地球已经很久没有遭受怪兽的侵害了，似乎恢复了和平。人类将目光进一步转向宇宙，因此对抗怪兽灾难的队伍规模也在逐步缩小。而就在这时，神秘宇宙漂浮体“斯菲亚”突然向地球发动攻击。地球与宇宙的联系被斩断，变成了“孤独的行星”。斯菲亚不停地制造着破坏，最终从漂浮体变成了巨大的形态。为了对抗斯菲亚，新精英胜利队“GUTS-SELECT”重新建立。
全名为“特殊怪兽对应分遣队”(Special Kaiju Reaction Detachment)，是GGFJ因应怪兽灾害而成立的秘密防御小组。并配属巨大怪兽型机器人“阿斯加隆”来应对灾害威胁。该小组独立于GGFJ的其他部队指挥系统，并且拥有根据调查和分析所得的怪兽特性自行制定和执行作战计划的权限。然而，该小队的创建者、日本支部指挥部的榛野参谋长经常对该小组下达一些不可能完成的命令。
SKIP
怪兽防灾科学调查所（统称SKIP Scientific Kaiju Investigation and Prevention center）为了防止怪兽灾害的发生和受灾情况扩大，不断对各地区进行科学调查和避难引导。这个组织，还在不停地调查“怪兽之日”出现的原因和城市中的“摩诺之角”。
