《lammps中文教程》第4版发布,18万字

学术   2024-11-18 15:22   山东  
第一版自编lammps中文教程发布以来,下载量和订阅量一直不错。
最近新增2024年4月-9月推文内容,最新的教程大约18万字。

教程大约半年左右更新一次,本次为第4版,总页数660页左右,分上中下三册,每册200页。

2024年,公众号的推文重点主要放在机器学习势方面,敬请关注。

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教程目录:

1 lammps基本命令

1.1 in文件结构详解以及一个比较实用的in文件模板1.2 lammps串行和并行启动运算命令汇总,多线程设置方法1.3 run命令使用技巧,多次run正确写法1.4 create_box 命令详解1.5 create_atoms生成原子的4种方式1.6 group命令详解1.7 region命令1.8 lattice命令1.9 lattice custom命令1.10 boundary命令1.11 dump命令4种用法1.12 write_dump命令1.13 minimize命令1.14 velocity命令1.15 read_data命令1.16 thermo命令1.17 thermo_style custom命令1.18 set命令1.19 restart重启计算命令1.20 delete_atoms 命令1.21 nve/nvt/npt系综设置1.22 npt、nvt系综的选择1.23 npt系综iso和aniso控压对比1.24 compute chunk/atom分块命令1.25 fix setforce命令1.26 jump命令1.27 variable命令1.28 fix wall/reflect命令实现“振动墙”效果1.29  change_box命令1.30 displace_atoms命令1.31 compute temp/partial ,compute temp/com 温度修正1.32 reset_timestep命令1.33 前缀v/c/f_的用法1.34 compute cna/atom命令1.35 rerun命令1.36 write_coeff命令1.37 compute cluster/atom 团簇命令1.38 compute ave/sphere/atom 温度云图1.39 compute fragment/atom片段分析1.40 delete_atoms(新版本)命令1.41 msi2lmp不能用,mpi不能连接主机,解决办法看这里1.42 常用的几种控温方式1.43 fix ave/time命令1.44 dump_modify使模拟图像更美观1.45 三个“un-”命令用法1.46 团簇大小分布计算方法,fix ave/histo命令详解1.47 lammps set命令替换原子类型的几种方法2 lammps建模方法2.1高熵合金建模之set type/ratio命令2.2 replicate命令轻松实现扩胞阵列2.3 圆柱形Ni与石墨烯层复合材料建模2.4 NiTi合金建模2.5 TiC建模2.6 Cu孪晶建模2.7 Atomsk晶体建模2.8 刃型位错线Atomsk建模2.9 Atomsk任意角度晶界建模2.10 Atomsk孪晶建模2.11 非晶金属模型建模:Ovito方法2.12 FeNiCr合金多晶结构建模2.13 合金体系牛顿层划分以及不同颜色显示方法2.14 Atmosk建立金属管道模型2.15 球壳模型建模2.16 不规则界面建模2.17 Atomsk空位缺陷建模2.18 水分子建模2.19 石墨烯海水淡化lammps建模2.20 复杂图案建模2.21 msi2lmp不能转换data文件的一种解决方法2.22 晶界偏析原子建模2.23 region union实现复杂形状建模2.24  倾斜圆锥刀具建模2.25 圆角刀具建模2.26 锐角刀具建模2.27 非晶sio2建模2.28  msi2lmp转换data文件结构错位解决办法2.29 CO2建模2.30 高熵合金建模备用方法2.31 1D正弦粗糙界面建模2.32 2D正弦粗糙界面建模2.33 复现lammps论文模型:界面模型建模2.34  