洪仁玕离开香港后，想了各种办法前往天京，在那里，他的族兄已成为天王，掌控制长江中下游最富庶的一些地方，并计划在此基础上建立起理想中的天国。失散多年后，洪仁玕打算再次加入到这一宏伟的事业中去。他从广东出发，翻过梅岭，抵达江西，但并未成功继续前往长江下游。他在江畔的黄梅县停留了一段时间，充了知县的幕僚，并利用自己在香港学到的医术为知县的侄儿治好了疾病。但最终，他还是离开了黄梅，继续自己的天京之旅。
1858年10月，扮成货郎的洪仁玕被清军抓丁，但清军并未搜出他暗藏的金叶子和写着家史的纸片。过了几天，他成功从清军逃脱。12月，洪仁玕和额尔金顺流而下的舰队相遇。虽然他未能见到额尔金和威妥玛 - 他这位昔日的友人现在正充当厄尔金的翻译，但他还是通过英国人给远在香港的传教士友人们捎去了信件。1859年春，他终于和太平军接上了头，并成功抵达天京。
洪仁玕抵天京时，他的族兄已不理政事，整天待在宫里研读经文。除了后宫女子，几乎没人可以见他。他以御用朱砂墨潦草写就的诏旨张贴在外墙，向全城人民宣扬他的思想，那些诏旨显示他的异梦自第一次起事以来愈来愈强烈。
事实上，长久以来，洪秀全只是天国的吉祥物，实权在东王杨秀清手中。昔日的烧炭工以严酷的军纪掌理军队，并试行不切实际的共有制土地改革。1856年，天京事变发生，东王被杀，身首异处，部众和所有族人共六千人遭诛杀。
铲除东王之后，洪秀全需要信得过的顾问，而洪仁玕正满足他这个需求。天王赐予他喜爱的族弟数个头衔，短期内予以不次拔擢。甚至在洪仁玕来天京后才两个多星期，就打破先前绝不再封王的承诺，封他为王。短短时间内，他的地位已经仅次于天王。
洪仁玕的突然到来和提拔，让太平天国的其他将领很不是滋味。对天王重用亲属本来就意见天大的忠王李秀成，更是如此。李秀成是几乎不识字的贫苦农民出身，加入太平天国不是出于宗教理由，纯粹是因为华南四处可见的贫穷和忧惧。为了一顿饭，李秀成和家人加入了太平军。李秀成跟着太平军离去前所做的最后一件事，乃是遵照统兵官的命令，烧掉自家房子。从此除了前往耶路撒冷，便无家可归。
1853年后，李秀成在军中平步青云，从营级指挥官升到将军。天京事变后，他更是跻身太平军的最高领导层，但还未封王。洪仁玕离开在香港与洋人为伍的生活来到天京，突然就被擢升到比李秀成还高的职位，这使得为太平天国效命多年的李秀成大为眼红。几个月后，李秀成获封为忠王，但迟来的封王以及天王对族弟明显的宠爱，只使他更为眼红，而且这样的心态有增无减。这个空降兵直接上位的情形，和刘备请诸葛亮出山时，老部下关羽和张飞的心态出于一致，甚至洪仁玕的称号“九门御林开朝精忠军师顶天扶朝纲干王”也带有“军师”字样。
和刘备一样，天王利用自己的权威为洪仁玕背书。他召集所有太平天国领袖到天王宫主殿，宣布此后天京内所有待决之事，全由干王一人裁夺，并当众为干王授印。干王没有丞相那么自信，想婉拒任命，但族兄低声告诉他没事。他轻声说：“风浪暂腾久自息。”于是洪仁玕接下印信，在台上对众人讲话。他以在香港令传教士大为激赏的沉稳台风和口才，向太平天国诸领袖宣讲。他阐述东王的政策，逐点批评，并提出改进之道。众人鸦雀无声。后来他写道：“众人见小的万人之前谈论无错，就称小的为文曲星。”
