日本现有各式铁路线总长近5万里，铁路网密度为0.13公里/平方公里，其中的复线均按双倍长度计算。大部分铁路采用两种轨距，高速铁路为1435毫米，全长1.06万公里，普速铁路为1067毫米，全长3.64万公里。
其中的高速铁路在运行线路包括秋田新干线、山形新干线、东海道新干线、北海道新干线、北陆新干线、九州新干线、东北新干线、山阳新干线、上越新干线、西九州新干线，全长6567公里。各路段最高通行速度为320公里/小时，全长727公里，时速260公里的路段占比最大，总长2186公里。正在建设中的有北部的北海道新干线延长线、中部的中央新干线。中央新干线以山梨磁悬浮实验线为基础，运行速度为500公里/小时
小日本铁路线中桥梁和隧道路段总长分别为7113公里和6410公里，占所有线路总长的27%，其中北陆新干线上加贺市至白山市之间高架桥为最长桥梁，单向全长31公里，北海道新干线上穿越清津海峡的青函隧道为日本最长隧道，全长53公里。
空间计算提取小日本境内几条特殊用途铁路：
八高线、青梅线交汇的拜岛站，分支铁路横田基地线接入驻日美军横田空军基地，该基地是美国军方印度-太平洋指挥部负责的主要航空交通枢纽基地，也是空运的重要航点。驻扎有驻日美军司令部、第5航空队司令部、第374空运联队、第319侦察联队的第4侦察中队（6月至12月台风季节从安德森空军基地转移至此）、515空中机动行动联队的第730空中机动中队、第353特别行动联队的第21特种作战中队，日本航空自卫队航空总队司令部。
鹤见线上，从安善站分支的安善通支线接入美军鹤见油库。该油库为美军在日本最大的储油设施，由驻日美国海军横须贺补给中心燃料部管理，燃料从美军吾妻储油设施运送至此,向横田空军基地和厚木航空站供应，总共13座储油罐，可存储12万立方航空燃料。
向横田空军基地运输燃料路线为，从安善站经鹤见线至滨川崎站，转至南武线，在立川站转至青梅线，至拜岛站，在站内作业线上转至横田基地专线；向厚木航空站运输燃料路线为，从安善站经鹤见线至鹤见站，转至东海道本线货物线，至横滨羽泽货运站，经相铁新横滨线转至相模铁道本线，至相模大冢站。
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