袁世凯就任临时大总统后，袁氏一家全部搬进了中南海。
此后，袁克文就任清史馆纂修，参与编修清史。
他对政治毫无兴趣，也很少在官场上抛头露面，相反，他却十分热衷琴棋书画。
与之相反，袁克文的长兄袁克定则对政治野心勃勃，常协助袁世凯参与一些重大政治决策。
袁克定是袁世凯的嫡长子，比袁克文大12岁，他的生母是袁世凯的正室于氏。
1912年春，袁克定在彰德骑行时坠马，受了重伤。
袁世凯请了一位美国外科大夫为他实施手术。
经过一段时间的治疗和精心护理，袁克定的身体基本康复，但他的左腿从此留下残疾，走路一瘸一拐，最后落得个“袁大瘸子”的绰号。袁克定摔伤后，袁世凯就有意培养次子袁克文和五子袁克权，但这引起了袁克定的极大的忌恨。
有一次，袁克文和夫人刘梅真一起陪叶丽侪到戏园听戏。
暗中窥伺的长子袁克定看出些端倪，鼓动三弟袁克良到袁世凯面前告密，称袁克文与叶丽侪有私情。
袁世凯姬妾众多，又忙于公务，听了这等犯忌之事不由大怒，他责令袁克文下跪，拿起手杖就要痛打，幸好有家人阻拦，才没有闹出大事。
临行前，袁克文从二姨太吴氏那里拿了10万银票。
袁克定到了上海之后，便开始了灯红酒绿的生活。
同时，他还与另一位文人步临屋在上海拜了兴武六帮老大张善亭为师，列大字辈。
袁克文成为大字辈，不光是因为他花了钱，更因为他父亲的缘故。
袁克文到上海后，深知自己没什么根基，所以他一到沪就主动造访黄金荣。
他给黄金荣带去的见面礼是10枚黄金纪念币，是袁世凯请英国商人专门铸造的，用来纪念他成为大总统。
黄金荣拿给杜月笙看后，杜月笙也很喜欢。据说，黄金荣还给了杜月笙3枚。
既然是青帮的老头子，不免有人想利用他拉拢与袁世凯的关系，拜在他的门下。
在上海期间，袁克文还真收了16位门徒，当然，他们当中大部分是艺人。
逼走袁克文之后，袁克定暗自得意，料定袁大太子的位置没人能和他争。
但袁世凯后来醒悟过来，觉得事有蹊跷。
而叶氏到袁家数年，并没有做出什么出格的事。
于是袁世凯悄悄找来袁克良，在了解事情真相后，袁世凯马不停蹄地将袁克文找回北京。
1914年，袁世凯称帝的野心愈发明显。
袁世凯甚至教训女儿们的话都变成了：要好好读书，将来要做公主。
但是，袁克文对父亲称帝并不赞同，而对杨度等人搞“筹安会”拥戴袁世凯称帝的行为，
袁克文更是极度反感，在一次聚宴中说：“杨度之流，自己想做开国元勋，却把老父往火坑里推。”同聚中的有识之士也表示赞同。
没想到第二天袁克文就被袁世凯叫去训斥一顿，说袁克文自谓名士，不懂政治，不过是“假名士”，不准他再与“乱党”往来。
1915年的秋天，袁克文携姬妾游颐和园昆明湖。
想到父亲复辟帝制的昏聩之举，不禁满心烦忧，遂赋七绝二首，题为《分明》。
乍着微棉强自胜，阴晴向晚未分明。
南回寒雁掩孤月，东去骄风黯九城。
驹隙留身争一瞬，蛰声吹梦欲三更。
绝怜高处多风雨，莫到琼楼最高层。
袁克定获得此诗之后，就将此诗呈给袁世凯。
当然，这让袁世凯大为光火。
于是，袁世凯下令将袁克文软禁于中南海。
袁克文被软禁于中南海后，每日只有小妾小桃红陪伴左右，摩挲古籍，玩赏金石打发时光。
并开始每日以蝇头小楷记日记。
后来这套日记一直在张学良手中收藏，世上流传仅前两册。
1915年12月13日，在杨度等人的全力策划导演和袁克定伪造民意拥护帝制的报纸等瞒哄欺骗声里，袁世凯在中南海登基称帝，以1916年为中华帝国洪宪元年。
皇储问题随之成为焦点。因袁世凯曾放出口风，长子袁克定残疾不宜做储君，要在二子袁克文、五子袁克权中选一人做太子。
“大典筹备处”秉袁世凯意，为袁家兄弟每人做的一套皇子礼服中，唯袁克文、袁克权二人的礼服与其他兄弟不同。
袁克定得知消息后，扬言道：如果大爷要立二弟，我就把二弟杀了。
袁叔祯特意把袁克定说的话告诉袁世凯，并说：咱们家要闹血滴子了。
袁世凯听了以后，不动声色地说了两个字：胡说。
因为袁克文从心里不赞成老父称帝，也无意争太子之位，所以面对大哥袁克定咄咄之态一度称病不出，以自请为“皇二子”、治“皇二子”印等方式表明自己无意太子之位的心迹，以此来消除大哥袁克定的猜忌。
1916年3月22日，袁世凯申令撤销承认帝制案，短短83天的皇帝梦结束。太子储君的纷争闹剧也随之闭幕。
6月6日，病入膏肓的袁世凯撒手人寰。
