WB条带量化之ImageJ软件分析

学术   2024-11-30 20:32   陕西  

一、 背景介绍

众所周知,当我们得到WB条带后,可以通过条带的粗细、长短、深浅来初步判断某一蛋白的表达情况,但出于实验的严谨性及客观性,我们更需要通过对WB条带进行量化而得到客观依据进一步佐证我们的肉眼判断结果。本文就ImageJ软件对WB条带的量化作一简单介绍,当然,实现WB条带量化的软件并非ImageJ一个,常用的还有Quantity One、Gel-Pro Analyzer 等,感兴趣的同学可以了解一下。


二、 操作流程

方法一:

1)打开ImageJ软件,点击File→Open→找到待分析条带的位置即可打开(或者直接将图片拖拽到该软件也可实现);

 2)点击Image→Type→8-bit,即可将图片转化为灰度图片(注:由于实验结果图片不便展示,所以此处仅以之前跑的不好的内参图做演示);

 3)点击矩形工具,框选所有条带(注:不包括Marker的条带哦);

4)点击Analyze→Gels→Select First Lane→Gels→Plot Lanes,即可得到峰图;

  

5)点击直线工具,闭合每个峰的开口(注:一定要保证开口完全闭合,即直线拉至与横坐标相交;最边上的峰可画可不画,关系不大); 

6)选中魔棒工具,依次点击每个峰即可得到的Area值即为每个条带量化值。

 

方法二:

1)打开ImageJ软件,点击File→Open→找到待分析条带的位置即可打开(或者直接拖拽即可);

2)点击Image→Type→8-bit,即可将图片转化为灰度图片;

3)去除背景:点击Process→Subtract Background→50.0pixels,勾选Light Background(注:50.0pixels为软件默认值,当然此处数值也可根据实验结果进行适当调整);

4)参数的设定:点击Analyze→Set measurement→勾选Area、Mean gray value、Min&max gray value、Integrated density;

5)点击Analyze→Set scale→确保unit of length选项中的单位为pixel;

6)点击Edit→Invert后选用椭圆形工具分割单个条带(注:也可采用其他形状工具,按个人习惯而定); 

7)点击Analyze→Measure,得到的Intden值即为WB条带量化值(注:每个条带依次测量,也可采用快捷键Ctrl+M实现)。

 

小结:

(1)简单来说方法一是一种较为快速粗糙的处理方式,而方法二则是在尽可能排除背景等因素的影响后更为精细的操作,两种方法均可实现对WB条带的量化,择其一对条带进行分析即可。

(2)用于分析的条带最好摆正以便于分析,也就是说最好在显影的时候就一次性摆正条带,否则后期还需要用软件实现条带拉直等处理,比较麻烦。




本文作者是"夏沫梦鸢"同学,在获得她的授权后实验老司机将本文发表于公众号。
文稿:夏沫梦鸢
校对:煲仔饭
素材:Canva
参考资料:
  • https://images.app.goo.gl/vJ3ifRPRNFDVwz3i9

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