一、案情简介
2013年11月，B县地方税务局向已按核定征收缴纳土地增值税的XX房开公司送达了《土地增值税清算通知书》，要求其在规定期限内办理土地增值税清算手续，但该公司未按要求办理清算。
2014年6月，B县地方税务局向该房开公司下达《责令限期改正通知书》。7月，该房开公司向B县地方税务局提交了某税务师事务所出具的《土地增值税清算税款鉴证报告》及相清算资料。
2015年3月,B县地方税务局下达了税务事项通知书（B税通﹝2015﹞01号）,指出清算鉴定报告中“取得土地使用权所支付的价款扣除项目的成本分摊方式”和“开发成本均采取层高系数法进行分摊”不合理。5月，该公司不服向A市地方税务局申请行政复议，请求撤销B税通﹝2015﹞01号税务事项通知书并要求退税。理由是对未达清算即采取核定征收方式预缴税款不符合土地增值税征收管理规定；对土地增值税清算成本分摊方法不予采信，没有说明依据和理由。A市地方税务局经复议撤销了B税通﹝2015﹞01号通知书并要求B县地方税务局重新作出具体行政行为。7月，该公司不服复议决定，以A市地方税务局为被告向C县人民法院提起诉讼。12月，双方达成和解，该公司自愿撤诉。
2016年3月，B县地方税务局再次下达税务事项通知书（B税通﹝2016﹞01号），同时下达《土地增值税清算结论通知书》。5月，该公司不服再次向A市地方税务局申请行政复议，请求撤销B税通﹝2016﹞01号通知书和清算结论通知书，要求退还多缴土地增值税。主要理由是：被申请人依据《土地增值税暂行条例实施细则》第九条以建筑面积法计算分摊扣除项目的方式确定应缴纳的土地增值税侵害申请人合法权益，应依据《土地增值税清算管理规程》第二十一条规定，按照受益对象，分摊共同的成本费用。8月，A市地方税务局维持复议决定，XX房开公司不服，将A市地方税务局和B县地方税务局作为被告向D区人民法院提起诉讼。12月，D区人民法院判决驳回XX房地开公司诉讼请求。
2017年1月，XX房开公司不服D区人民法院判决向A市中级人民法院提起上诉。5月，A市中级人民法院驳回上诉、维持原判。10月，不服该判决向A省高级人民法院申请再审被驳回。
2018年4月，向A市人民检察院提起行政检察监督申请，请求对A市中级人民法院判决提请抗诉；9月，A省人民检察院作出不支持监督申请决定。
二、处理决定及理由
1.2015年5月，A市地方税务局经过复议后决定撤销（2015）01号通知书，责令被申请人重新作出具体行政行为。理由是：通知书对申请人提交的《土地增值税清算税款鉴定报告》不予采信未说明法律依据和理由，也未告知申请人依法享有的权利事项。
2.2016年12月，D区人民法院判决驳回原告XX房地开公司的诉讼请求。理由主要是：税务机关有权依据《土地增值税暂行条例实施细则》第九条之规定以建筑面积确定土地增值税的分摊计算方法。
3.二审A市中级人民法院判决驳回上诉，维持原判，再审A省高级人民法院驳回再审申请，理由如D区人民法院。行政监督A省人民检察院任务不符合监督条件，不支持监督申请，理由是：XX房地开公司的计算方式于法无据。
三、法律法规分析
1.税务机关对土地增值税扣除项目是否符合规定有最终确定权。《土地增值税暂行条例实施细则》第九条是授权性规定，有权按转让土地使用权的面积占总面积的比例计算分摊，也有权按建筑面积计算分摊。
2.纳税人土地增值税扣除项目的计算方式是否合理由税务机关审核认定。《土地增值税清算管理规程》第二十一条第（五）项之规定，是税务机关对土地增值税扣除项目的审核要求，而非纳税人据以确定土地增值税扣除项目的依据。
3.对纳税人提交的鉴证报告未采信的应当告知理由。依据《土地增值税清算管理规程》第三十条、第三十一条规定，主管税务机关有采取适当方法对鉴证报告有关内容的合法性、真实性进行审核的权利，但未采信或部分未采信鉴证报告的，应当告知其理由。
四、典型意义
1.土地增值税的核定征收管理方式和成本分摊扣除争议是引起诉讼的起因及焦点。2015年诉讼主要分歧在于对核定征收管理方式是否认同，2016年诉讼主要分歧在于是根据《土地增值税暂行条例实施细则》第九条规定以建筑面积法计算分摊扣除项目的方式确定应缴纳的土地增值税，还是应根据《土地增值税清算管理规程》第二十一条第（五）项之规定按受益对象不同合理分摊共同的成本费用后计算应缴纳的土地增值税。因此，对土地增值税的成本分摊扣除和征收管理方式必须高度重视，否则容易引起纷争。
2.土地增值税征收管理应于法有据并符合法定程序。土地增值税的征收管理因涉及的中央和地方法律比较多、房地产项目开发周期比较长、清算时实际情况又比较复杂。因此，对土地增值税纳税人的管理应遵循国家有关的税法的管理规定，如在纳税人未达到清算时对其采取核定征收管理并缴纳税款的方式并不符合现行税法有关规定。
3.对鉴定意见或专业问题可申请有专门知识的人出庭发表意见。本案中邀请税务总局常年法律顾问、税收法律专家出庭就纳税人提交的鉴定报告及土地增值税的有关法律问题发表意见，一方面有助于对诉讼涉及的税收专业性问题作出更加明确、具体和权威的说明，另一方面也有助于诉辨双方及司法机关对土地增值税相关法律问题有更加清晰的认识。
五、相关法条
1.《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第九条。
2.国家税务总局《土地增值税清算管理规程》（国税发〔2009〕91号）第二十一条、第三十条、第三十一条。
3.贵州省地方税务局《关于调整土地增值税预征率问题的通知》（黔税发[2008]61号）、《关于房地产开发项目土地增值税核定征收率的公告（2010第3号）》。
4.《中华人民共和国民事诉讼法》第七十九条。
5.《人民检察院行政诉讼监督规则（试行）》第三条、第五条、第九十三条。
六、风险提示
