发文没思路?MIMIC数据库!常规分析套路发一区 |MIMIC-IV数据库周报(10.19~10.25)
文摘
健康
2024-11-22 17:58
浙江
重症医学数据库(MIMIC)是由计算生理学实验室开发的公开数据集,其中包括与数千个重症监护病房入院相关的去识别化健康数据,致力于推动临床信息学、流行病学和机器学习的研究。MIMIC数据库于2003年在美国国立卫生研究院的资助下,由美国麻省理工学院计算生理学实验室、美国哈佛医学院贝斯以色列女执事医疗中心(Beth Israel Deaconess Medical Center,BIDMC)和飞利浦医疗公司共同建立。MIMIC 数据库目前已经产生了MIMIC Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ三个版本,包含了BIDMC所有内外科ICU患者的数据。MIMIC Ⅲ数据库收集了BIDMC 2001年6月至2012年10月ICU收治的53423例成年患者数据和2001年至2008年收治的7870例新生儿重症患者数据。MIMIC Ⅳ数据库在MIMIC Ⅲ的基础上做了一些改进,包括数据更新和部分表格重构,收集了2008至2019年BIDMC收治的超过19万名患者、45万次住院记录的临床数据。数据库收集了三类数据:临床数据,从ICU信息系统和医院档案中汇总;高分辨率生理数据,从床边监护仪获得;死亡数据,来自社会保障局死亡档案。2024.10.19-2024.10.25PubMed数据库“标题/摘要:MIMIC-IV OR MIMIC-III”搜索发现,共发表7篇MIMIC-IV论文。其中1篇一区。
外国学者文章
文章题目:基于BEHRT的医学概念嵌入的联邦学习。研究背景:电子病历数据通常被认为是敏感的医疗信息。因此,来自不同医疗中心的EHR数据往往不能共享,这使得使用多中心EHR数据创建预测模型变得困难,而这对于模型的鲁棒性和泛化性至关重要。联邦学习(FL)是一种算法方法,它允许使用多个位置的数据学习共享模型,而不需要将所有数据存储在单个中心位置。我们的研究旨在评估使用BEHRT模型对电子病历数据进行预测任务的FL方法,重点是下一次就诊预测。数据来源:我们在MIMIC-IV数据集上展示了我们的方法。
方法:我们提出了一种学习医学概念嵌入的FL方法。这个预训练模型可以用于对特定的下游任务进行微调。我们的方法是基于嵌入模型,如BEHRT,一个深度神经序列转导模型的EHR。我们使用FL进行训练,包括掩码语言建模(MLM)和下一次访问下游模型。结果:我们比较了用FL训练的模型与集中式数据训练的模型的性能,观察到平均精度的差异从0%到3%(绝对),这取决于患者就诊历史的长短。此外,与局部模型相比,我们的方法平均精度提高了4%-10%(绝对)。此外,我们还展示了使用预训练的MLM对下次访问诊断预测任务的重要性。
结论:我们发现我们的FL方法非常接近集中式模型的性能,并且在平均精度方面优于局部模型。我们还表明,与未进行预训练的传销模型相比,预训练的传销模型在下次访问诊断预测任务中的平均精度性能有所提高。
文章题目:对乙酰氨基酚与败血症相关急性肾损伤患者死亡风险之间的关系:来自MIMIC-IV数据库的回顾性队列研究。研究背景:脓毒症相关急性肾损伤(SA-AKI)的发生预示着较差的预后。研究目的:我们的目的是评估对乙酰氨基酚使用对SA-AKI患者短期死亡率的影响。数据来源:这项回顾性队列研究纳入了2008年至2019年重症监护医学信息市场IV (MIMIC-IV)数据库中诊断为SA-AKI的6563例患者。方法:采用Cox回归模型分析对乙酰氨基酚与30天死亡率和住院死亡率的关系。对使用对乙酰氨基酚的患者和未使用对乙酰氨基酚的患者进行了额外的倾向评分匹配(PSM)分析。结果:其中,1421例(21.65%)患者30天死亡,1246例(18.99%)患者住院死亡。使用对乙酰氨基酚的患者与30天死亡率(HR = 0.80, 95%可信区间(CI):0.71-0.90)和住院死亡率(HR = 0.72, 95% CI: 0.63-0.82)降低相关。PSM分析表明,对乙酰氨基酚的使用仍然与降低30天死亡率和住院死亡率的风险有关。亚组分析显示,对乙酰氨基酚与30天死亡率和住院死亡率之间的关系在各亚组之间是一致的(p < 0.05)。结论:对乙酰氨基酚的使用与SA-AKI患者较低的短期死亡率有关。