hcp类型晶格建模缺陷及解决方案2.35 MS转data文件出错原因分析及解决办法2.36 atomsk多晶多相建模2.37 孪晶多晶建模2.38  moltemplate流体建模2.39 不规则晶界偏析原子建模2.40  旋转模型2.41 常见化合物建模方法汇总2.42  润湿吸附等粗糙界面建模2.43  分子模板编写方法2.44 moltemplate安装教程2.45 粗粒化建模2.46 位错切过第二相建模2.47 4种常用的水分子模板2.48 玫瑰花建模2.49 lammps模拟结果导入MS的简单方法2.50 非晶和晶体混合建模方法2.51 Atomsk孪晶多晶建模2.52 Atomsk球形化合物建模方法2.53 lammps锐角刀具建模2.54 lammps金刚石三棱锥刀具建模代码2.55 lammps六边形建模方法2.56 三维多晶石墨烯建模方法3 lammps力场参数设置3.1 lj/cut 3.1.1 lj/cut在in文件中使用方法3.1.2 lj/cut在data文件中使用方法3.1.3 lj/cut不同原子间的参数3.1.4 lj/cut参数查询方法3.1.5 lj/cut参数单位转换方法3.1.6 lj/cut参数设置案例3.2 tersoff3.2.1 基本语法 3.2.2 tersoff势设置案例3.3 EAM3.3.1  eam3.3.2 eam/alloy3.3.3 eam/fs3.4 MEAM/C3.4.1 library.meam文件格式3.4.2 meam文件格式3.4.3 meam/c设置方法3.5 CVFF3.5.1建模并转换为data文件3.5.2 in文件的写法3.6 PCFF3.6.1 建模并转换为data文件3.6.2 in文件的写法3.7 TIP4P水分子势3.7.1 TIP4P介绍3.7.2 TIP4P设置代码3.7.3代码解释3.8 混合力场设置3.8.1 eam/lj混合势3.8.2 tersoff/eam/lj混合势3.8.3 常见的错误3.9 高熵合金势函数设置方法3.9.1 下载专用势函数3.9.2 使用混合势3.9.3 自己拟合势函数3.10 反应力场reax/c设置3.11 OPLS势函数参数设置3.12 Buckingham势设置3.13 born势参数3.13 Morse势参数设置3.14 自动拟合不同原子lj参数的小程序*以下为中册和下册内容*3.15 新版lammps meam势常见的一个错误3.16 Compass力场设置方法4 lammps案例4.0 简介4.1 石墨烯单轴拉伸之deform方式4.2 Al/Graphene复合物烧结4.3 SiC拉伸下的裂纹扩展4.4 石墨烯热导率模拟计算(EMD方法)4.5 聚乙烯拉伸4.6 聚乙烯PE剪切4.7 Ni剪切过程中位错的滑移4.8 单晶Fe三向拉伸模拟4.9 Ni_Graphene复合材料纳米压痕4.10 Cu(111)表面能的计算4.11 Cu间隙原子形成能4.12  反应势reaxff模拟氢气燃烧4.13 堆垛层错能的计算4.14 流体绕过障碍物模拟代码讲解4.15 CNT拉伸案例代码解析4.16 分子自由落体运动模拟4.17  交联反应4.18 Al冲击4.19 单晶Cu压缩4.20 Cu_Al界面原子扩散4.21 小分子刚体设置4.22 界面能的计算4.23 Fe原子内聚能(Cohesive Energy)4.24 TIP4P水球蒸发4.25 Cu基底Ar蒸发4.26 CO2扩散4.27 NaCl融化4.28 水分子形核4.29 激光加热4.30 模拟喷丸过程4.31 水分子热导模拟4.32 流体flow模拟4.33 分子沉积模拟4.34 Ag球烧结4.35 角度分布(ADF)4.36 气体扩散4.37 rdf计算4.38 金球融化4.39 扭转4.40 SiC结合能4.41 Al/Graphene复合物烧结4.42 热导率模拟案例讲解(NEMD方法)4.43 Fe晶格常数计算4.44 空位形成能的模拟与计算4.45 反应力场reax/c设置方法及案例解析4.46 晶体材料熔点的模拟4.47 H2压缩模拟4.48 小球随机碰撞4.49 聚合物链弛豫4.50 团簇融化过程模拟4.51 C原子在Si基底沉积过程4.52 