1、项目背景
单细胞测序技术已经成为了一种不可或缺的工具，它能够揭示组织、器官乃至整个生物体内部不同细胞之间的微妙差异，从而为疾病研究、发育生物学、系统生物学等多个领域提供了前所未有的分辨率和深度。随着这项技术的广泛应用，掌握单细胞测序数据分析的能力，对于从事生物信息学、遗传学、分子生物学等相关领域的研究人员而言变得尤为重要。
本课程旨在为拥有基本R语言编程能力和基本生物学知识的大学生提供一个全面、实践性强的单细胞测序数据分析学习流程。学生将从单细胞测序技术的基础知识入手，逐步深入到数据获取、预处理、分析及高级应用等环节，最终能够独立完成一个单细胞数据分析项目。
2、项目概况
本项目是以桌面研究（desk research)为中心，以论文/研究报告为成果产出的项目制学习项目。学员将在导师的指导下学习如何做一个高质量的桌面研究，以及如何写出一份高质量的研究报告，并通过“生物信息”研究领域的专家的授课，理解单细胞测序的简介及基本应用，学习单细胞数据分析基础，并进一步掌握单细胞数据的进阶分析。
关于桌面研究和文献综述的干货知识延伸阅读：
3、项目收获
1、一份体现研究经历的中、英文项目证书、杰出营员证书（完成项目，每人可获得）：
由香港中文大学校友慈善基金伙伴机构、中国好社企-未圆湖书院颁发的中、英文项目证书，杰出营员证书。
2、一封社会实践证明（完成项目，每人可获得）：
由大中华地区青年交流中心盖章的社会实践证明
*大中华地区青年交流中心（GCYEC）是一个注册在中华人民共和国香港特别行政区的学术及文化交流机构。自成立之初，中心就致力于聚焦推动两岸三地青年在学术及文化领域的交流与合作，积极帮助青年在事业及学术发展方面获得更多的机会。
3、一封可网申的导师签名推荐信（完成项目，每人可获得）：
按照要求完成项目的学员将能够获得该项目的推荐信。推荐信可用于留学申请，支持背调。推荐信范围为学员参加项目的情况，学员应保证其基本信息的真实性。
4、一篇可发表的桌面研究报告（完成项目，每人可获得）：
完成一篇高质量的学术报告，优秀论文/研究报告将会协助发表至国家级期刊/国际期刊/国际会议（EI、CPCI、SCOPUS)/SCI（如需发表需另付费）。有助于留学/考研复试/保研/工作评职称。
5、一份可写进简历独特的科研实践经历（完成项目，每人可获得）：
将社会热点话题融入学术研究，收获更加深度的看问题视角，不仅得到知识的积累，也是一次独特的研究经历。
4、项目日程
阅读背景资料（具体进度根据学员自身安排）：协助学员通过社群中背景资料任务了解议题，开展以项目主题的背景资料阅读，初步了解“单细胞测序技术”，并形成自己研究报告思路。
课时一: 课前概述-对接下来的项目进行简单介绍，包括课程安排、亮点分析、任务布置、导师介绍、评估细则和课题提交要求、方式等内容。
课时二： 单细胞测序简介与数据准备
1.什么是单细胞测序？
介绍生物信息学领域在科学研究中的重要性
介绍RNA测序技术 以及测序技术近些年的发展
传统转录组测序与单细胞测序的比较。
单细胞测序技术的应用领域。
Single cell RNAseq 与single nucleus RNA sequencing的比较
2.介绍单细胞测序技术。
单细胞测序实验流程
不同单细胞测序平台的比较，如10x Genomics。
单细胞分析环境准备 （R Studio，bioconductor分析环境的搭建）
GEO公共数据库的介绍
课时三：单细胞数据分析基础
1.SeuratR包安装与简介。
GEO单细胞数据类型下载与读入
数据可视化以及批次效应矫正
常见的数据降维分析原理和数据降维分析方法
单细胞亚群类型注释
2.常用的细胞亚群注释工具介绍。
常见细胞标志物数据库的使用。
自动细胞亚群注释 R包的使用。
课时四：单细胞数据的进阶分析（一）
1.差异表达分析
差异表达分析以及常用工具介绍
差异表达分析数据的可视化
2.基因功能分析
基因功能分析的统计学原理
基因功能及生物学通路常用数据库介绍
基因功能分析常用工具介绍及实战
课时五：单细胞数据的进阶分析（二）
1.细胞发育轨迹分析
细胞发育轨迹分析的原理 以及常用工具的介绍
2.SENIC 转录因子预测分析
基因共表达网络构建
Regulon网络构建
课时六：项目成果点评，导师点评项目成果
5、特邀导师
Shavon，美国南加州大学博士
Shavon老师有着九年的信息学研究经验，生物信息学学士学位，美国南加州大学(USC)衰老生物学系博士。本科期间全国大学生数学建模大赛获得国家级奖项。博士期间致力于使用生物信息学解决衰老研究方面的问题。发表多篇SCI论文。协助完成多个国家级科研基金标书的撰写，数据可视化以及生物信息数据分析。与其他顶级美国院校合作的研究曾被Association of University Anesthesiologists 颁发 SAB ABSTRACT AWARD 及 Research Award for Clinical Science。研究方向: bioinformatics/ aging等。
6、具体信息
目标学员：大学生、研究生、部分优秀高中生，具有基础的R语言知识和生物学/医学知识，对生物信息学具有学习热情。
项目地点：全程线上（所有课程直播、支持回放）
项目时间：2025年2月13日-2025年3月7日
课程时间：一般在上午10:00-11:30，北京时间,具体时间开课前3天通知，如有变动会提前告知
费用说明：单人购买3580元/人
（扫码即可报名）
（项目咨询，报名，可扫码加入活动推送群）
费用包含：咨询费、服务费、行政费、导师费、纸质证书费、电子版证书制作费。
费用不包含：纸质版证书邮寄费用、后期论文发表费用
报名截止日期：2025年2月12日中午12:00（北京时间）
退款政策：
项目付款后3天内-全额退款；
项目付款后3天至项目开始前15天-扣除报名费用30%；
项目开始前15天内-扣除报名费用100%。
注意：退款政策以开课前时间为准。
