【震惊】研究表明,包含CNS期刊在内,50%的柱形图存在统计分析错误!

文摘   2024-07-22 11:56   美国  

免费资源:

一、国自然类:


1 2023历年国自然标书全文

3 国自然项目答辩PPT

5 标书写作模板

GraphPad 9安装包

2 2018-24年国自然清单

基金插图素材(可编辑)

近10年国自然标书全文

二、SCI生信+实验类:

1 160套SCI实验操作视频

3 Meta分析范文+教程

泛癌分析万能代码

7 130套SCI实验视频

单细胞数据挖掘课

11 统计分析万能模板

100个SCI实验Protocol

4 miRNA预测靶基因代码

动物实验操作视频汇总

GEO/TCGA数据挖掘课

10 SCI写作万能模板

三、科研绘图类:

PPT科研绘图素材合集

Adobe illustrator绘图素材

动物实验矢量图素材

7 PS修各种SCI实验图视频

资源共享群

PPT科研绘图插件VIP版

4 各种实验仪器矢量图素材

细胞实验矢量图素材

AI科研绘图视频课

10 亲交友微信群

一、今日推送:

根据最近的一项研究,许多科学期刊中的柱形图统计分析存在错误。尤其是在顶级期刊(如CNS期刊,即《Cell》、《Nature》和《Science》)中,这一现象尤为突出。研究指出,在审查了超过700篇在这些期刊上发表的文章之后,发现大约有50%的柱形图存在统计分析错误。这些错误包括但不限于以下几种:


  • 数据展示不当:一些柱形图没有正确显示数据分布或变异性。例如,未包含误差条或未明确说明误差条代表的内容(如标准误差、标准差或95%置信区间)。

  • 统计显著性标记错误:许多柱形图未正确标记统计显著性,或者显著性标记与统计分析结果不一致。

  • 误用统计检验:在一些情况下,作者选择了不适当的统计检验方法例如,使用t检验来分析非正态分布数据或小样本数据,而这些数据更适合使用非参数检验

  • 不适当的数据转化:一些研究对数据进行了不恰当的转化(如对数转化),导致结果难以解释或误导。

今天小编就用一套非配对两组连续变量的比较数据(如下图,对照组和实验组中WNT4基因的表达量)教会大家用GraphPad做数据【两独立样本均数比较】,涵盖正态检验、t检验、方差分析,非参数检验。一次性学会!



一、首先是统计方法选择:


对于此类数据的分析,首先应看在试验设计上是否进行了配对,之后再看数据是否呈正态分布,方差是否齐。再选择合适的统计学方法,其思路如下:


那么可以用于两组资料比较的软件很多,比如SPSS,SAS和Stata等功能强大的专业统计软件。但笔者更倾向于用GraphPad Prism,因为该软件操作简单,结果更容易解读。在国际杂志上发表论文时,很多作者也在文中说明自己的所用的统计学软件为GraphPad Prism,审稿人也都习以为常,都是值得认可的。下面开始操作。


下载安装软件,之前我们给大家分享过,点击下载安装GraphPad9。随后打开软件,输入数据(打开GraphPad Prism软件后,软件会让操作者选择数据的输入类型,此时注意选择“Column”这个选项。下图所示:):



之后分别输入两组变量的值。如下图所示,实验组共7个样本;对照组也是7个样本。也可以在表头上对数据进行标识,分别为Experiments和Controls(我这里标识为对照组和实验组)。如果此处不进行标识,默认的组名是Dataset A和Dataset B。



接着就是统计分析。在进行统计分析之前,我给大家讲讲中心极限定理。中心极限定理(Central Limit Theorem)是统计学中最重要的结论之一。在这里,我并不想给出中心极限定理专业的定义,只需要了解它告诉我们:来自某总体的一个样本,无论该总体服从什么分布,只要样本容量足够大,其样本均值都近似服从正态分布,如下图。请注意这里的说法:“样本均值“近似正态,而不是样本本身服从正态(不是说你抽了30个样品组成的样本数据就正态)。这里又有一个大家疑惑的地方,样本容量足够大,多大才是足够大?这个问题的答案和总体分布的形状相关,如果样本本是来自近似对称分布的总体,那么当样本量取相当小(如样本量取5)的值的时候,正态逼近的结果也会非常好。然后,如果总体的分布严重倾斜,则样本量必须取相当大的值。根据检验,对于大多数总体来说,样本容量取30或者更大,就足以得到令人满意的正态逼近结果



那我这里每组只有7个样本,需要做一下每组数据的正态检验。


二、数据的正态性检验:


我这里每组7个样本,需要做一下每组数据的正态检验。首先点击Analyze,然后选择XY Analysis下面的Column statistics。如图所示:



OK之后出现下界面:



如上图。GraphPad Prism提供了三种检验数据是否呈正态分布的方法:D’Agootino-Pearson法,Kolmogorov-Smirnov法和Shapiro-Wilk法。针对同一种数据,三种方法的计算结果大同小异。虽然GraphPad Prism不推荐用Kolmogorov-Smirnov法,但根据笔者经验,在国际上发表论文时,多采用Kolmogorov-Smirnov法的结果,可能是因为当样本量太小时,Shapiro-Wilk法和D’Agootino-Pearson法无法给出检验结果。当然,也可以三种方法都选择,综合判断数据是否呈正态分布。


选择好统计方法之后点击OK,就可以得到正态检验的结果,如下图所示。需要特别说明的是:在正态检验中,一般认为P大于0.10才表述数据呈正态分布(注意:是“大于”,不是“小于”!是0.10,不是“0.05”!!!!)。在本案例中,两组数据的P值均为大于0.1,因此可以认为两组数据均呈正态分布。



那到这一步,我们知道我们的数据是非配对的,正态的。


三、两组统计分析


如上,我们已经确定是符合正态分布了。那我们就可以进行统计分析了。首先点击菜单栏中的Analyze,会出现如下图所示的界面。注意左侧一定要选中”t tests (and nonparametric tests)”,也就是两组之间的分析,我们选择t检验或者非参数检验,随后我们再细选分析方法。



接着我们要选择是否配对(Paired和Unpaired),并决定选择参数检验还是非参数检验。所谓参数检验就是指配对t检验或独立样本t检验,而非参数检验则是指Mann-Whitney U检验(如果配对,就是配对Wilcoxon检验)。如果选择参数检验(默认两组数据均呈正态分布),软件会让操作者选择方差是否齐。



如果你点击方差齐,软件会选择t检验,如果不齐,软件推荐Welch法。需要说明的一点是,如果两组数据均呈正态分布,但方差不齐,此时应采用校正t检验,目前有三种主要的校正t检验法:Cochran & Cox法、Satterthwait法和Welch法。GraphPad Prism仅支持Welch法(这些方法不懂的可以自行百度)。


那本文数据符合正态分布,因此应该选择两样本T检验(方差齐)或者近似t检验(方差不齐),如下先点击方差齐的两样本T检验



除了Experimental Design以外,还可以对Optional选项里面的内容进行修改。如下图所示。一般建议选择“Discreptive statistics for each data set”(展示各组数据的均数、中位数、标准差、秩和等)选项。在P value一段,系统默认为双尾检验(双尾检验不懂的也可以百度,大概双尾检验就是两组比较的差异有没有统计学意义,不管谁高谁低。而单尾检验会考虑谁高谁低的问题),一般建议不要更改。



点击OK后出现结果,结果一般分为两个部分,一是差异是否具有统计学意义;二是F检验结果,告诉你方差到底齐不齐:



F test to compare variances,即方差是否齐。一般认为,P值大于0.10才可以认为两组数据方差相同(注意:是“大于”,不是“小于”!是“0.10”,不是“0.05”!!!!)


从上图结果可知,我们的结果很好,方差确实是齐的,分析没有错。接着我就可以作图导出:




值得注意的是,如果此时我们分析的结果提示方差不齐,你又要返回去选方差不齐,如下:



如果两组数据不呈正态分布,则应该选用非参数检验。非参数的两个选项分别是Mann-Whitney U检验和Kolmogorov-Smirnov检验。一般选择Mann-Whitney U检验。



点击OK后出现结果:结果一般分为两个部分,一是差异是否具有统计学意义;二是差异有多大。我们这里是选择了Mann-Whitney U检验,则可得到如下图所示的结果:



那么,其实要是我们的样本比较大,不知道数据是否符合正态分布,我们可以按照书本上说的25个数据以上就可以近似的看成正态分布的。



所以,大家千万不要弄错了,做科研之前还是系统性的学习一下,到处百度反而心累。所以,科研部今天给大家免费发送:


"医学统计学从入门到精通课【原价6799元】"

免费领取方式:

长按下方二维码关注公众号

对话框输入关键词:67免费


都是医学科研常见的实例实操,如收集正常和癌症的临床样本,如癌旁样本怎么统计分析等。课程如下:



都是原理+理论+实操,如logistic回归:



"医学统计学从入门到精通课【原价6799元】"

免费领取方式:

长按下方二维码关注公众号

对话框输入关键词:67免费


二、永久VIP免费送:

漂亮的论文插图让审稿人眼前一亮。如下:



但是自己画一个细胞、一个上皮、一个小鼠等可能需要花一整天的时间。为了方便大家绘图,所以,今天小编给大家免费赠送:


“生物医学之家CNS插图可编辑素材永久VIP账户”


也就是送这个网站素材的永久VIP:www.swyxzj.com,生物医学之家首字母的谐音。该网站CNS插图素材部分截图如下:



这些素材都是用Adobe illustrator绘制的,打开后可以继续编辑修改,这些素材原价是9999元的,现在免费给大家送永久账户。有了这些素材,5分钟搞定一张CNS图



如下免费获取永久VIP账户:


🔽①长按下方二维码关注🔽

②输入关键词:永久VIP

②输入关键词:永久VIP

②输入关键词:永久VIP


免费发送1万个永久VIP账户,有了这个账号之后,你可以无限、永久下载生物医学之家的CNS插图素材。共有1万张素材,囊括了各种生物、人体组织、细胞、病毒、植物等。素材首页如下:



一、比如我需要用到小鼠插图来描述自己的小鼠动物实验模型,那就直接搜索鼠,有几百张小鼠插图就出现了:



有了VIP账号之后就可以随意下载。下载下来是AI绘制的可编辑图:



可以随意修改颜色:



也可以随意修改大小:



Ctrl+c和V复制粘贴到自己的画板中,并对齐:



随后画一条线,示意要D369打药:



随后添加字体,这样审稿人一看就知道你做了什么动物模型。



最后保存和导出,一定要记得保存,保存就是矢量图了,以后还能修改。导出就是导出为图片,用来讲PPT或者投稿。



还在等什么?赶快免费获取账号呀,发SCI、作图的时候肯定用得着。


“生物医学之家CNS插图可编辑素材永久VIP账户”

如下免费获取:

🔽①长按下方二维码关注🔽

②输入关键词:永久VIP

②输入关键词:永久VIP

②输入关键词:永久VIP


还有,我们下载的素材,也可以右键取消分组:



然后修改任何一个你想要修改的元素,比如修改液体的颜色:



也可以将注射器放在背上,模拟皮下注射:



还可以将小鼠变为黑色:



还在等什么?赶快免费获取账号呀,发SCI、作图的时候肯定用得着。


“生物医学之家CNS插图可编辑素材永久VIP账户”

如下免费获取:

🔽①长按下方二维码关注🔽

②输入关键词:永久VIP

②输入关键词:永久VIP

②输入关键词:永久VIP


二、比如我需要绘制细胞机制图。那就搜索细胞:



有了这些素材,分分钟就可以绘制如下这种高分插图:



三、各种Nature插图原图:



下载下来之后每个细微的元素都可以修改:




我们一共上传1万张Nature插图。大家赶紧获取永久VIP账户吧,投稿绘图的时候用得着:


“生物医学之家CNS插图可编辑素材永久VIP账户”

如下免费获取:

🔽①长按下方二维码关注🔽

②输入关键词:永久VIP

②输入关键词:永久VIP

②输入关键词:永久VIP

更多免费资源:

三、科研绘图类:

1 GraphPad绘图模板

50套R绘图万能代码

直装版PS+AI安装包

医学统计分析R版

单样本RNAseq分析

11 SnapGene序列比对

13 Endnnote安装包

15 R语言绘图模板

17 中文版RNAseq教程

19 Image J图片处理视频

21 更多资源在更新中.....

600套PPT模板

4Origin绘图模板

SPSS统计分析模板

铜铁死亡分析代码

10 m6A甲基化分析代码

12 qPCR计算模板

14 英文简历模板

16 R各种统计分析模板

18 46套生信分析代码

20 Sigma plot绘图软件和视频

四、生信和写作类:

1 ChIPqPCR引物设计

过表达引物设计

零代码复现6分SCI教程

零代码复现4分SCI教程

WGCNA分析课程

11 GO分析傻瓜式教程

13 GSEA分析傻瓜式教程

15 渐变火山图傻瓜式教程图

17 GEO+TCGA数据挖掘课

19 41GB的生信分析+实验资源

2 shRNA设计

4 Crispr-csa9素材

零代码复现5分SCI教程

8分SCI零代码复现步骤

10 超全生信数据库使用教程

12 KEGG富集分析教程

14 Meta分析范文+实操课

16 交集基因筛选高级教程

18 生信软件合集

辛苦整理,全文无任何广告!

觉得有用的话,您就点个在看、点赞!

科研部
由哈佛医学院及国内高校硕博们创办,一个共享临床论文、科研实验、生信挖掘、雅思托福等资源的平台!
 最新文章