吃瓜:中科院化学所宋延林组火了

文摘   2025-01-12 22:15   美国  

免费资源:

一、国自然类:


1 2023历年国自然标书全文

国自然项目答辩PPT

标书写作模板

7 GraphPad 9安装包

2018-24年国自然清单

4 基金插图素材(可编辑)

6 近10年国自然标书全文

二、SCI生信+实验类:

1 160套SCI实验操作视频

3 Meta分析范文+教程

5 泛癌分析万能代码

7 130套SCI实验视频

9 单细胞数据挖掘课

11 统计分析万能模板

2 100个SCI实验Protocol

4 miRNA预测靶基因代码

6 动物实验操作视频汇总

GEO/TCGA数据挖掘课

10 SCI写作万能模板

三、科研绘图类:

PPT科研绘图素材合集

3 Adobe illustrator绘图素材

5 动物实验矢量图素材

7 PS修各种SCI实验图视频

资源共享群

PPT科研绘图插件VIP版

4 各种实验仪器矢量图素材

6 细胞实验矢量图素材

AI科研绘图视频课

10 亲交友微信群


一、今日推送:

吃瓜:中科院化学所宋延林组火了:

前言:吃瓜系列的第一次“好瓜”,好导宣传和赞扬!!!

(我大概看了三遍,每看一次都有不同的感受,初看:比较快速的浏览,初始的印象仅仅是,宋老师是一位好老师,对学生很不错呀)

(第二次看,相对细致的浏览,发现宋老师德才兼备,能在学生眼里是一位好老师,或者有学生能如此夸奖老师,感觉甚至好,非常值得大力赞扬,值得让大家知道有这么一位好老师,在踏踏实实地为学生,为科研,得此导师,读博无憾)

(第三次看,感动,心中不免感慨,眼泪忍不住,身子起鸡皮疙瘩,是因为想起了那么多渣导,无德无良的导师,在这些导师下的在读硕士、博士该如何度过每一天,心中不寒而栗。渣导应大力批评,好导也应大力赞扬!对比之下,让那些无良导师感到羞耻!)

正文:转自知乎,作者:阿黄sweetgirl

我有着百分之九十九的博士生所没有的幸运。我的导师是真真切切把我们当孩子去培养的人。五年硕博生涯与他相处,他是我人生的榜样。

1. 只要达到学校的毕业要求,从不要求延期。毕业了暂时找不到工作,可以在组里呆着,工资按照对应学位的项目聘用的最高待遇(目前博士9000)。

2. 从不说一句脏话,哪怕一遍一遍地催着你同样的事情,也只是一遍一遍地说,你该抓紧了。

3. 跟学生总是客客气气,让学生帮忙都是说

“请帮我看一下这个稿子,谢谢"

"请帮我拿一下快递,谢谢"

"请把你的工作做一页ppt发给我,谢谢"

4. 从不限制学生的课题方向,会引导,但不会禁止。更多听学生自己的想法。

5. 从不限制每天的工作时间和每周的工作天数,学生的压力和动力来自于学生自己内心的驱动力。

6. 虽然是杰青加长江,对任何人都保持充分的尊重。曾经把一个印度的硕士生错当成了教授(对方说来寻求合作)。预约院里最好的会议室向他做了一个小时的报告。最后,那个印度人说,我能读您的博士吗?老师竟没有丝毫的怒意。

7. 生活简单,不会开车,每天步行上下班。生活纯朴,用的手机目前还没有指纹解锁功能,出去经常找wifi。

有一次去外地领奖,发现自己穿的两只皮鞋不是一双(一个有鞋带一个没有),因不舍得一下子扔掉两双鞋而没有买新的。还说幸亏裤子长盖着才没有出丑。

8. 自己生活简单,对待学生很是大方,学生工资待遇上等水平,每年把自己的上万奖金用于年会聚餐。

9. 从不强求学生做任何事,更多地遵从学生的意愿。毕业时,他很想留我在组里,我说想出去闯几年再回来,他表示支持,还亲自帮我联系和推荐导师。

10. 具有科研理想,始终保持着浓厚的科研兴趣。他认为科研的目标是为人类做贡献,而不只是为了自己做贡献。

11. 对待学生关怀备至。去澳大利亚开会回北京时,我把所有的衣服都托运了,穿着短袖。下飞机时,外面是零下十度的严冬,导师竟把他的羽绒服给了我,不容拒绝。毕业时,要清理宿舍,老师让暂时没有找到住处的学生住进了他的新房子,不收房租。