文章题目:估计脉搏波速度与蛛网膜下腔出血患者死亡风险之间的关系:基于MIMIC数据库的回顾性队列研究。研究背景:估计脉搏波速度(ePWV)是最近发展起来的一种测量动脉僵硬度和预测长期心血管死亡率的简单而有用的工具。然而,ePWV与蛛网膜下腔出血(SAH)患者死亡风险的关系尚不清楚。研究目的:本研究旨在评估ePWV对SAH患者短期和长期死亡率的潜在预测价值。数据来源:本回顾性队列研究从重症监护医学信息市场(MIMIC) III和IV数据库中提取无创伤性SAH的成年患者的数据。方法:采用加权单变量和多变量Cox回归分析探讨ePWV水平与SAH患者30天死亡率和1年死亡率的关系。评价指标为风险比(hr)和95%置信区间(ci)。此外,还进行了年龄、顺序器官衰竭评估(SOFA)评分、手术、心房颤动(AF)、肾功能衰竭(RF)、肝脏疾病、慢性阻塞性肺疾病(COPD)、败血症、高血压和糖尿病(DM)的亚组分析。结果:1481例符合条件的患者中,339例在30天内死亡,435例在1年内死亡。校正协变量后,与ePWV < 10.12相比,ePWV≥12.10与较高的30天死亡率(HR = 1.77, 95%CI: 1.17-2.67)和1年死亡率(HR = 1.97, 95%CI: 1.36-2.85)相关。受试者操作特征(ROC)曲线显示,与单一SOFA评分相比,ePWV联合SOFA评分对30天死亡率和1年死亡率的预测性能均相对优越,曲线下面积(aus)分别为0.740 vs. 0.664和0.754 vs. 0.658。在年龄≥65岁、SOFA评分< 2、非手术、非肝脏疾病、非copd、非高血压、非dm和脓毒症亚组中,ePWV与死亡风险也存在正相关。
结论:基线ePWV水平可能对SAH患者的短期和长期死亡率有潜在的预测价值。然而,ePWV在SAH预后中的应用需要进一步明确。
文章题目:使用美托洛尔与脓毒症引起的心肌病患者预后改善相关:MIMIC-IV数据库分析。研究背景:美托洛尔常用于危重患者;然而,它对败血症性心肌病(SICM)患者死亡率的影响仍不确定。研究目的:本研究旨在探讨美托洛尔与SICM患者死亡率的关系。数据来源:从MIMIC-IV数据库中鉴定患有SICM的成人。方法:暴露感兴趣的是美托洛尔治疗。评估的结果为30天死亡率、1年死亡率和住院死亡率。Kaplan-Meier生存分析评估了美托洛尔对这些结果的影响。采用多变量Cox比例风险分析和logistic回归分析来确定美托洛尔治疗与SICM患者死亡率之间的相关性。结果:共发现1163例SICM患者,其中接受美托洛尔治疗的882例(MET组),未接受美托洛尔治疗的281例(NOMET组)。总体而言,30天、1年和住院死亡率分别为10.2%、18.2%和8.9%。两组之间的死亡率存在显著差异。多变量Cox分析显示,NOMET组患者1年死亡风险较高(校正风险比[HR] 2.493;95%置信区间[CI] 1.800-3.451;P < 0.001)和30天死亡率(校正HR 4.280;95%可信区间2.760 - -6.637;P < 0.001)。美托洛尔治疗与较低的住院死亡率相关(优势比[OR] 5.076;95% ci 2.848-9.047;P < 0.001)。亚组分析支持这些发现。结论:美托洛尔治疗可降低SICM患者的全因死亡率。需要前瞻性研究来验证这些发现。
