第六届 | 12.14-12.18 | 弥散像数据分析实训 | 杭州

文摘   科学   2024-11-09 17:46   浙江  

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主办单位

杭州脑海科技有限公司

脑海科技认知神经科学实验室

承办单位

杭州脑呈科技有限公司


















1. 课程简介

弥散张量成像(DTI)是一种先进的磁共振成像技术,它能够通过捕捉水分子在不同方向上的弥散特性来揭示大脑白质的微观结构信息。DTI分析可获得描述弥散情况的主要参数:分数各向异性(FA)、平均扩散系数(MD)、轴向扩散系数(AD)、径向扩散系数(RD)、平均表观扩散系数(ADC)等多种评估白质结构的重要指标。为回馈广大医生及脑科学研究者,并助力大家迅速掌握弥散像数据分析技术(DTI)的相关知识,本次课程特别设计,旨在帮助每位学员快速具备独立进行数据分析的能力。采用课程+答疑的教学方式,确保每位学员都能够轻松上手。
课程亮点包括

技术丰富:弥散像序列分析技术的应用广泛,分析思路丰富,例如基于全脑的张量指标分析(VBA)、基于白质骨架的统计分析(TBSS)、评估淋巴系统的沿血管周围间隙的ALPS分析、结合功能像指标的跨模态分析、以及MRtrix3的弥散像数据处理等。

已发表案例详解:精选多角度的已发表研究案例,深入剖析实际应用中的分析方法和技术要点,帮助学员了解前沿进展,并启发创新思维。

绘图技巧精讲:教授专业绘图技巧,提升数据可视化水平,让您的研究成果更加生动、直观,易于传播。

通过本次课程的学习,您将不仅能够掌握扎实的理论知识,还能在实战演练中提升技能,为您的科研之路增添强大的动力。无论您是初学者还是有一定经验的研究人员,我们都将为您提供最贴心、最有效的指导和支持,让您在静息态功能磁共振研究领域迅速成长!选择我们,开启一段精彩纷呈的学习旅程吧!

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2.学习内容

1. 弥散像数据分析

弥散张量成像数据处理入门

弥散张量成像技术介绍

Linux 基础命令讲解与实操

DTI数据讲解与整理

FSL工具包介绍

弥散像数据预处理

DTI数据预处理讲解与实操

体素水平的分析

张量解算,计算FA、L1、L2、L3、MD指标

使用脚本进行批处理

AD、RD指标计算

统计分析与多重比较校正

结果汇报与图表制作

统计差异脑图制作

三线表制作

DTI文献导读

已发表文献方法部分导读

已发表文献结果部分导读

基于白质骨架的统计分析

TBSS数据分析流程讲解

TBSS分析步骤解读与实操

MD指标的TBSS分析步骤解读与实操

统计分析与多重比较校正

统计差异脑图制作

三线表制作

2. TBSS分析实例

TBSS介绍

弥散像预处理步骤讲解与实操

涡流校正以及头动校正

提取b0像、剥头皮等操作讲解

张量解算

TBSS分析实操

基于FA的TBSS分析

基于MD\AD\RD的TBSS分析

差异脑区三线表的制作

差异脑区脑区

差异脑区内提信号制作相关分析散点图

3. ALPS分析

弥散像数据预处理讲解与实操

弥散张量解算

弥散率计算

ALPS计算

基于ALPS指数的统计分析

4. 跨模态脑网络分析

案例方法讲解

功能像数据预处理

弥散像数据预处理以及网络构建

弥散像数据预处理以及网络构建

功能网络与结构网络的拓扑分析实操讲解

功能网络与结构网络的耦合分析

基于网络的统计分析:单样本t检验(gretna)

基于网络的统计分析:双样本t检验(gretna)

基于网络的统计分析: ANOVA

结果可视化讲解:球棍图的制作

结果可视化讲解:相关矩阵图的制作

结果可视化讲解:纤维追踪结果呈现

5. 跨模态纤维追踪分析

案例方法讲解

功能像数据预处理讲解

镜像功能连接分析(VMHC)

镜像mask的制作

基于VMHC的统计分析(单样本T检验、双样本T检验)

AlphaSim校正

DTI数据预处理

全脑水平的纤维追踪分析

标准空间与个体空间的转换

TrackVis的使用介绍

基于VMHC差异脑区提取纤维信息

6. 弥散像数据分析(基于MRtrix3)

MRtrix3软件入门

数据格式转换(NIFTI to mif)

