库存管理也可能会给企业带来巨大的税务风险。如果库存的实际数据与账面数据不符合，或者企业出现负数的库存，则会引起税务机构的注意，认为企业可能存在偷税漏税的行为。
由于SPED-FISCAL文件中包含了企业每年的盘存信息，因此税务局不难从SPED-FISCAL中发现企业的库存情况。即使没有SPED-
FISCAL，税务局也可以到企业所在地进行盘存。盘存中如果发现库存数量少于账面数量，企业将被认为在没有开具发票的情况下销售产品，导致库存数量与账面数量的不同。
如果库存数量多于账面数量，企业会被怀疑从非法途径购买产品。
实际上，有些库存差异是因企业在管理过程中的一些问题造成的。比如，某些产品，尤其是零配件，由于产品编号多，部分产品非常相似，在产品入库或开票的时候，产生混淆，导致库存数量差异。
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