体细胞突变率和寿命 | Nature

文摘   科学   2022-04-14 07:19  



相对于生殖系细胞的突变,体细胞的突变不能进行代际传递,其对个体的影响要比对群体的影响大。在肿瘤和发生和衰老过程中有重要作用。


热知识:体细胞突变率要远大于生殖系细胞突变率


在生物生命周期中,即便是健康的细胞,也会累积很多突变。这些发生在体细胞中的突变,有些可能和癌症的发生有关,有些可能与衰老有关。


很多相关的研究聚焦在人类群体中,随着人类的衰老,一些含有致癌突变的细胞会在人体中积累。但是相关研究在人类以外的哺乳动物中研究尚少。


一些关于体细胞突变率进化的观点认为,物种体型大小和肿瘤的发生是有相关关系的。物种体内受到转化风险的细胞越多,其肿瘤的发生也应该越大。但是更多的研究显示,物种的体型和患癌风险并没有相关性,即`Peto悖论`。


关于突变在衰老中的作用也备受争议,很多其他因素都会影响到衰老,比如端粒耗损、甲基化修饰漂变,蛋白质稳态的丧失等。


本研究为了探究体细胞突变和寿命的关系,采集了16个物种56个个体的208份肠隐窝组织标本,进行了二代全基因组测序。


【不同物种的不同个体每个二倍体细胞基因组点突变的数量和indel突变的数量】



【其中4个物种的年龄和体细胞突变数量的关系】


即便是同一个物种,体细胞突变率也有很大差异。上图4个物种的体细胞突变率和个体年龄有明显的线性关系,年龄越大,突变越多。


不同物种的体细胞突变谱有一定相似之处,特别是在CpG位点的C->T突变,其在各个物种的突变谱中都占有很大比例。


根据突变谱的构成,本研究主要研究了3种类型的突变特征:


- SBS1:5-甲基胞嘧啶自发脱氨基导致的突变

- SBSB:内源性DNA损伤和修复过程中导致的突变

- SBSC:DNA氧化损伤导致的C->A替换


【上述三种突变特征在各个物种突变中所占的比例】



【不同的突变其随年龄的变化也不相同,年龄和SBS1类型的突变更大的相关性。】


在本研究的物种中,突变率(每年每基因组)的差别很大。比如,在人类体细胞中,突变率为每年每基因组有47个碱基替换突变,而在小鼠中,这一突变数字高达796个;二者在indel的突变率上也有60余倍的差异。


【突变率和寿命的关系。b(左):对数变换的原始寿命,b(右):校正了体型因素之后的模型残差中寿命与突变率的关系。c:不同物种原始寿命与突变率的关系】


针对不同物种的寿命和突变率,二者有倒数关系,寿命的长度解释了物种之间82%的突变率差异。突变率越低,寿命越长;反之越短。



【突变率与体型的关系。d(左):体型与对数突变率,d(右):校正了寿命因素之后的体型与突变率的关系,e:原始突变率与对数体型大小的关系】


体型和突变率并没有显著的相关关系,特别是在校正了寿命因素之后。体型大小对突变率变异的解释也很小。其中最明显的例子是长颈鹿和裸鼹鼠,二者的突变率相似,寿命也差别不大,但是它们的体型差异显然十分巨大(2万多倍的差异)。


此外,本实验还研究了基础代谢率以及每窝产仔数对突变率的影响,这些因素和体重类似,对突变率的影响不大。


【在本研究的物种中,针对不同类型的突变,物种寿命和突变率的关系】


针对各种类型的突变,物种寿命和突变率都是倒数关系,这说明我们看到的突变率和寿命的关系并不只是某一类突变导致的,而是对各种类型突变都适用。


本研究还特别关注了线粒体DNA,因为很多研究提示线粒体在衰老的过程中发挥了重要的作用。首先根据测序结果,可以推测每个细胞含有100-2000个线粒体基因组。物种线粒体DNA的突变谱相似,大部分突变是C->T和A->G的碱基替换,这些突变一般认为是由线粒体DNA复制错误导致的,而非DNA损伤修复。本研究估计,一个个体每个线粒体基因组大概会有0.23个可检测突变发生,对于线粒体而言,这一个突变率还是很大,产生的影响也很大。


总结:


尽管各个物种的食谱和生活史差异很大,但是他们都有相似的突变谱,提示在这些哺乳动物体细胞突变中,有相似的致突因素。本研究最要的发现是体细胞突变和物种寿命呈现倒数关系。突变率越大,寿命越短。在进化过程中,体细胞突变率应该会受到选择压力的。




【感谢阅读】




资料来源:Cagan, A., Baez-Ortega, A., Brzozowska, N. et al. Somatic mutation rates scale with lifespan across mammals. Nature (2022). https://doi.org/10.1038/s41586-022-04618-z



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