DTI数据预处理讲解与实操(去噪、吉布斯环伪影校正、涡流校正、偏置场校正)

张量解算(平均表观扩散系数(ADC)、各向异性(FA)、轴向扩散系数(AD)、径向扩散系数(RD))

估计响应函数讲解与实操

估计纤维方向分布讲解与实操

纤维追踪讲解与实操

3.弥散像分析的SCI应用案例

静息态功能磁共振研究之所以能够产出大量的研究成果,其中一个关键原因在于,通过对多批次数据集应用不同的研究思路与方法,可以衍生出多样化的研究课题。由此可见,分析思路对于课题的成功至关重要。本课程将涵盖多个已发表成果的实际案例讲解,帮助您掌握多样化的分析方法。

基于白质骨架的统计(TBSS)分析已发表SCI案例讲解+手把手解决操作问题+课程答疑

课程关键词弥散像(DTI)、基于白质骨架的统计(TBSS)

课程主要内容:

案例使用弥散张量成像(DTI)检查患者的白质完整性。基于纤维束的空间统计(TBSS)可用于研究白质纤维束的完整性。该方法的核心是采用“骨架化”数据处理流程。它的主要优点是不需要标准化和平滑来实现不同纤维束之间的配准。可通过TBSS评估患者的白质微结构变化,并确定指标的变化与患者的临床症状的相关性。

ALPS分析已发表SCI案例讲解+手把手解决操作问题+课程答疑

课程关键词 弥散像、ALPS、投射纤维、联合纤维

课程主要内容:

沿脑血管周围间隙的弥散张量图像分析(DTI-ALPS)通过测量与侧脑室旁水平血管周围间隙相垂直的投射纤维和联合纤维的弥散指标,来评估中枢神经系统的废物清除能力,被认为是评价中枢神经系统淋巴功能的重要生物标志物。

功能像分析结合弥散像纤维追踪分析已发表SCI案例讲解+手把手解决操作问题+课程答疑

课程关键词镜像功能连接(VMHC)、全脑纤维追踪、基于ROI的纤维追踪

课程主要内容:

案例计算了双侧同位体素之间的功能连通性,并比较两组间的连通性。在患者中显示异常功能连接的同位区域作为感兴趣的区域,通过弥散张量成像进行分析。比较各组间纤维各向异性分数、纤维长度和纤维数,并计算异常的同伦连接与患者的智商相关。

多模态复杂网络分析已发表SCI案例讲解+手把手解决操作问题+课程答疑

课程关键词功能像数据、弥散像分析、纤维追踪、图论分析、功能-结构耦合分析

课程主要内容:

越来越多的证据表明,人类大脑可以被描述为一个大规模的综合功能和结构网络。基于图的网络方法不仅为全脑网络的架构,而且为各种认知缺陷的潜在机制提供了有价值的见解。在众多的神经成像方式中,静息状态功能磁共振成像和弥散张量成像(DTI)是两种很有前途的工具来绘制人类大脑的内在功能和结构网络。结合这两种技术可以为神经网络对各种神经心理学障碍的反应的内在调控提供新的见解。

4.脑影像绘图(多工具)


基础绘图

在SCI论文中,图表的美化不仅是视觉上的提升,更是对研究结果的有效传达和专业展现。美观的图表可以帮助读者更快速地理解数据和研究结果,美观的图表能够吸引读者的注意力,增加论文的可读性和吸引力,高质量的图表反映了作者对研究工作的认真态度,提升了论文的整体专业形象。

课程关键词:MRICRON、RESTplus、BrainNet、GRETNA、GraphPad等


进阶绘图

R 语言作为一种强大的统计计算和图形生成工具,在数据可视化方面有着诸多优势。R 语言提供的绘图库(如 ggplot2, lattice, ggvis, plotly 等)允许用户高度定制图表的各个方面,包括颜色、字体、轴标签、图例等。

注:基础绘图与进阶绘图课程(原价1500元/人),现限时免费赠送:成功报名弥散像数据分析实训后,免费赠送基础绘图与进阶绘图课程

以上课程均支持培训期间反复观看

5. 脑海科技相关介绍


脑海科技核心团队组建于2018年,公司位于萧山区紫橙国际创新中心3号楼6层及10层,是一家专注于脑影像相关的科研平台研发、技术培训、数据分析技术服务及脑科学相关设备销售的科技型公司,已被认定为“国家级高新技术企业”、“国家级科技型中小企业”、“浙江省创新型中小企业”及“浙江省科技型中小企业”,入选杭州市萧山区高层次人才创业创新“5213”领航类项目,并通过ISO9001质量管理体系认证,并经杭州市科协审批建立了“博士创新站”。

