本次修订保持总体结构基本不变，大类和中类与修订前一致，对部分条款进行了删减、增加和调整，共分为4个方面。具体修改情况如下：
（一）严格限制以划拨方式设立建设用地使用权
根据《中华人民共和国民法典》《生态文明体制改革总体方案》《国务院关于全民所有自然资源资产有偿使用制度改革的指导意见》（国发〔2016〕82号）关于严格限制以划拨方式设立建设用地使用权，完善国有建设用地有偿使用制度，扩大国有建设用地有偿使用范围等要求，增加有关有偿使用的总体要求和对“非营利性”“公益性”的具体界定。
（二）删减不符合现行规定的有关条款
1.根据《国土空间调查、规划、用途管制用地用海分类指南》（自然资发〔2023〕234号）规定，河流水面、湖泊水面纳入未利用地管理，水库水面纳入农用地管理。本目录规定的为可划拨的建设用地项目，故删除“城市基础设施用地”中的“水源地”、“水利设施用地”中的“水库淹没区”。
2.根据《城市生活无着的流浪乞讨人员救助管理办法》（国务院令第381号）有关规定，删除原“非营利性社会福利设施用地”中的“收容遣送设施”。
（三）增加符合新形势需要的有关条款
1.根据机构改革要求，按照《中华人民共和国消防法》《中华人民共和国突发事件应对法》有关规定，增加“（四）消防救援、应急避难设施用地”。
2.贯彻落实党的二十届三中全会精神，加快完善国家储备体系。根据国家储备有关规定，增加“（十）国家储备设施用地”。
（四）调整有关条款
1.根据《中华人民共和国军事设施保护法》《中华人民共和国邮政法》《中华人民共和国教育法》《中华人民共和国未成年人保护法》《基本医疗卫生与健康促进法》等法律，《公共文化体育设施条例》（国务院令第382号）等国务院文件，以及《国土空间调查、规划、用途管制用地用海分类指南》（自然资发〔2023〕234号）等规定，更新调整相应内容。
2.贯彻落实党的二十届三中全会精神，健全提升产业链供应链韧性和安全水平制度，完善战略性矿产资源探产供储销统筹和衔接体系。将原（十一）和（十二）的石油、天然气、煤炭等设施用地，调整为“（十二）战略性矿产资源开采设施用地”。
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