北京大学深研院 高加力/杨世和 JACS Au 工程化氧气非依赖型NADH氧化酶并结合电催化FAD辅因子再生

文摘   2024-08-22 20:39   浙江  

1
摘要
本研究开发了一种用于烟酰胺腺嘌呤二核苷酸 (NADH) 氧化和生物传感的电化学介导的酶过程,该过程中野生型NADH氧化酶的氧依赖活性被电化学再生的黄素腺嘌呤二核苷酸 (FAD) 辅因子所取代。因此,该生物电催化过程在生物合成应用中不再依赖于通过气泡空气或纯氧提供的持续氧气供应,从而减少了酶的稳定性下降。结合了酶在电极上的固定化以及通过电子转移介质二茂铁甲酸(ferrocene carboxylic acid,FcCA)介导的活性位点中FADH2的电化学氧化,成功实现了电化学与酶催化的耦合。此外,为了在电催化过程中暴露于空气时最大限度地减少溶解氧的影响,作者成功地在Leuconostoc mesenteroides来源的NADH氧化酶(LmNOx)的Leu40和Cys42位点进行了突变设计,以阻止氧气进入活性位点并消除天然FAD辅因子的再生半反应。这些工程化的酶在溶液中活性显著降低或失活,但在电化学条件下表现出对NADH向NAD+转化的电催化活性,证明了通过电化学成功实现了FAD辅因子在活性位点的再生。最终开发了两种对NADH检测高度响应的电化学生物传感器,其底物特异性优于使用金属电极的标准检测器,且具有可比的检测范围和检测限(1-3 μM)。

2
研究内容
FAD的氧化还原状态通过分子氧在LmNOx的活性位点再生,同时生成水。本研究目标是通过电催化替代NOx对氧气的依赖,消除对分子氧的需求。然而,直接电化学氧化FADH2以生成FAD在酶的活性位点中效率不高,且无论是否使用红氧介质如FcCA。作者推测这可能是由于酶在阳极电双层中的扩散效率低。为提高电化学氧化效率,将LmNOx酶固定在玻碳电极上,并使用纤维状多糖壳聚糖(CTS)作为固定化介质,这种方法已被证明有效(方案1方案2)。

方案1. 烟酰胺腺嘌呤二核苷酸的酶促和生物电催化氧化

方案2. LmNOx/CTS@GC的制备及二茂铁乙酸介导的NADH氧化电催化和NADH氧化酶(NOx)再生FAD的氧化还原循环示意图

在没有NADH时,CV曲线显示仅有FcCA的氧化还原峰,氧化电流密度为0.18 mA/cm²。当加入NADH后,FcCA的氧化电流密度显著增加到0.73 mA/cm²,说明LmNOx酶参与了NADH氧化,FAD通过FcCA+在电极上再生。此外,FcCA+的还原峰消失,表明其在酶催化循环中被消耗。这些结果证实了通过FcCA介导的电子转移,实现了FAD在酶活性位点的再生。相比之下,自由酶溶液中NADH的电化学氧化没有显著影响,但在LmNOx固定化电极上,FcCA氧化峰显著增强,进一步验证了该酶催化机制(图3)。


图3. 生物电催化NADH氧化性能

观察到的NOx生物电催化活性源于酶在GC电极上的固定化,而不是简单地将酶溶解在电解液中。SEM图像中的CTS网络结构提供了一个将酶与电极紧密接触的基质,有助于在酶活性位点实现高效的电子转移。因此,电极通过FcCA+向FcCA的酶促转化间接促进了FADH2的氧化,导致还原峰消失和氧化峰增加。此外,NADH的电催化氧化起始电位增加,表明由于酶的结合,电极表面附近的NADH局部浓度降低。这些结果进一步证实了一个电化学辅助的LmNOx生物催化系统的成功构建,使NADH的氧化能够在无氧条件下连续进行(图2)。


图2. 形态表征


我们首先对野生型LmNOx进行了500纳秒的分子动力学(MD)模拟,分析了O2结合通道沿途腔体的动态变化。图4A显示了蛋白质中腔体在整个轨迹中出现频率超过60%的区域,表明了氧气结合到活性位点的路径。可以看出,尽管Leu40远离活性位点并且不直接参与NOx的氧化还原循环,它在氧气通道中起到了通道门控的作用。随后,我们对Leu40突变体进行了进一步的分子动力学模拟,发现Leu40Trp(L40W)突变体中的氧气通道开启频率降低到不足20%,这表明Trp40的大型吲哚侧链可能抑制了氧气向活性中心的扩散图4


图4. LmNOx野生型和L40W的腔体比较


将三种突变酶固定在GC电极上的生物电催化活性与野生型LmNOx进行了比较,分别在饱和氩气和暴露于空气中的条件下进行实验。在厌氧条件下,酶循环的第二阶段,即辅因子FAD再生的内在活性受到抑制。插入突变酶的电极上记录的FcCA介质氧化电流峰在空气和氩气暴露条件下几乎没有变化,这与野生型酶电极(灰色曲线)形成了鲜明对比。这些观察表明,原生酶通过氧气通道进行的电催化竞争在三种突变体(L40W、L40W/C42A、L40W/C42G)中均得到了有效抑制。然而,所有三种突变体的电催化效率均有所降低,FcCA氧化水平较野生型酶降低了79%至39%不等。其中,L40W/C42A双突变体的恢复结果最为理想,在氩气饱和电解液中,其最大电流密度为野生型的79%。空气中的氧气对L40W/C42A固定电极的电催化影响相对较小,相较厌氧条件下仅降低了3.5%图5


图5. 生物电催化NADH氧化性能


最后通过电化学阻抗谱(EIS)测量展示了酶固定电极的电催化动力学行为。图6A显示了野生型LmNOx/CTS@GC在不同电位下的奈奎斯特图,1.0 V电位下半圆最小,表明电荷转移电阻最低,与其优越的催化活性一致。图6B显示了突变体在1.0 V电位下的奈奎斯特图,L40W/C42A双突变体的半圆最小,表明其电荷转移电阻最低,催化活性最佳。


图6. 使用酶固定电极进行二茂铁乙酸介导的NADH电催化氧化的奈奎斯特图
3
论文相关信息

作者信息及链接

高加力:jialigao.org/people/jiali-gao.html

研究方向:基于动力学模拟的结构和能量学分析对酶促反应的理解

杨世和:https://web.pkusz.edu.cn/chsyang/?page_id=2

研究方向:致力于研究物质从原子、分子过渡到凝聚态的中间形态(团簇和低维纳米材料)的结构、性质及应用

文章信息:Engineering Oxygen-Independent NADH Oxidase Integrated with Electrocatalytic FAD Cofactor Regeneration

文章链接:https://doi.org/10.1021/jacsau.4c00528

谢谢支持,欢迎您用科研的小手点个赞
 左下角阅读原文

蛋白质工程与生物催化
广阔的生物世界
 最新文章