2021年脑海科技成立了下属的研究实验室(脑海科技认知神经科学实验室)专注于神经影像相关的学术工作,脑海实验室目前已累积联合培养硕士研究生41名、博士研究生12名。截止目前,实验室成员累积发表SCI文章85篇,其中JCR一区SCI文章28篇,JCR二区SCI文章41篇。实验室研究团队有着丰富的脑影像研究经验,目前已有近百余名研究生或医生的联合培养或短期访学的合作经验,联合培养了很多优秀的研究生,如:高*艳以主要作者发表SCI文章5篇、郝*奇以主要作者发表SCI文章6篇、李*婷以主要作者发表SCI文章6篇、孙*伟以主要作者发表SCI文章4篇、王*以主要作者发表SCI文章3篇、展*琳以主要作者发表SCI文章3篇等等(鉴于篇幅所限,仅列举部分同学)。学习中心核心团队具有丰富的SCI文章审稿经验,担任50余个SCI杂志审稿人,包括:Alzheimer's Research & Therapy、Molecular Autism、IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics、NeuroImage、BMC Psychiatry、Human Brain Mapping、Translational Stroke Research、CNS Neuroscience & Therapeutics、Journal of Affective Disorders、Autism Research等等。

贾熙泽,博士,杭州脑海科技有限公司创始人、浙江师范大学心理学院特聘教授、主要研究方向为静息态功能磁共振方法学及焦虑障碍的神经机制。自2013年起,师从臧玉峰教授从事静息态功能磁共振方法学研究,RESTplus软件包的开发人,负责REST-meta-PD 国际多中心项目。现兼任山东第二医科大学附属医院特聘专家、大连市友谊医院特聘教授、常熟市第二人民医院磁共振脑成像研究中心副主任、山东第二医科大学医学影像学院硕士生导师及佳木斯大学信息电子技术学院硕士生导师等。现为中国心理学会积极心理学专委会委员、浙江省数理医学学会放射学专委会委员、浙江省康复医学会神经调控专委会委员,主持国自然青年基金项目1项、入选杭州市青年科技人才培育工程项目,目前以主要作者在Science Bulletin、 Human Brain Mapping、 The Journal of Headache and Pain 及 Journal of Affective Disorders 等杂志发表文章 30 余篇(第一作者或通讯作者),文章被 SCI 杂志引用1057次,h-index =16,担任 40余个SCI杂志的审稿人。


6.报名及费用说明


(1)学习内容: 弥散像数据分析实训

(2)学习模式:学习规划 + 导师制 +小组答疑(5人以内)  +  体系化视频课程  +  定期进度跟进 + 学习效果评估 + 完整案例数据

(3)硬件资源:每名学员配备2台电脑,1台用于观看学习视频,1台用于分析数据(Intel i7或以上配置)

(4)学习周期:5

(5)答疑方式:每天下午固定16点进行小组答疑,数据分析遇到报错,助教随时响应并协助解决问题

(6)学习费用

2024年12月14日-12月18日期间到场学习,可享受优惠价3500元/人原价4900元/人),转发朋友圈,集赞超过28个,立减200元(即3300元/人

注:交通及食宿费用自理


7. 报名流程及付款方式

报名可扫描以下二维码添加樊衍孜微信联系报名(扫描以下二维码或添加微信号:19906719439)

可开具能够报销的正式发票(如:技术服务费及培训费等)。支持预存,可以现场刷公务卡或银行卡转账,学习期间谢绝录像及录音。

电话咨询:0571-2883 4398(请按3号键)

微信咨询:199 0671 9439

邮箱咨询:fanyanzi@brainimaging.cn

实验室地址:浙江省杭州市萧山区城厢街道金城路39号紫橙国际创新中心3号楼6楼602室


8.FAQ

Q:课程具体是什么形式?
A:脑海科技团队录制了完整的讲课视频,并且整理了相应的数据分析工具、代码以及技术文档,报名的学员会有一份学习规划,可根据学习规划观看对应教学视频。操作问题助教随时响应,理论以及科研问题每天下午16:00进行小组答疑(5人以内)


Q:与传统培训班相比,学习效果怎么样?

