1982年的一天，江苏省文物工作者对位于淮安盱眙县的朱元璋祖坟-明祖陵地宫进行勘测和清理，发现地宫由九个砖石拱券组成，而每个拱券下面分别有两扇石门。当文物工作者打开石门以后，发现里面整齐摆放着六具棺材。出于对文物的保护，文物工作者并没有打开棺木，而是将石门关好，结束此次勘探任务。事实上盱眙不仅以小龙虾而闻名全国，还是朱元璋祖坟所在地，见证了大明王朝先祖的苦难岁月。
明祖陵地宫里放置的六具棺材，墓主人正是朱元璋高祖父母，曾祖父母和祖父母。从《明太祖御制朱氏世德碑记》一文可知，朱元璋远祖朱仲八是江苏镇江句容人，靠务农为生，但从朱仲八曾孙朱初一开始，朱家被元朝官府强行指定为淘金户。最终由于不堪忍受官府的欺压，这才全家搬到盱眙，靠给地主家种田和放牛勉强维持一家生计。
在盱眙生活期间，朱初一在给地主交完地租后，粮食几乎是所剩无几。好在当时村子里还有一户姓朱的人家，两家来往频繁，无论是种地还是死后准备丧事，双方都相互照应，让朱初一一家感受到了世间仍有真情存在。
当1368年朱元璋建立大明王朝以后，第一件事就是追封先祖。其中朱元璋高祖父朱百六被追封为德祖玄皇帝，高祖母胡氏为德祖玄皇后，曾祖父朱四九为懿祖恒皇帝，曾祖母侯氏为懿祖恒皇后，祖父朱初一为熙祖裕皇帝，祖母王氏为熙祖裕皇后。
当册封工作完成以后，下一步就是营建陵寝，可就在这个时候，朱元璋却找不到自己高祖父母，曾祖父母和祖父母墓地的具体位置。最后还是祖父朱初一世交后代朱贵站了出来，向官府指明了墓地的方位。为了感谢朱贵，同时也是为了报答朱贵一家当年与祖父的同甘共苦，朱元璋任命朱贵为明祖陵祠祭署奉祀，专职守陵，世袭罔替，享受四品待遇。当朱贵儿子接班后，朱元璋还在南京故宫设宴，款待这位年轻人，并勉励他不要嫌弃官职太小，都是为国效力。
不过当真正修建陵寝的时候，又一个问题浮出水面，那就是朱元璋先祖当时都是简单下葬，尸骨没有保留下来，外加有礼部官员建议，认为挖开祖坟迁进新建的祖陵地宫，会伤及明朝的龙脉。经过慎重考量，朱元璋决定采取太子朱标和诚意伯刘基的主意，即不动原有的祖坟，而是在新建地宫里象征性放六口棺材，棺材里则放置帝后衣冠服饰。因此实际上明祖陵为衣冠冢，地宫里陪葬的物品也只有衣冠服饰和玉玺而已。
那么明祖陵陵园究竟有多大？按照《帝乡纪略》的记载，明祖陵由整整三道城墙组成，其中最外面是外罗城，里面为中专城，最核心部位是王城，占地面积达到了二十万平米。1989年文物工作者还对明祖陵城墙遗址进行发掘，发现残存城墙长1348米，只不过平时被淮河和洪泽湖淹没，所以也被称为水下长城。
然而朱元璋没想到的是，自己的祖坟从明朝中期开始被水淹没，直到上世纪六十年代才浮出水面。原来从《泗州志》可知，当初在选址的时候，明祖陵为低洼地势，四周都接近淮河和洪泽湖，从而埋下极大的隐患。1578年明祖陵陵园就逐渐进水，等到1680年完全被水淹没，直接摧毁了神道，享殿和墓冢等地面建筑。上世纪六十年代当地一度发生自然灾害，气候干燥，明祖陵遗址长期处于枯水期，神道石刻得以重见天日，这才让文物工作者和政府机关发现并开发明祖陵旅游资源。
值得一提的是，明祖陵神道由21对石像生组成，重23.4吨，而且营建时候明朝建国还没有多久，因此在文臣武将石像生雕刻方面，服饰为参照的宋朝衣冠。也就是说明祖陵虽然是朱元璋祖坟，但人物石像生的服饰却为大宋风格，这在明朝帝陵当中是唯一一个案例。
2011年盱眙出现旱灾，这让明祖陵地宫再次露出庐山真面目，特别是拱券上的朱砂颜色能历经百年而不褪，不少游人更纷纷打开电筒照进拱券里面，甚至还打水纪念，试图一探地宫里的秘密。不过为了保护文物，当地政府连夜灌水，让明祖陵地宫恢复原样的样子。