12. 学生即使犯错了也不会有过多的苛责。有次师妹在宿舍使用违章电器,要写检讨并需要导师签字。导师不但没有过多的责备,还亲自帮她修改检讨,来显得认错态度更为诚恳。说“写检讨也要用心去做到最好”。

你可能认为我们组应该是一个佛系组,发不了什么论文。那你错了,导师用他自己的态度感染着我们,我们并没有懈怠。18年我们组发表的部分代表论文如下:

我不知道最厉害的研究组是什么样的。但我感觉这是最适合科研和生活的研究组。

没有想到能够得到这么多的关注,感到非常欣慰。再更新一个导师的讲话。

13. 老师说:“为师当有父母心,我对学生培养付出的心思甚至比对自己孩子的付出还要多”。

他在教师节发的微信朋友圈:“每一个教师节都会收到无数祝福和鲜花,常常反躬自问:自己是否是一名合格的老师?这些风华正茂的年轻人经过几年的学习,会在他们的人生经历留下怎样的痕迹?除了专业方面的“传道、授业、解惑”,怎么才能做到树德、树志、树人?最终思考的结果就是:为师当有父母心。想怎样培养自己的孩子,就怎样培养自己的学生;想要学生成为什么样的人,自己首先成为什么样的人。”

下面附上老师在毕业生聚会上的讲话,与大家共勉,一起努力加油。(视频可去知乎查看~)

再附上nature杂志对课题组多年来取得的成果及影响力的报道,这样感兴趣的同学们就不必再私信咨询我了。

Nature报道:

https://www.nature.com/articles/d41586-019-00886-4?from=timeline

时间又过去了两年多,现在是2021年11月18日,看到了组里毕业答辩老师发的朋友圈。这如此和谐的师生关系,值得再次更新和分享一下。

并附上声情并茂的信放大图。

也附上老师对本人科研工作的肯定和支持,虽已经离开组两年有余,依然深受鼓舞!如今虽面临种种艰难,依然努力在坚持~~

最后,不求所有的学生都能成为顶天立地的科研人,只希望师生间关系能如这般融洽!!!

现在是2021年12月4日,自从上次更新后,又收到了很多关注。于是决定不定时地更新一下。展示一下多维度的导师形象。

上次回所里办事,去组里转了转,发现有学生整理了老师日常朋友圈的创作的诗以及激励大家的话语作为教师节礼物送给老师。我也有幸得到了一些资料。首先奉上目录。

节选:

今天是2021年12月31日,这个国内国际形势复杂多变年份的最后一天。最近来到所里拿回加的签证,见到了老师。发现他的精神比上次好了很多,祝他永远这般平和康健!分享一下他对2021年的总结:

课题组主页:

http://ylsong.iccas.ac.cn/

文章来源:

https://www.zhihu.com/question/298181420/answer/579621857

来源:清风寻迹

(下滑查看更多)


新年快乐,很多同学都留言说需要国自然基金标书全文,写的时候可以参考和模仿。那我们把今年培训的国自然内部资料一次性免费发送给大家(新手完全可以按照别人中过的标书模仿着写,老手也可以参考别人标书中的套路是怎么回事):


“2018-2024国自然标书清单+标书全文+答辩PPT(原价9782元)”

如下免费获取:

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这些标书都是全网首发,第一次发送出来,需要的赶紧收藏起来吧。资源如下



一、2018-2024国自然中标项目清单:



比如生科院和医学院的:



如医学部有1万左右:



二、国自然中标项目标书全文:


这都是已经中标的标书全文,对我们参考非常有用,部分截图如下:


(模糊截图,高清请下载)


三、几十套杰青、优青申报PPT(可编辑)


对于申报杰青、优青、长江的科研人员,一份已中的PPT模板可以很好的参考,思路逻辑格式等等:



比如优青答辩PPT:



再比如杰青的答辩:



好了,这些资料我们都已经打包好了放在百度云了,大家赶紧保存到自己的百度云中吧,非常有用。



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二、资源免费送:
CRISPR-Cas9系统是一种基于细菌和古细菌中天然适应性免疫机制的基因编辑工具。它利用Cas9蛋白和一种向导RNA(sgRNA)结合DNA靶点,从而实现对特定基因的敲除或敲降。其原理如下:

