Salus Pro基因测序仪是赛陆医疗自主研发的一款灵活自由的新一代高通量测序仪。它提供常规和快速两种运行模式，并支持双单元滚动上机以及多种芯片规格（80M ~1000M）和多种测序读长（SE50 ~PE250），满足更多应用场景。
本期，我们将在全基因组DNA甲基化测序（WGBS）的实测数据中验证Salus Pro在WGBS测序中的可靠性和有效性。
全基因组DNA甲基化测序（Whole Genome Bisulfite Sequencing）（简称WGBS）被视为DNA甲基化研究的“金标准”，结合重亚硫酸盐（Bisulfite）处理和高通量测序技术，能够实现全基因组范围内单个C碱基的甲基化分析，适用于全基因组精细甲基化图谱的构建。
基于重亚硫酸盐的甲基化分析方法，首先通过重亚硫酸盐对样本DNA进行处理，将未甲基化的C碱基转化为U碱基，而甲基化的C碱基则不会改变，进行PCR扩增后U碱基会变成T，与原本甲基化的C碱基区分开，再结合高通量测序技术，可绘制单碱基分辨率的全基因组DNA甲基化图谱。
为了展示WGBS测序应用在赛陆测序平台上的表现，我们针对同一样本进行了WGBS测序。
文库构建：构建WGBS文库
测序策略：分别使用Salus Pro和G平台进行PE150测序。因G平台测序数据量大约为30X，同时将Salus Pro测序数据抽取20X，30X和50X进行分析。
下机数据质量
与竞品相比较，Salus Pro基因测序仪的原始Q30更高，>91%；质控后有效数据更多，Q30更高，>96%；当测序深度越低时Duplication比例更低，30X数据时只有～5%。
由于使用重亚硫酸盐处理样品DNA后会使未发生甲基化的胞嘧啶(Cytosine)转换为胸腺嘧啶(Thymine)，导致按照常规的比对方法无法将测序得到的reads比对到参考基因组上。需使用特定的比对软件对参考基因组进行转换，使甲基化数据与参考基因组具有可比性。其中唯一比对read(Unique mapped reads rate)是评估比对结果的重要参数，直接影响甲基化位点的识别。Salus Pro测序数据在20X, 30X和50X都显著优于G平台的数据。
根据甲基化的C所处的上下文环境，甲基化位点分成3类：CpG，CHG，CHH，p代表磷酸二酯键，CpG指的是甲基化的C的下游是1个G碱基。H代表除了G碱基之外的其他碱基，即A, C, T中的任意一种，CHG代表甲基化的C下游的2个碱基是H和G, CHH表示甲基化的C下游的两个碱基都是H。
另外根据端粒重复DNA作为天然的插入控制来估算未转化率，计算每个样本的转化率。
Salus Pro测序样本在甲基化位点检出方面优于G平台，转化率上与竞品相当，均>99%。
Salus Pro基因测序仪在全基因组甲基化测序(WGBS)领域的表现优异，其测序原始数据质量不仅达到了行业标杆，更在多个关键指标上表现优秀。这一卓越表现为表观遗传学研究提供更好的选择。
关于赛陆医疗
赛陆医疗创办于2020年，是国家高新技术企业和国家专精特新小巨人企业，专注于开发自主知识产权的上游测序平台，并基于其上构建了全球领先的超分辨空间组学平台，实现基因组学和空间组学产品的自主开发及科研临床端转化。公司突破了以往测序和组学产品在通量、成本、分辨率、自动化等方面的瓶颈，取得欧盟CE-IVDR等多项关键认证。公司发展迅速，现拥有国际领先的测序和组学平台，可以为中下游应用提供全面的解决方案，产品畅销海内外。
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