A:远比传统培训班学习效果好, 1)学习时间集中且充足,每天包括9小时的学习时间(9:00 ~ 18:00),方便请假和安排时间。2)答疑及时,操作问题可以随时响应,解决问题效率高。 3)视频课程经过反复设计和打磨,可以根据自己的进度灵活调整,由浅入深,不怕跟不上。4)有导师定期跟进进度,确保能够跟上。目前来访的学员都可以掌握相应的技术,并且满意度都很高。


Q:价格及优惠活动

A:我们会推出在固定时间段内的优惠价格,具体以当期通知为准,在此基础上,可参加朋友圈集赞等优惠活动。

9.一对一学习方案欢迎详询


以下1对1学习方案现已开启,火热报名中!敬请关注“脑海科技学习中心”公众号:

一对一 大脑白质功能信号数据分析基础培训 | 随到随学(点击跳转至链接)

主要内容包含:白质功能信号相关研究进展概述、白质功能信号计算局部指标方法、白质功能脑网络创建、白质指标的统计分析与多重比较校正等。

一对一 静息态数据分析基础培训 | 随到随学(点击跳转至链接)

主要内容包含:静息态功能磁共振入门、数据整理、静息态功能磁共振文献解读、数据预处理、局部指标与功能连接指标计算、统计分析与多重比较校正、结果汇报及可视化等

一对一 | 磁共振结构数据分析(VBM)基础培训 | 随到随学(点击跳转至链接)

主要内容包含:基于体素的形态学分析流程介绍、横向及纵向数据的结构像分割、数据质量检查、VBM项目实战演示与结果汇报等

一对一 | 弥散张量成像(DTI)数据分析基础培训 | 随到随学(点击跳转至链接)

主要内容包含:Linux 基础命令、头动校正、涡流校正、张量指标计算(FA、AD、MD、RD指标),基于体素水平的分析(VBA)、基于白质纤维骨架的统计分析(TBSS)等。

一对一 | 基于结构协变网络的格兰杰因果分析(CaSCN) | 随到随学(点击跳转至链接)

主要内容包含: CaSCN分析流程讲解、VBM分析、基于BCCT工具包的CaSCN分析、基于REST工具包的CaSCN分析、基于RESTplus工具包的CaSCN分析等。

一对一 独立成分分析与网络间连接(ICA+FNC)基础训练 | 随到随学(点击跳转至链接)

主要内容包含:ICA基本原理讲解、ICA参数设置讲解、独立成分挑选注意事项、大脑功能网络识别、FNC讲解与实操等

一对一 基于大脑皮层分析基础训练 | 随到随学(点击跳转至链接)

主要内容包含: FreeSurfer工具包介绍、recon-all步骤解析与命令实操、FreeSurfer生成结果讲解、统计分析与结果呈现等

一对一 共波动分析(Cofluctuation analysis) | 随到随学(点击跳转至链接)

主要内容包含:共波动分析流程讲解、数据预处理与Scrubbing设置、共波动分析(RSS和方根计算)、高振幅时间点功能连接分析、高振幅时间点共波动的主成分分析等

一对一 | 脑影像元分析(META)基础培训 | 随到随学(点击跳转至链接)

主要内容包含:脑影像元分析入门及流程介绍、脑影像元分析文献解读、元分析文献检索、AES-SDM元分析基础操作、AES-SDM额外分析操作、ALE基础分析讲解与实操、脑影像元分析结果图表等

一对一 | 基于机器学习的脑影像数据分析基础培训 | 随到随学(点击跳转至链接)

主要内容包含:MATLAB编程入门、静息态脑影像数据分类特征的制作、常用核函数讲解、交叉验证方法讲解、信号提取与特征构建、支持向量机模型评价、项目实战等

一对一 基于结构协变网络的网络攻击分析、模块化与拓扑属性(GAT)| 随到随学(点击跳转至链接)

主要内容包含:基于结构协变网络分析概述、灰质形态学指标分析、基于结构协变网络分析、全局指标计算、节点指标计算、网络攻击分析、HUB节点分析、模块化分析、度分布分析等

一对一 | 基于滑动时间窗的动态分析基础培训 | 随到随学(点击跳转至链接)

主要内容包含:动态分析方法概述、数据预处理、滑动窗参数设置、基于动态指标的统计分析、基于动态指标的聚类分析等


如有其他想要学习的内容,欢迎添加樊衍孜的微信反馈(微信号:19906719439),我们将研发新的学习方案。






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