文章题目:重症感染性心内膜炎患者血清阴离子间隙与28天死亡率的关系:来自MIMIC IV数据库的回顾性队列研究。研究背景:感染性心内膜炎危重患者血清阴离子间隙(AG)与28天死亡率之间的关系目前尚不清楚。研究目的:感染性心内膜炎危重患者血清阴离子间隙(AG)与28天死亡率之间的关系目前尚不清楚。探讨血清AG对感染性心内膜炎危重患者28天死亡率的影响。数据来源:对449例确诊为感染性心内膜炎并入住重症监护病房(ICU)的患者进行回顾性队列研究。方法:收集所有参与者的生命体征、实验室参数和合并症,分析阴离子间隙水平与28天死亡率之间的关系。结果:共纳入449例感染性心内膜炎(IE)危重患者。平均年龄57岁,男性占64%。总的28天死亡率为20%。未经调整的分析显示,入院时较高的AG与28天死亡率增加显著相关(风险比[HR] 1.13;95%置信区间[CI] 1.09-1.18;P < 0.001)。在对所有混杂因素进行校正后,相关性仍然显著(校正HR 1.07;95% ci 1.02-1.13;P = 0.003)。当将AG转换为分类变量(四分位数)时,最高Q1组28天死亡风险显著高于最低Q1组(模型4:HR = 2.62, 95%CI: 1.17-5.83, p = 0.019)。亚组分析显示不同组的结果一致。结论:入院时较高的AG与IE危重患者28天死亡率升高独立相关。这些发现表明,AG可以作为该人群的预后标志物,有助于风险分层和指导临床管理。
6.中国学者文章介绍(六)
文章题目:基于MIMIC数据库的呼吸机相关肺炎患者生存Nomogram构建。
研究目的:构建并验证呼吸机相关性肺炎(VAP)患者生存预测nomogram模型,以提高对危重期VAP患者28天生存率的预测。
数据来源:通过重症监护医学信息市场(MIMIC)-IV筛选重症监护病房(ICU) VAP患者1438例。
方法:在多变量Cox回归分析数据的基础上,采用c指数和曲线下面积(AUC)评价nomogram预测VAP患者在ICU入院时7、14和28天生存状态的能力。生成校正曲线和决策曲线分析曲线,评价模型的临床价值和有效性,并对VAP患者进行风险分层。结果:通过单变量和多变量Cox回归模型的逐步回归筛选,确定了预测nomogram的独立预后因素,包括年龄、种族、体温、序次脏器功能衰竭评分、阴离子间隙、碳酸氢盐浓度、二氧化碳分压、平均红细胞血红蛋白、肝病等。
结果:该模型在训练集和测试集上的c指数分别为0.748和0.628。受试者工作特征曲线显示,nomogram在训练集中(AUC = 0.74)对28天生存状态的预测效果较好,而在测试集中(AUC = 0.66)预测效果较差。校正曲线和决策曲线分析曲线结果提示nomogram具有较好的预测效果和临床疗效。Kaplan-Meier曲线显示,低、中、高风险组在总集和训练集的生存率差异有统计学意义(log-rank p < 0.05),进一步验证了模型的有效性。
结论:构建了VAP患者入院ICU 7、14、28天生存预测图,有助于对该类患者进行风险分层和决策。该模型有望在支持VAP的个性化治疗和管理方面发挥积极作用。
7.中国学者文章介绍(七)
文章题目:阴离子间隙和红细胞分布宽度对心脏术后急性肾损伤风险的影响。研究目的:本研究旨在分析红细胞分布宽度(RDW)、阴离子间隙(AG)水平及其对心脏手术后急性肾损伤(AKI)风险的影响。数据来源:通过重症监护医学信息市场(MIMIC)-IV筛选重症监护病房(ICU) VAP患者1438例。
方法:在多变量Cox回归分析数据的基础上,采用c指数和曲线下面积(AUC)评价nomogram预测VAP患者在ICU入院时7、14和28天生存状态的能力。生成校正曲线和决策曲线分析曲线,评价模型的临床价值和有效性,并对VAP患者进行风险分层。结果:通过单变量和多变量Cox回归模型的逐步回归筛选,确定了预测nomogram的独立预后因素,包括年龄、种族、体温、序次脏器功能衰竭评分、阴离子间隙、碳酸氢盐浓度、二氧化碳分压、平均红细胞血红蛋白、肝病等。
结果:该模型在训练集和测试集上的c指数分别为0.748和0.628。受试者工作特征曲线显示,nomogram在训练集中(AUC = 0.74)对28天生存状态的预测效果较好,而在测试集中(AUC = 0.66)预测效果较差。校正曲线和决策曲线分析曲线结果提示nomogram具有较好的预测效果和临床疗效。Kaplan-Meier曲线显示,低、中、高风险组在总集和训练集的生存率差异有统计学意义(log-rank p < 0.05),进一步验证了模型的有效性。结论:构建了VAP患者入院ICU 7、14、28天生存预测图,有助于对该类患者进行风险分层和决策。该模型有望在支持VAP的个性化治疗和管理方面发挥积极作用。更多文章如下:无