内部控制活动，是对风险进行识别、定级、和应对的过程，所以研究内部控制一定要与风险相结合，这个是一定要意识到的一个要点。
各级单位针对不同的等级风险，应综合运用制约（事前、事中）、监督（事后）等控制方案，制定具体控制措施，实现对各类风险点的有效控制。
其主要的控制措施如下：
一、职责分工控制
制衡性：内部控制应当在单位内部的部门管理、职责分工等方面形成相互制约和相互监督的机制。
权责对等：单位各岗位人员在决策、执行、监督和反馈过程中行使的权力与承担的责任相一致，要有相关的制度明确职责要求。
适应性：职责分工应当符合国家有关规定和单位的实际情况，考虑成本效益的同时评估风险。
二、不相容岗位(职责)分离控制。
不相容岗位(职责)，是指如果由一个人担任，既可能发生错误和舞弊行为，又可能掩盖其错误和舞弊行为的岗位。
(一)各单位应全面系统分析、梳理业务流程中所涉及的不相容岗位(职责)，通过实施分离措施，明确细化责任，形成各司其职、各负其责、横向与纵向相互制约监督的工作机制。
(二)实行清晰的决策、执行、监督机构设置，并建立和实施相对独立的报告制度，体现职责明确、相互制约的原则。
三、 授权控制。
(一)建立与组织机构、财政业务及管理相适应的内部授权管理体系，明确授权主体、范围与权限，规范授权管理与监督程序，科学分配权力，确保各单位及关键岗位人员在授权范围内开展工作。
(二)制订内部授权制度，对授权内容和程序作出规范，对所有授权事项进行统一管理，并根据业务性质与特点、管理层级、职责分工和工作需要对被授权人分级授权。
四、 归口管理。
优化内设机构设置，合理划分、科学配置内设机构职能，对有关业务工作实行统一管理，构建权责一致、归口管理、协调配合、运转高效的职能体系，强化责任落实。
五、流程控制。
(一)通过流程再造使所有控制在流程中解决，实现指标流、资金流、业务流的流程统一，形成顺向相互支撑、有效制衡，逆向真实反馈、有效监督的完整体系。
(二)将内控管理嵌入业务流程，对流程执行进行持续的监督、评价和优化，构建业务过程控制的自我完善机制。
六、 信息系统管理控制。
通过财政信息化加强内部控制，将内控理念、控制活动、控制措施等嵌入信息系统，最大限度减少人为操纵因素。
七、过程预警控制。
根据工作规程和业务运转的内在逻辑，在重要节点预设监控指标进行检索、比对，对应办事项及时提醒，对错办事项及时干预、强制阻断。
八、公开运行控制。
建立健全信息公开、公示制度，明确公开、公示的内容、范围、方式和程序。
九、痕迹记录控制。
利用有效手段保留完整的工作记录、台账、表单、票据和文书等，通过运行痕迹记录对工作事项处理进行过程控制，确保工作过程可查询、可追溯、可比较。
十、监督控制。
(一)日常监督控制。上级主管部门或人员应对下级人员遵守和执行职责范围内相关制度、流程情况实行日常监督管理。
(二)专门监督控制。各级专门监督部门应依据职责分工和管辖权限对部门及人员遵守和执行相关制度、流程情况实行专门监督检查。
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