CRISPR-Cas9通过向导RNA(sgRNA)识别靶基因,并由Cas9蛋白切割靶DNA产生双链断裂。当sgRNA引导Cas9蛋白到达靶位点后,Cas9会检测靶位点下游是否存在特定的PAM(通常为5'-NGG-3'),且对PAM序列上游第3个碱基和第4个碱基之间进行切割:


随后,细胞通过非同源末端连接(NHEJ,易于引入插入或缺失突变(indels),导致靶基因编码框移位或功能丧失,达到敲除或敲降的目的。)修复引入突变,导致基因失活。

或通过同源定向修复(HDR,如果提供一个模板DNA,细胞可能利用该模板精确修复切口,用于定点突变或插入序列。)进行精确编辑。

我这里举一个例子,如下,比如你的DNA如下,你的sgRNA是靶向GGGCAAGAACGGGGTATTCG:

(snapgene软件安装包点击下载)

那后面的TGG就是PAM序列。cas9蛋白会对PAM序列上游3和4碱基(即TT之间)之间进行切割。那切割之后就是----GGGCAAGAACGGGGTAT     TCG----。同时切开后细胞会对DNA进行NHEJ修复。这个时候切口两边的T都可能丢失掉。随后最后你的细胞的DNA最终变为了GGGCAAGAACGGGGTATCG,减少了一个T,也就是发生了移码突变,你的DNA就不会转录出RNA,也不会翻译得到蛋白质了,也就是基因敲除。这只是你筛选的单细胞的一种可能,可能你筛选了50个单细胞,长到6cm皿后做PCR检测序列的时候可能有很多种可能:


目前,比较商业化的CRISPR-Cas9质粒是57818质粒:


这个质粒带有EGFP荧光,sgRNA酶切位点和Cas9蛋白。这个质粒一般是通过BsmBI酶切两个位点切开后,将目的sgRNA替换上去,从而完成目的CRISPR-Cas9质粒的构建:


下面我们教大家如何构建sgRNA质粒(已经验证过的,放心使用)。首先是sgRNA设计(www.swyxzj.com,生物医学之家):


那,GAGACGTGCGAGAAACTCAA是靶向的DNA序列,靶向的是WNT4基因的第二个外显子,非常不错,不过最理想的是靶向第一个外显子,这样我们移码突变的效果最好。最后我们需要订购的oligo就是(两边是bsmbi连接序列,所以下面这个序列是万能序列,你只要替换中间的sgRNA序列就行,因为酶切位点连接位点是一样的):


两条oligo,订购的时候记得告诉公司,每一条oligo都需要5端磷酸化(因为有了这个修饰,我们后面才能连接到切开的57818质粒上,没有磷酸化就不能连接或者说连接效率低下)。为了方面做好记录,我们可以将这个sgRNA模拟出来,如下用snapgene,点击action---anneal oligo:


那有个这两个片段,我们就可以模拟最后构建好的57818-WNT4sgRNA质粒,如下:


点击action-insertion cloning--insert fragment:



最后这就是我们的完整质粒啦:



OK,以上为理论,现在我们要开始讲实验啦。首先是订购的单链oligo退火形成双链,体系如下:


GE100007是货号,95到25度,每下降5度后呆5分钟,一直到25度,大约是70分钟。

随后是57818的bsmbi酶切,要注意bsmbi这个酶需要新鲜的DTT,同时这两个位点太近了,所以需要加入FastAP防止自连。37度酶切1.5小时。然后65度20分钟停止酶切和75度5分钟抑制FastAP活性,随后将酶切产物跑胶1.5小时,胶回收,最后测DNA的浓度:


最后是连接,首先将退火的sgRNA双链稀释200倍后用于下面的实验。加入的体系如下(ps:这个体系也是万能体系,反正就是加入100ng的酶切空载,所以你需要修改的就是5.6ul这个数字,根据你自己的来):


16度酶切16小时,65度10分钟终止酶切。最后就是转化,将质粒转化到大肠杆菌中。从-80℃冰箱中取出对应的感受态细胞DH5a 50uL,室温下置于冰盒上解冻5-10分钟,标记;向感受态细胞中加入5µl的质粒,置于4℃冰箱中,冰浴30min;在42℃水浴锅中热激90s,然后立即在冰盒上放置2min;每管加450µl  LB培养基,37℃摇床震荡,220rpm×45min;取100µl 转化液加入对应抗性(这里是AMP+,氨苄抗性)的平板中,涂匀液体;将平板倒置于37℃恒温培养箱中培养过夜。


