2024 iGEM Grand Jamboree
法国巴黎时间2024年10月26日，国际基因工程机器大赛(iGEM)在法国巴黎Paris Convention Center落下帷幕。
2024年，来自50多个国家和地区的438支队伍参加了此次大赛，我院参赛团队NJU-China从中脱颖而出，荣获2024年大赛金牌和最佳软件与人工智能项目单项奖(Best Software & AI Project)，这也是生命科学学院团队参加iGEM多年来首次在软件与人工智能赛道夺得单项奖奖杯，创造了历史佳绩。
iGEM赛事介绍
NJU-China 2024项目简介
50多年来，随着合成生物学的发展，科学家们创造了数以万计的生物学元件，并正在逐渐改变我们的世界。在合成生物学取得重大成就的背景下，iGEM的影响不容忽视：数千个团队贡献了超过75,000个组件和4,300个生物项目。然而，这些数据混乱且难以整合，因此NJU-China团队意识到，随着信息技术和人工智能的发展，我们可以将几十年积累的合成生物学历史整合成一个新的工具，让每个人都更容易使用。
NJU-China团队首先通过网络爬虫获取了iGEM Registry Part Collection Database中近75000个元件的信息，并使用prompt-engineered的Llama3模型从元件信息中提取出元件的功能描述。接着团队将提取到的元件信息整合成知识图谱格式作为模型的underlying architecture。在此基础上团队利用BioSentVec模型匹配用户对于元件功能的需求以及提取到的元件信息，并使用prompt-engineered的Llama3模型从上一步的匹配元件中选出最佳匹配，完成了元件匹配的搜索模型。团队还实现了自然语言对话功能，在和研究者对话的过程中不断接收研究者对元件和功能的需求以及实验设计思路，从中自行提取用户对元件和元件组合的要求，实现元件的自动搜索和组合。
NJU-China利用普罗米修斯模型进行了一项具有潜在现实应用价值的小型合成生物学实验。团队为普罗米修斯模型提供了以下输入：“我想在酵母中高度表达TPS1基因。请帮我找到一种可以在酵母中启动表达的强组成启动子。”在Prometheus模型推荐的选项中，团队选择了三个酵母的强启动子：
TEF2(BBa_K3753003);
PGK1(BBa_K2308011)
团队介绍
NJU-China
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南京大学生命科学学院
来源 / Pymaker
文编 / 陈施源、沈昕杰
美编 / 金安畅
责编 / 周 祯