addforce方法实现链的拉伸4.53 团簇的计算方法4.54 小球绕固定轴旋转4.55 Coreshell核壳模型模拟4.56 溶液剪切流动模拟4.57  原子倒入容器4.58 TIP5P水分子模拟4.59 石墨烯单轴拉伸之velocity方式4.60 reaxff势模拟Fe(OH)3高温反应过程4.61 lammps石墨烯吸附水分子案例(gcmc)4.62 lammps聚合物断键拉伸模拟4.63 lammps蒙特卡洛MC模拟案例5 lammps模拟技巧5.1 应力-应变数据的计算与输出5.2 均方位移MSD计算5.3 径向分布函数g(r)的计算与输出5.4 “lost atoms”丢失原子错误原因及4种解决方案5.5 NEMD方法计算热导率公式详解5.6 实用的lammps自带函数5.7 刚体的设置方法5.8 read_data读入模型后新增其它类型原子2种方法5.9 “bond missiong”键丢失的一个原因及解决技巧5.10 不同类型data文件格式对比,以及不同类型data文件相互转换方法5.11 加热或冷却速率设置方法5.12 原子位于box外面导致模拟出错的解决办法5.13 正交box转斜交(triclinic)两种简单方法5.14 控温失败的一个原因及解决方案5.15 旋转设置方法5.16 估算lammps模拟时间5.17 动态统计区域内的原子数量5.18 如何把模拟结果单独存到一个文件夹5.19 边界原子变形严重可能原因及解决方案5.20 fix spring弹簧连接设置方法5.21 VSCode不能自动识别命令,用这个方法解决5.22 排除两原子之间的受力,加快模拟速度,节省模拟时间5.23 原子速度常用的几种设置方法5.24 “atoms are time integrated more than once”警告,常见三种原因及解决办法5.25 VScode终极设置:永久自动识别lammps in文件方法5.26 ovito闪退,试试这个解决方法!5.27 如何计算单个原子的体积5.28 单原子的位移计算及云图绘制5.29 恒定电场及交变电场设置方法5.30 compute group/group原子组相互作用计算方法5.31 “刚体”和“固定”的区别5.32 速度云图的绘制5.33 velocity拉伸“拉不动”的原因探讨及解决方案5.34 不同原子组势能计算方法5.35 一次提交多个in文件计算的简单方法(windows)5.36 一次提交多个in文件计算的方法(linux)5.37 “Did not assign all atoms correctly”的解决办法5.38 Out of range atoms - cannot compute PPPM原因分析及解决办法5.39 Non-numeric box dimensions - simulation unstable 错误原因及解决办法5.40 lammps输出模拟结果的4种方法5.41 拉伸初始应力不为零原因及解决办法5.42 推荐一款比较好用的lammps in文件编辑器5.43 常见运行错误及解决办法5.44 记录一次对模型实施“外科手术”,实现“美颜”的过程5.45 “ghost atoms”默认设置导致MDPD无法计算,添加一句命令轻松解决5.46 从高熵合金特定区域内选择某一种原子的技巧5.47  原子位于box外面导致模拟出错的解决办法5.48 一个计算位错移动速度的python脚本5.49 units lattice和units box应该如何选择?5.50 ovito闪退,试试这个解决方法!5.51原子组整体漂移怎么办?5.52 原子平动和振动的设置方法5.53 蒸发模拟如何动态的删除原子?5.54 控温时Tdamp如何选择才最合理?5.55 单个原子总能量计算及云图绘制方法5.56 delete_atoms删除原子后原子ID不连续的两种解决方案5.57 避免lammps弛豫出错的一个小技巧5.58 lammps并行版安装出错,不能连接主机,试试这个方法5.59 模拟结晶过程的2个重要因素5.60 read_data组合模型如何确定原子类型?5.61 random随机选择原子ID方法5.62 从log文件提取模拟数据的方法5.63 data文件错位解决办法5.64 聚合物压缩,避免“bond