最后就是挑取单克隆摇均提取质粒后送公司测序,给公司质粒,并告诉公司用U6-F或者LKO.15测序就行,一般测一个循环1000bp左右:


等你的测序结果一回来就如下比对即可:


好了关注我们吧,下次我们教大家用这个质粒包病毒,病毒感染细胞哦。此外,今天,我们要给大家免费发送:


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基因表达水平检测PCR,qPCR,WB,基因敲降shRNA,基因敲除sgRNA,细胞转染,抗体制备,流式,测序,蛋白互作IP/COIP,ChIP,磷酸化WB,包病毒等一次性通通学会,还有很多经验的教学也是非常重要,比如你知道做PCR的时候GC含量很高就很难PCR出来,那其实现在商家早就解决了这种问题, 比如NEB公司的NEBNext High-Fidelity 2X PCR Master Mix,80%的GC含量我都PCR出来了,做了20个样,每个都P出来了。课程目录如下:



总之,系统性的学习比到处百度好的多。


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三、免费资源:

顶级CNS插图如下:



但是自己画一只小鼠可能需要花一整天的时间。


所以,今天小编给大家免费赠送:


“生物医学之家CNS插图可编辑素材永久VIP账户”


生物医学之家CNS插图素材部分截图如下:



这些素材都是用Adobe illustrator绘制的,打开后可以继续编辑修改,这些素材原价是9999元的,现在免费给大家送永久账户。如下免费获取永久VIP账户:


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免费发送1万个永久VIP账户,有了这个账号之后,你可以无限、永久下载生物医学之家的CNS插图素材。共有1万张素材,囊括了各种生物、人体组织、细胞、病毒、植物等。素材首页如下:



一、比如我需要用到小鼠插图来描述自己的小鼠动物实验模型,那就直接搜索鼠,有几百张小鼠插图就出现了:



有了VIP账号之后就可以随意下载。下载下来是AI绘制的可编辑图:



可以随意修改颜色:



也可以随意修改大小:



Ctrl+c和V复制粘贴到自己的画板中,并对齐:



随后画一条线,示意要D369打药:



随后添加字体,这样审稿人一看就知道你做了什么动物模型。



最后保存和导出,一定要记得保存,保存就是矢量图了,以后还能修改。导出就是导出为图片,用来讲PPT或者投稿。



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还有,我们下载的素材,也可以右键取消分组:



然后修改任何一个你想要修改的元素,比如修改液体的颜色:



也可以将注射器放在背上,模拟皮下注射:



还可以将小鼠变为黑色:



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二、比如我需要绘制细胞机制图。那就搜索细胞:



有了这些素材,分分钟就可以绘制如下这种高分插图:



三、各种Nature插图原图:



下载下来之后每个细微的元素都可以修改:




我们一共上传1万张Nature插图。大家赶紧获取永久VIP账户吧,投稿绘图的时候用得着:


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更多免费资源:

三、科研绘图类:

1 GraphPad绘图模板

50套R绘图万能代码

直装版PS+AI安装包

医学统计分析R版

9 单样本RNAseq分析

11 SnapGene序列比对

13 Endnnote安装包

15 R语言绘图模板

17 中文版RNAseq教程

19 Image J图片处理视频

21 更多资源在更新中.....

2 600套PPT模板

4Origin绘图模板

SPSS统计分析模板

8 铜铁死亡分析代码

10 m6A甲基化分析代码

12 qPCR计算模板

14 英文简历模板

16 R各种统计分析模板

18 46套生信分析代码

20 Sigma plot绘图软件和视频

四、生信和写作类:

1 ChIPqPCR引物设计

3 过表达引物设计

零代码复现6分SCI教程

零代码复现4分SCI教程

WGCNA分析课程

11 GO分析傻瓜式教程

13 GSEA分析傻瓜式教程

15 渐变火山图傻瓜式教程图

17 GEO+TCGA数据挖掘课

19 41GB的生信分析+实验资源

2 shRNA设计

4 Crispr-csa9素材

零代码复现5分SCI教程

8分SCI零代码复现步骤

10 超全生信数据库使用教程

12 KEGG富集分析教程

14 Meta分析范文+实操课

16 交集基因筛选高级教程

18 生信软件合集

辛苦整理,全文无任何广告!

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医学科研帮
由Harvard Medical School及国内高校硕博们创办,一个共享生物医学科研资源的平台!
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