自身抗体和(或)自身反应性T淋巴细胞所介导的、对自身细胞或自身成分发生的免疫应答是导致自身免疫病病理损伤的原因。其发病机理与超敏反应的发生机理相同。
自身抗体介导的自身免疫病
1.自身抗体直接介导细胞破坏：针对自身细胞膜成分的自身抗体结合细胞后通过Ⅱ型超敏反应引起自身细胞的破坏，其病理损伤机制为：①激活补体系统，溶解细胞；②补体片段招募中性粒细胞到达局部释放酶和炎症介质引起细胞损伤；③补体片段通过调理吞噬作用促进吞噬细胞损伤自身细胞；④NK细胞通过ADCC杀伤自身细胞。自身免疫性血细胞减少症是抗血细胞自身抗体介导的自身免疫病。某些药物可吸附在红细胞表面并改变细胞的抗原性，进而刺激机体产生抗红细胞抗体，引起红细胞溶解，发生自身免疫性贫血。针对血液中其他细胞的自身抗体也可引起相应的自身免疫病，如自身免疫性血小板减少性紫癜、自身免疫性中性粒细胞减少症。
2.自身抗体介导细胞功能异常：抗细胞表面受体的自身抗体可通过模拟配体的作用，或竞争性阻断配体的效应导致细胞和组织的功能紊乱，引发自身免疫病。毒性弥漫性甲状腺肿由血清中针对促甲状腺激素(TSH)受体的自身抗体所引起、以甲状腺功能亢进为特征的自身免疫病。该自身抗体可高亲和力持续结合甲状腺上皮细胞膜上的TSH受体，模拟TSH效应，导致甲状腺上皮细胞长期分泌过量的甲状腺素，引起甲亢。因此，该自身抗体也被称为长效甲状腺刺激抗体。重症肌无力(MS)是由抗乙酰胆碱受体(AchR)的自身抗体引起的以骨骼肌进行性无力为特征的自身免疫病。该自身抗体与神经肌肉接头处AchR结合，方面可竞争抑制乙酰胆碱与AchR结合，阻断乙酰胆碱的生物学效应；另一方面可加速 AchR的内化和降解，使AchR数量减少(抗原调变)，致使肌肉细胞对运动神经元释放的乙酰胆碱的反应性进行性降低而出现肌肉收缩无力等症状。
3.自身抗体与自身抗原形成IC介导组织损伤：自身抗体和相应的自身抗原结合形成的IC，沉积于局部或全身多处毛细血管基底膜后，激活补体，并在中性粒细胞、血小板、嗜碱性粒细胞等效应细胞参与下，导致自身免疫病，其病理损伤机制为Ⅲ型超敏反应。SLE是由多种抗DNA和抗组蛋白自身抗体与相应抗原形成大量的IC沉积在皮肤、肾小球、关节、脑等部位的小血管壁，激活补体造成组织细胞损伤所引起的全身性自身免疫病。损伤细胞释放的核抗原物质可进一步刺激机体产生更多的自身抗体，形成更多的IC沉积，加重病理损伤。
自身反应性T 细胞介导的自身免疫病
自身反应性T细胞在一定条件下可引发自身免疫病。参与此型组织损伤的效应细胞主要为CD4+Th1 和CD8+CTL，其病理损伤机制为Ⅳ型超敏反应。活化的Th1释放多种细胞因子引起淋巴细胞、单核/巨噬细胞浸润为主的炎症反应，活化的自身反应性CTL对局部自身细胞有直接杀伤作用。
IDDM患者体内存在的自身反应性CTL可持续杀伤胰岛B细胞，致使胰岛素的分泌严重不足。MS患者体内存在髓鞘碱性蛋白(MBP)特异性Th1细胞，可浸润脑组织，引起中枢神经系统炎症损伤。
有些自身免疫病是自身抗体和自身反应性T细胞共同作用的结果，如有些重症肌无力患者的体内既存在抗乙酰胆碱受体的自身抗体，也存在针对乙酰胆碱受体的自身反应性T细胞。
自身免疫病的分类
自身免疫病分为器官特异性和全身性自身免疫病。器官特异性自身免疫病是指患者的病变一般局限于某一特定的器官，由针对特定器官的靶抗原的自身免疫反应引起。此外，某些自身抗体可通过对靶器官的正常功能过度刺激或抑制而引发器官特异性功能异常型自身免疫病。全身性自身免疫病又称为系统性自身免疫病，由针对多种器官和组织的靶抗原的自身免疫反应引起，患者的病变可见于多种器官和组织，病变分布广泛，如皮肤、肾脏和关节等均发生病变，表现出各种相关临床体征和症状。
自身免疫病的基本特征
①患者体内可检测到高效价的自身抗体和(或)自身反应性T细胞。
②自身抗体和(或)自身反应性T细胞介导对自身细胞或自身成分的免疫应答，造成组织细胞损伤或功能障碍；病情转归与自身免疫应答的强度相关；应用免疫抑制剂治疗有效。
③通过血清或淋巴细胞转输可以被动转移疾病，应用自身抗原或自身抗体可在动物复制出具有相似病理变化的自身免疫病模型。
④疾病的发生有一定的遗传倾向，且与性别和年龄相关(女性、老年多见)。
