻一个人的斗志非常的厉害，说明他有上进心，但是激流勇退难道不是吗？这需要一定的思考。至于这种思考是什么样的，或许只有我自己才知道吧。好了，三言两语无法说出自己的选择，至于每个人的选择究竟是啥，我想还是应该由每个人自己来决定。只选你想做的，你喜欢的，至于撞不撞墙，再说，先去做，即使是一坨屎，但是至少开始了，不是么？
大家都知道我选择了新的行业，药学研究，所以呢，今天分享点和本专业相关的内容，就是如何进行展示network pharmacology
经过我的摸索和总结，我把这个也总结出一个套路：查-变-接。
查：通过网站查询你感兴趣的药物，比如简单的例子，我举一个，陈皮，毕竟在广东来说这个很常见。
1.1 在tcmsp数据库查找到陈皮的数据结构和分子式
选择OB大于等于30%，DL≥0.18的化合物，至于为啥这么做，感兴趣的可以看看下面的这篇综述。↓↓↓
简单的举例子，在这个陈皮的药物中我们就选择一下，操作完之后是这样的。
可以看到5个有效成分可以被我们应用。这个里面我们就选择第二个，很常见的一个东西：naringenin，他的中文名字叫做柚皮素，大家应该都听过吧，这个东西。就是点这个蓝色的柚皮素的字体就好了。然后注意一下我的下面这个图，一个方框一个圈↓↓↓
这里注意一下，一个是那个号码，这个号码挺关键的，因为在计算机领域，你可以根据这个号码得到这个SMILES，这个里面你点开看一下就知道了，这里面是一堆关于这个成分的结构的描述。找到下面的这个↓
这个就是这个陈皮中柚皮素的有效成分的SMILES号了，当然也有的有效成分不提取，这时候我们就要下载一下那个结构图形，然后去navopro网站进行查找，类似于这样的↓ https://www.novopro.cn/tools/
这里可以找到一个小工具然后上传到我们刚才下载的分子结构图就可以了，得到了这个SMILES号：O=C1CC@@HOc2cc(O)cc(O)c21
其实跟前面的那个样子是一样的。得到这个之后，我们才完成了第一步，就是陈皮中有一个成分是柚皮素，但柚皮素中有哪些有效成分发挥作用呢？是不是还需要继续研究一下？于是我们可以上这个网站，swissadme这个里面，输入刚才搞好的smiles号，↓↓然后点击RUN
搞好了之后发现是不是有很多内容，所以我们有两个评判标准，跟下图的圈圈一样，药代动力学这个地方得是high，就是你得是高发挥效用的，然后下面得药物相似性至少有两个以上得yes，想想看如果不满足这两个条件，那还做个毛线啊？
通过这种方式呢，可以知道总共有几个成分是有效的，还记得我们刚才选了5个，分别跑一下就知道了，但我懒得跑了。你们可以自己研究研究。至少我可以告诉你们，第二个就不行，他的药代动力学是low的。
这属于第一步的操作流程，先整理到这，当然了这只是第一步的第一步，因为找到了有效成分还不行，还要找到对应的基因吧？毕竟我们对基因比较熟悉。在哪里找呢，在下面的网站swisstargetpredication寻找基因。注意一下这个基因是这个有效成分的靶点基因啊。你要理解一下这个内容。这一步骤是相对来说较慢的，等一会就会出现一个图，
然后把它下载下来，保存为excel格式。但是其实这里是有个问题的，因为这个基因很多，我在这里做了一个步骤就是用自己数据集取了差异基因。这样我缩小了很大的范围，鉴于是我们课题组自己的数据，我就不给大家展示了。总之就是可以画出来一个简单的韦恩图交集。然后准备工作做完了，我们就可以准备画图了。好了今天先分享这么多吧。后面等我慢慢地进行整理，太累了，疲惫不堪的学生狗。明天主要讲cytoscope软件的画图。okay，拜拜。