atoms missing”5.65 斜交转正交的方法5.66 蒸发量的统计方法5.67 固定边界丢失原子的几种解决办法5.68 提取表面原子方法5.69 ovito转换data文件格式的方法5.70 可变region,实现移动的激光照射5.71 解决中断模拟的烦恼,lammps重新启动计算的两种方法5.72 LAMMPS推出GUI界面,模拟从未如此简单5.73 一个in文件如何实现多次循环模拟5.74 lammps裂纹宽度计算的一个小技巧5.75 最新windows lammps并行版一个小bug5.76 Lammps批量提交多个模拟运算的技巧5.77 lammps重启运算,合并输出为同一个dump文件的方法5.78 lammps模拟中原子固定失败的原因及解决方案5.79 lammps分子模板建模,准确设置键角类型的方法5.80 lammps合金多晶牛顿层、恒温层及固定层设置方法5.81 MS建模并导出clayff力场参数的方法5.82 MS建模cvff势参数不能识别的终极解决办法5.83 lammps计算质心的两种方法5.84 lammps计算单个分子受力的方法5.85 Lammps改错技巧5.86 lammps gpu加速配置教程5.87 lammps模型晃动问题5.88 lammps read_data读入的模型如何准确分组?5.89 关于模拟单位units的几个小问题5.90 lammps聚合物建模组合技巧5.91 Neighbor list overflow改错方法5.92 lammps动态统计中心原子周围原子数量5.93 lammps计算区域压力的两种方法5.94 lammps计算固定区域内原子受力的方法5.95 lammps统计一个原子周围不同类型原子数量的方法5.96 Lammps动态删除反应产物分子的方法5.97 Lammps随机选择原子居中的方法6 Ovito教程6.1 单原子温度计算之温度云图绘制方法6.2 单原子应力计算及应力云图绘制方法6.3 Ovito分析并绘制单原子应变6.4 Ovito标记原子内部运动方法6.5 Ovito中多晶不同颜色显示技巧6.6 如何更清晰观察晶体结构?Ovito渲染技巧介绍6.7 ovito选择原子高级技巧6.8 ovito快速提取单条位错线的伯氏矢量6.9 Ovito设置原子不同透明度的小技巧6.10 Ovito显示化学键的方法6.11 ovito多晶显示方法26.12 ovito查看完整分子链方法6.13 Ovito绘制单原子Mises应变云图的方法6.14 高清大图渲染方法16.15 Voronoi法计算配位数和原子体积6.16 Ovito选择特定晶粒的方法6.17 ovito绘制原子扩散轨迹26.18 ovito计算原子位移的方法6.19 Ovito计算RDF方法6.20 Ovito计算密度分布6.21 ovito显示位错和缺陷的一个小技巧6.22 Ovito识别结构的几种方法6.23 Ovito旋转模型的技巧7 Python Ovito后处理编程7.1 Python调用Ovito模块配置方法7.2 Python Ovito编程计算MSD7.3 Python ovito 计算输出位错线长度7.4 Python Ovito CNA结构统计输出7.5 Python Ovito 统计键长分布(1)7.6 Python Ovito 统计角度分布 7.7 Python ovito编程绘制速度分布7.8 Python ovito编程计算不同原子对的rdf7.9 Python ovito输出高清图片7.10 Ovito高清图渲染参数设置7.11 Pytho Ovito选择特定类型的原子7.12 Python Ovito 统计键长分布(2)7.13 Python Ovito Voronoi多面体指数计算方法(1)7.14 Python Ovito 多帧Voronoi多面体指数计算方法(2)7.15 孔洞体积和孔隙率的计算7.16 多帧孔洞体积和孔隙率的计算8 机器学习势8.1 ABACUS安装8.2 RANN势配置方法8.3 深度势能DeepMD-kit安装方法8.4 机器学习势系列教程(4):cp2k的安装



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