“找回儿时的番茄味道”是中国科学院院士、中国农业科学院研究员黄三文20多年前的梦想，那时他刚刚在中国农业科学院蔬菜花卉研究所（以下简称蔬菜所）开始独立科研生涯。
如今，接力棒交到了张金喆、吕宏君、陈洁等团队年轻人手中。从小在城市里长大的张金喆没有想到，他工作后的科研之路是从学种菜开始的。6年间，他们至少在地里“解剖”了2万个番茄，亲口尝过的番茄更是不计其数。
这项研究虽然曾经遭遇《科学》杂志的拒稿，但是他们原地站起，从评审意见中找到突破点，做成创新点，重新投到《自然》杂志，并获得三位评审人的一致好评。
番茄是世界上产值最高的蔬菜作物，因其风味独特而深受消费者喜爱。现代番茄育种关注产量和抗病性，风味育种缺乏有效的方法，引起消费者抱怨“番茄越来越没有番茄味了”。糖含量是影响番茄口感的重要因素，大多数消费者更喜欢偏甜的番茄。然而，因为糖含量与果实大小呈负相关，产量和品质是一个矛盾，现有番茄商业品种、尤其是大果番茄中糖含量普遍偏低。因此，如何在保障不影响番茄产量的前提下，培育美味的番茄品种是各国育种家努力追求的目标。
2024年11月14日零时，中国农业科学院农业基因组研究所、蔬菜花卉研究所以及山东省农业科学院蔬菜研究所联合在国际顶级期刊Nature上发表了题为Releasing a sugar brake generates sweeter tomato without yield penalty的研究论文。该研究通过全基因组关联分析鉴定到一个抑制果实糖积累的刹车基因CDPK27及其同源基因CDPK26，通过基因编辑两个基因，可使番茄果实糖含量增加高达30%，且不影响单果重和单株产量，该发现阐明了果实糖积累的调控机制，为解决番茄育种中兼顾品质和产量的难题提供了新思路。
一对抑制果实糖分积累的“刹车”基因番茄果实中的糖主要以果糖和葡萄糖的形式积累，在果实成熟过程中，叶片光合作用的产物不断地以蔗糖形式运输至果实，再通过蔗糖合酶（Sucrose synthase，SUS）、转化酶（Invertase）等分解为果糖和葡萄糖，从而使果实糖分不断积累。然而，在果实成熟过程中，糖含量并不会持续增加，尤其在果实转色后，糖含量反而会有些许的降低，但是，抑制果实糖分积累的分子机制尚不清楚。该研究发现，CDPK27/26在果实成熟过程中表达量不断提高，可通过磷酸化蔗糖合酶SUS3促进其降解，从而抑制葡萄糖和果糖在果实中的积累。CDPK27/26基因编辑后的植株可显著提高SUS3蛋白的稳定性，并将葡萄糖和果糖含量提高30%以上，且果实大小和单株产量没有显著变化，成功解决了提高果实糖含量但不影响果实大小的育种难题。
“量”的选择导致“质”的降低该研究进一步分析发现，高糖型番茄中CDPK27的表达量普遍偏低，且启动子区域有一个12个碱基的插入可被转录抑制因子RAV识别。然而，该12个碱基的插入位点与小果基因型位点高度连锁，在番茄驯化和改良过程中，由于过多选择了大果基因型，从而导致高糖位点的频率从野生番茄中的58.3%下降到现代大果番茄中的2.6%，揭示了现代番茄品种风味降低的直接原因。
能量“再分配”助力品质提升开花植物的成功很大程度取决于产生健壮的种子。番茄果实在成熟过程中首先要保障种子有足够的能量供应，CDPK27/26在果实成熟过程中抑制糖分积累，很可能是为了确保种子后期的正常发育。然而，番茄种子在果实转色期后就已成熟，后期不需要过多的能量供应。研究表明CDPK27/26基因编辑的植株光合效率基本没有变化，种子大小和数量却受到了不同程度的影响，但发芽率正常，说明光合产物在果实和种子间可能发生了重新分配，为通过操控种子数量和大小提高果实含糖量提供了新的解决方案。
基因编辑开辟育种“新赛道”遗传变异是作物改良的驱动力，野生番茄中的自然变异已被广泛应用于番茄改良。然而，自然突变相对有限，该研究通过基因编辑创制了一份缺失6个碱基的突变体MM-CDPK27-CR1，CDPK27-CR1蛋白由于缺失了与ATP结合的两个关键氨基酸，使得其自身的激酶活性受到很大影响，不仅自身不能磷酸化蔗糖合酶SUS3，还可通过干扰CDPK26对SUS3的磷酸化来保护SUS3蛋白不被降解，从而实现了比传统突变CDPK27基因更好地提高果实含糖量的效果。基因功能冗余现象在植物中非常常见，通过基因编辑技术创制目标基因更多的优异等位基因，将有可能通过显性负效应的作用来干扰其同源基因的功能，从而实现更好的作物遗传改良的效果。
扎根田地书写科研梦想据了解，该项目从2017年立项之初就瞄准解决在不影响单果重的前提下提高果实糖含量的育种难题。为挖掘和鉴定抑制果实糖积累的刹车基因，研究团队先后在北京、山东、广东等地广泛种植番茄材料，调查了近3000株，共计20000余个番茄果实的表型。期间经历过台风的洗礼，疫情的影响，实验室被迫停摆，田间材料无法调查等诸多困难。为了拿到准确的田间数据，团队成员连续收集了5年分别种植在北京、山东、广东三地材料的表型数据，最终确定了CDPK27/26作为糖积累刹车基因的功能，实验结果也得到了审稿人的充分肯定。
中国农业科学院农业基因研究组所黄三文院士作为文章的通讯作者，中国农业科学院蔬菜花卉研究所张金喆副研究员、山东省农科院蔬菜所吕宏君助理研究员、基因组所博士后陈洁为文章共同第一作者。美国佛罗里达大学Harry Klee教授、康奈尔大学费章君教授、基因组所周永锋研究员对这项研究提出了宝贵的指导。基因组所杜然副研究员、王楠博士、曹雪博士、饶江雷博士、博士生王洁、农艺师吕亚清、王艳玲博士参与了此研究。云南师范大学祝光涛教授、中国农业大学马亮研究员、林涛教授、中科院植物所周姚研究员、中国标准化研究院钟葵副研究员对本研究提供了支持。该研究得到了国家自然科学基金、国家重点研发计划、广东省重点领域研发计划和中国农业科学院科技创新工程等项目的资助。
论文链接：
https://doi.org/10.1038/s41586-024-08186-2
