在VSode中调用Jupyterlab和R

文摘   科技   2024-11-27 09:05   江苏  

01

写在前面

大部分共享服务器没有root权限(当然也有例外:有root权限的共享服务器,报我名字立减200¥),装不了Rstudio-server。而R终端虽然可以完成一些基本任务,但对于数据分析、画图等高级操作则显得不够便利。因此,我们需要一种能够轻松应对这些任务的IDE。幸运的是,Jupyterlab为我们提供了一个交互式计算环境,让我们可以直接输入代码并立即查看结果。这个功能强大的工具已经成为了数据分析领域的瑰宝,被广泛应用于各种数据分析、可视化等任务中。而VS Code是一个非常流行的编辑器,而且支持多种编程语言和工具。将JupyterLab集成到VS Code中,可以让你在一个统一的开发环境中完成代码编辑、调试和运行等操作,避免了频繁切换不同软件带来的不便。本文书接上回(如何在没有root权限的情况下使用R语言),大家需要先安装并配置好Jupyterlab
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02

在VScode中使用Jupyterlab和R

首先我们需要安装VScode并远程连接服务器,这些网上教程很多,可以直接参考:
https://blog.csdn.net/zhaxun/article/details/120568402
https://blog.csdn.net/qq_41646032/article/details/122304257
安装完成并连接服务器之后,我们需要安装一些拓展程序:Chinese (Simplified),Python和Jupyter插件:




VScode登录上服务器之后,我们可以在终端或者左侧目录中创建文件,然后点开编辑,这里我们之间点开之前创建的Untitled.ipynb:


点击选择内核:


然后点击选择其他内核:


继续点击第二个:


我们就可以看到R环境啦:


选择之后我们就可以继续在其中运行R代码了,我们先来安装一些基础包:

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.18")
install.packages("tidyverse")

然而不知道为何,Linux下R包安装经常出现问题,例如:installation of package ‘Rpackage’ had non-zero exit status,这时候我们就需要用conda来安装R包了:

conda install -c bioconda bioconductor-biocinstaller
conda install -c conda-forge r-tidyverse

一般直接搜索conda Rpackagename 就能知道具体安装代码了。安装R包之后,我们来运行一下代码啦:

library(tidyverse)
ggplot(data = diamonds) +
  geom_bar(mapping = aes(x = cut, fill = clarity),
  position = "fill")

结果:


至此,我们就能在VScode的Jupyterlab中方便的使用R啦!接下来,我们还要配置一些设置,来更快捷的使用。

拓展程序安装

虽然目前我们能在Jupyterlab中使用R了,但是实际用的时候会发现代码补全和一些快捷键不方便,而Rstudio中各种辅助配置非常完善了。这时候我们就需要VScode中的一些插件来方便我们写代码。我们直接在左侧的拓展中搜索R,然后安装即可。



之后我们再打开jupyter文件,就会发现一些快捷键比如Alt+-,Ctrl+Shitf+M都能使用了!
然后还有一些实际颜色显示:


这就和最新版的Rstudio非常像了!然后是代码补全:

当我们把鼠标放到函数上时,还能看到帮助文档:


如果需要直接在jupyter中安装R的内核,可以直接在终端打开的R中进行操作:

install.packages('IRkernel')IRkernel::installspec()
这样内核中就会多一个R可以选择:


这样,我们实际使用就非常Nice了!

总结

总的来说,R语言的IDE中,Rstudio是最为常用和流行的。而JupyterLab则更多地被应用在Python数据分析领域。但是,VS Code也是一个非常强大的编辑器,通过安装一些插件,可以实现很多功能。在本文中,我们介绍了如何通过安装插件,在VS Code中远程连接服务器,并愉快地开始编写Python和R代码。此外,VS Code还有许多其他有用的插件,比如黑暗模式、调试、语法高亮等等,需要进一步探索和使用。

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