在2月7日的一项重大决定中，蔡英文领导的台湾政府采取了对中国大陆的报复性措施。台湾的交通及观光部门宣布，鉴于大陆方面至今未就旅游团赴台安排作出回应，并单方面调整了M503等航线的运行模式，决定即刻暂停组织前往大陆的旅游团活动。不过，对于已在3月至5月期间组织成功的团体，允许其按计划出行。在这一决策尚未正式生效前，赖清德便提前表态，指责大陆对台湾的友好姿态没有给予相应的回应。
此举被视为是以M503航线调整为由，实质上限制两岸间的人员往来与交流，违背了两岸同胞的共同愿望，逆流而动，引起了广泛的不满。对此，中国大陆的国台办迅速做出回应，批评民进党政府在两岸对话与沟通的问题上，一直在设置前提条件进行政治操作，忽视了旅游业界和民众的声音和利益。
台中市旅行商业同业公会的理事长冯国丰在接受采访时表达了对政策频繁变动造成的业界困扰，许多旅游业者的产品已销售至暑假期间，突如其来的政策变动导致巨大损失。目前，各业界公会正计划在春节后向台当局提出抗议。全台商总主席赖正镒也强烈批评了民进党政府的政策不稳定，指责蔡英文和赖清德欺骗选民，预告了行业内部的联合抗议行动。
赵少康，国民党“战斗蓝”的创始人，通过其办公室发表了回应。他提到，在疫情发生之前，每年约有六百万台湾人前往大陆旅游，其中包括六成的团体游客。现在，受民进党政策影响，旅游业者面临着数亿元的损失，而且渴望参加大陆旅游团的民众也遭受了权益损害。他批评民进党在选举前才宣布将在3月1日取消禁止团体旅游的命令，但是赖清德在选举胜利后立即违背了承诺，证明民进党确实是台湾最大的“欺诈集团”。
与此同时，马英九在2月8日对民进党2月7日的行为作出了直接回应。他指出，两岸关系的主要问题是民进党政府从不与大陆进行沟通。他对此表示了不解，并回忆起自己在M503航线问题上的努力，对民进党政府的处理方式感到非常遗憾。马英九强调，两岸关系应该以和为贵，否则累积的矛盾最终可能导致冲突。
民进党政府最近的举动，表面看似是对大陆调整M503航线的反击，但实际上是赖清德开始侵蚀“九二共识”，意图消解马英九八年任期内两岸合作的成就。赖清德预计在5月20日正式就职后，将开始与大陆进行缓慢的谈判。与蔡英文相比，赖清德在尚未上任前就敢于采取行动，这一点表明了与蔡英文相比，赖清德更加危险，更加难以预测。
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