Nature Ecology & Evolution | 它演化成了当今地球上所有的细胞生物

文摘   2024-07-13 18:08   上海  

当今地球细胞生物最早的祖先距今约42亿年前,其为类似原核的厌氧乙酸菌,有抗病毒免疫系统;其基因组大小约为2.5Mb,编码了2600个蛋白。

是否曾想过,不管是如细菌的低等生物,还是高等的哺乳动物,他们在生命的底层逻辑都有很多相似的地方,比如都有相似的DNA遗传编码、相似的蛋白合成、相似的氨基酸使用,同时,都利用ATP提供能量。这些都说明了生命的共同起源。不管后续生物如何演化,变得如何高等、复杂,其仍然保留着生命形成之初的印记。

当然,关于细胞生物最早的共同祖先,之前也有很多相关的假说和研究。比如大撞击假说(Late Heavy Bombardment),认为共同祖先无法在大撞击中幸存,因此细胞生物的共同祖先应该晚于大撞击时期。

大撞击假说:发生在37亿-39亿年前,该阶段有大量的彗星和陨石砸向内太阳系岩质星体,包括地球和月球。特别是月球土壤样本的一些证据,似乎能够证实大轰炸假说。当然,这还只是假说,还存在很多质疑。


本研究不再局限于上述假说,使用了relaxed-clock模型,通过五类旁系同源酶序列,重新估计了细胞生物最早的共同祖先,发现其存在于42亿年前。估计其基因组大小为2.75 Mb (2.49–2.99 Mb),编码2,657 (2,451–2,855)个蛋白。

该共同祖先很可能是厌氧菌,因为没有发现其含有末端氧化酶的存在。相反地,发现了很多基因参与还原性乙酰辅酶A通路(Wood-Ljungdahl Pathway),说明其可以在厌氧环境下通过有机异养或者自养而繁殖生存。此外,该共同祖先还可能存在糖异生和糖酵解能力。不过没有发现该共同祖先有光合作用的能力。

Wood-Ljungdahl Pathway: 也被称为还原性乙酰辅酶 A (乙酰辅酶 A) 途径。该途径使这些生物体能够使用氢 (H2) 作为电子供体,二氧化碳 (CO2) 作为电子受体。在该途径中,二氧化碳被还原为一氧化碳 (CO) 和甲酸 (HCOOH) 或直接还原为甲酰基 (R-CH=O),甲酰基被还原为甲基 (-CH3),然后与一氧化碳和辅酶 A 结合产生乙酰辅酶 A。

有强烈的证据显示该祖先存在ATP合成酶;同时可能存在同化硝酸盐通路和硫酸盐还原通路。此外,也发现该祖先可能还有CRISPR–Cas相关蛋白,可能和抗病毒免疫有关,提示早期的细胞生物已经和病毒存在演化竞争了

该祖先如果是有机异养型的,那么它需要其他自养型生物提供有机化合物作为异养原料。

当然,如果它是化学自养型,那么它只需要环境中的氢气和二氧化碳即可,同时,它的代谢产物还会为其他生物提供生态位。本研究在该祖先中发现了逆解旋酶的存在(嗜热原核生物代表性酶),说明其可能生活在海底热泉附近,利用环境中的氢气进行化学自养。当然,该祖先也可能生活在海洋表面,利用大气中的氢气自养生存,不过缺乏更有力的证据支持。而且,生活在海洋底部能够更好地帮助生物逃避陨石大撞击的影响。


不管怎样,作为当今细胞生物的共同祖先,其在早期的地球生态环境演化中起了重要作用,包括氢循环和碳固定。当然,细胞生物形成之前的生命演化史,还有待更多研究。


资料来源:

Moody, E. R., Alvarez-Carretero, S., Mahendrarajah, T., Clark, J. W., Betts, H., Dombrowski, N., ... & Donoghue, P. C. (2024). The nature of the Last Universal Common Ancestor and its impact on the early Earth system. Nature Ecology and Evolution.


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