研究前沿:北京大学光交联-蛋白质相互作用 | Nature Chemistry

文摘   2024-11-06 03:01   北京  

在生物分子凝聚体中,解析蛋白质-蛋白质相互作用protein–protein interactions (PPIs),对于解释功能和调控机制,是至关重要的。然而,凝聚体的短暂性质和客户 clients分子的多重定位,使得确定特定隔室的蛋白质-蛋白质相互作用PPIs,变得具有挑战性。

今日,北京大学Kexin Li, Xiao Xie, Rui Gao,陈鹏 Peng R. Chen等,在Nature Chemistry上发文,开发了一种凝聚增强的、空间定向的、代谢结合辅助的光交联策略(称为DenseMAP),用于对凝聚体中的直接蛋白质相互作用组,进行时空分辨的剖析。
利用这种凝聚体增强光交联剂和空间定向生物素标记,DenseMAP策略,实现了N6-甲基腺苷读数器YTHDF1和YTHDF2的应激颗粒特异性相互作用组图谱,并揭示了SARS-CoV-2核衣壳蛋白磷酸化,在调节病毒复制中的功能作用。进一步应用DenseMAP策略,对亚室支架蛋白NPM1进行直接相互作用组作图,破译了核仁颗粒组分蛋白质组,揭示了在控制核仁蛋白质组稳态中,SUMO化的关键作用。
DenseMAP策略提供了一种平台技术,用于在不同的生理和/或病理环境时,分析亚细胞和亚室凝聚体中的功能性蛋白质-蛋白质相互作用PPI网络。

Spatiotemporal protein interactome profiling through condensation-enhanced photocrosslinking. 
通过凝聚体增强的光交联,实现了时空蛋白质相互作用组分析。

图1: DenseMAP策略的示意图。


图2: 验证DenseMAP策略的凝聚体增强交联。


图3: DenseMAP捕获SG相关的相互作用组。


图4: DenseMAP揭示了SARS-CoV-2N蛋白SG特异性相互作用的磷调节。


图5: NPM1的DenseMAP-profile动态相互作用组,反映了核仁GC亚室蛋白质组。


图6: SUMO化,对核仁质量控制和C9orf72 poly-GR-repeat-induced诱导损伤的影响。

文献链接

Li, K., Xie, X., Gao, R. et al. Spatiotemporal protein interactome profiling through condensation-enhanced photocrosslinking. Nat. Chem. (2024).

https://doi.org/10.1038/s41557-024-01663-1

https://www.nature.com/articles/s41557-024-01663-1

本文译自Nature。

来源:今日新材料

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