1.宏基因组研究概括和课题设计
2.宏基因组分析步骤和结果解读
3.原始数据的处理方法(代码实现):如测序数据质控、物种注释、功能注释
4.常规分析手段(代码实现):如丰度可视化、差异比较、多样性分析
5. 高级分析技术(代码实现):包括多组学关联分析、富集分析、通路图绘制等
本系列课程采用循序渐进、由浅入深的保姆式教学方式,帮助科研人员逐步深入学习如何挖掘宏基因组数据的生物学内涵。通过系统学习,学员将能够独立进行个性化的数据分析,不再依赖他人,实现科研能力的大幅提升。
请联系微科盟组学老师限时免费获取视频课程以及代码资料等,微科盟组学老师联系方式见后文,课程具体内容如下:
课程序号 | 主题 | 课程内容 | 主讲人 |
1 | 基础 | 农学宏基因组学研究概况及课题方案设计 | 王呈瑞 |
2 | 医学宏基因组学研究概况及课题方案设计 | 孟令超 | |
3 | 宏基因组分析步骤和结果 | 张锦 | |
4 | linux环境(WSL)搭建与linux shell基础,conda | 张国兴 | |
5 | 测序原始数据处理 | 张国兴 | |
6 | R语言安装与R语言基础 | 张国兴 | |
7 | 丰度可视化 | 百分比堆积柱形图代码实现 | 张国兴 |
8 | 分组聚类热图代码实现 | 张国兴 | |
9 | 显著性差异比较 | ANOVA/Kruskal Wallis/LEfSe实战 | 张国兴 |
10 | 多重比较实战 | 张国兴 | |
11 | DESeq2火山图实战 | 张国兴 | |
12 | 相关性分析&多组学关联 | 相关性热图代码实现 | 储陈辰 |
13 | 相关性网络代码实现 | 储陈辰 | |
14 | RDA/CCA代码实现 | 储陈辰 | |
15 | 回归分析代码实现 | 储陈辰 | |
16 | 多样性分析 | PCA/PCoA代码实现 | 张国兴 |
17 | NMDS和PERMANOVA代码实现 | 张国兴 | |
18 | α多样性分析代码实现 | 张国兴 | |
19 | 拓展 | 富集分析代码实现 | 张国兴 |
20 | 通路图代码实现 | 张国兴 | |
21 | 图片编辑 | 发表级图片编辑(svg编辑器的使用) | 张国兴 |
1.王呈瑞,中国海洋大学硕士。现任深圳微科盟科技集团有限公司组学老师,6年宏基因组,转录组,代谢组,微生物全基因组比较分析等多组学分析行业经验。
2.孟令超,南京农业大学硕士。现任深圳微科盟科技集团有限公司组学顾问,5年宏基因组、转录组、代谢组、蛋白质组以及基因组等多组学分析研究行业经验。
3.张锦,华南理工大学本科,中国科学院硕士。现任深圳微科盟科技集团有限公司组学顾问,7年宏基因组、转录组、代谢组等多组学分析行业经验。
4.张国兴, 2018年研究生毕业于中国农业大学, 此后一直在深圳微科盟科技集团有限公司工作,任微科盟数字副总,负责生科云(生物信息数据分析平台,注册用户 2.5 万人+)的架构全栈开发,系生科云总工程师。拥有8年的组学生信分析经验,熟悉生物信息学领域的各种分析方法和数据库,并且可以熟练使用大数据云计算相关手段对生物信息学大数据进行分析,此外还熟悉计算机相关知识原理,掌握人工智能相关算法。亲自撰写的代码20万行+,前期的生信视频课程观看人次累积超过20万+,而且以一作的身份发表过组学方向的二区的SCI论文。
5.储陈辰,2023年研究生毕业于南京林业大学,从事生物信息学方向,毕业之后入职深圳微科盟科技集团有限公司。任职生信工程师,负责开发生科云(生物信息数据分析平台,注册用户2.5万人+)组学数据分析云流程和云工具,参与多组学关联分析云流程以及多个生信分析云工具的开发工作。熟悉应用python、R、shell语言。
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课程内容节选如下:
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