2025 年两院院士增选，共有 83 位学者暂停参选资格

文摘 2025-01-11 21:50 美国

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地学部

符力耘 1964 年中国石油大学（华东）

葛全胜 1963 年中国科学院地理科学与资源研究所

欧阳志云 1962 年中国科学院生态环境研究中心

刘育 1954 年南开大学

周鸣飞 1968 年复旦大学

技术科学部

杨绍普 1962 年石家庄铁道大学

生命科学和医学学部

龚启勇 1963 年四川大学华西厦门医院

王拥军 1965 年上海中医药大学

薛勇彪 1962 年中国科学院北京基因组研究所

数学物理学部

李嘉禹 1963 年中国科学技术大学

沈健 1968 年复旦大学

信息技术科学部

张化光 1959 年东北大学

化工、冶金与材料工程学部

陈代杰 1957 年 4 月上海交通大学

潘峰 1963 年 8 月清华大学

邱显扬 1957 年 6 月广东省科学院

肖忠良 1957 年 2 月南京理工大学

杨槐 1965 年 4 月北京大学

张来勇 1962 年 11 月中国寰球工程有限公司

环境与轻纺工程学部

邱学青 1965 年 12 月广东工业大学

杨敏 1964 年 2 月中国科学院生态环境研究中心

张名位 1966 年 4 月广东省农业科学院

机械与运载工程学部

王建华 1954 年 2 月西安交通大学

王军 1963 年 11 月中国中车集团有限公司

张新国 1958 年 11 月中国航空研究院

能源与矿业工程学部

董书宁 1961 年 2 月中煤科工西安研究院（集团）有限公司

焦方正 1962 年 10 月中国石油天然气集团有限公司

李子颖 1964 年 1 月核工业北京地质研究院

路保平 1961 年 12 月中石化石油工程技术研究院有限公司

谭国俊 1962 年 8 月中国矿业大学

唐传祥 1969 年 7 月清华大学

田东风 1958 年 9 月北京应用物理与计算数学研究所

王安建 1953 年 4 月中国地质科学院

王虹 1959 年 8 月煤炭科学研究总院有限公司

王伟胜 1968 年 3 月中国电力科学研究院有限公司

姚敏 1965 年 3 月宁夏永润化工科技集团有限责任公司

朱伟林 1956 年 5 月中国海洋石油集团有限公司

农业学部

陈志 1955 年 3 月中国农业机械化科学研究院集团有限公司

董红敏 1964 年 9 月中国农业科学院农业环境与可持续发展研究所

番兴明 1963 年 3 月云南省农业科学院

高俊平 1960 年 8 月中国农业大学

黄季焜 1962 年 9 月北京大学

焦新安 1964 年 9 月扬州大学

李立会 1963 年 10 月中国农业科学院作物科学研究所

梁正伟 1962 年 3 月中国科学院东北地理与农业生态研究所

刘娣 1963 年 6 月黑龙江省农业科学院

王涛 1959 年 11 月中国科学院西北生态环境资源研究院

张海洋 1963 年 12 月河南省农业科学院

赵新全 1959 年 11 月青海大学

土木、水利与建筑工程学部

方东平 1963 年 12 月清华大学

李爱群 1962 年 7 月北京建筑大学

李宏男 1957 年 8 月大连理工大学

李久林 1968 年 8 月北京城建集团有限责任公司

倪阳 1963 年 5 月华南理工大学

邵韦平 1962 年 5 月北京市建筑设计研究院有限公司

田军仓 1958 年 3 月宁夏大学

王沛芳 1973 年 11 月河海大学

王卫东 1969 年 1 月华东建筑集团股份有限公司

曾光明 1962 年 12 月湖南大学

张春生 1964 年 4 月中国电建集团华东勘测设计研究院有限公司

张金良 1963 年 5 月黄河勘测规划设计研究院有限公司

张琨 1962 年 9 月中国建筑股份有限公司

信息与电子工程学部

陈钱 1964 年 11 月中北大学

方向 1963 年 12 月中国计量科学研究院

姜秋喜 1960 年 7 月中国人民解放军国防科技大学

李建东 1962 年 10 月西安电子科技大学

年夫顺 1962 年 8 月中电科思仪科技股份有限公司

沈向洋 1966 年 10 月粤港澳大湾区数字经济研究院（福田）

宋爱国 1968 年 11 月东南大学

王海峰 1971 年 11 月北京百度网讯科技有限公司

王文海 1967 年 8 月浙江大学

张修社 1965 年 3 月中国电子科技集团公司第二十研究所

医药卫生学部

郝定均 1959 年 1 月西安交通大学

何建行 1963 年 2 月广州医科大学附属第一医院

胡豫 1964 年 4 月华中科技大学

李建生 1963 年 9 月河南中医药大学

陆前进 1962 年 6 月中国医学科学院皮肤病医院

吕毅 1963 年 4 月西安交通大学

任建安 1963 年 6 月中国人民解放军东部战区总医院

王阶 1956 年 1 月中国中医科学院广安门医院

吴效科 1966 年 12 月黑龙江中医药大学附属第一医院

杨惠林 1960 年 3 月苏州大学附属第一医院

张卫东 1966 年 5 月中国人民解放军海军军医大学

赵家军 1961 年 5 月山东第一医科大学附属省立医院

（注：院士增选制度规定：连续参选三次就暂停一次）

前天，我们已经给大家分享了GEO芯片测序limma差异分析非配对的万能代码（点击查看下载）。

昨天，我们已经给大家分享了GEO芯片测序limma差异分析配对的万能代码（点击查看下载）。

我们也给大家免费分享了配对、非配对合并之后的万能代码（点击下载）。那上面这些都是芯片测序（Array）的分析包。

那我们从GEO下载的或者我们自己测序的高通量测序（RNAseq）矩阵（Raw count。从下图我们可以看到公司给我们的一般是Raw count，或者FPKM/RPKM count，这个矩阵我们在发文章的时候一般需要上传到GEO或者TCGA）：

因此，我们在挖掘GEO数据的时候，要么是Raw count矩阵，要么是FPKM/RPKM count矩阵。Raw count矩阵一般用Deseq2包进行差异分析。FPKM/RPKM count矩阵一般用limma包差异分析。今天我们给大家分享的是Raw count的Deseq2包差异分析万能代码：

“Raw count的Deseq2包差异分析+热图+火山图+GO分析+KEGG分析+GSEA分析全套万能代码（附代码交流群）”

如下免费下载：

🔽①长按下方二维码关注🔽

②对话框输入关键词：全套代码

是全套的万能代码，自动判断同基因名处理，你只要知道下载的数据有几个样本就行。差异分析+热图+火山图+GO分析+KEGG分析+GSEA分析，万能代码一键搞定。大家可以进群，群内不答疑，可代码共享。下面开始操作：

一、数据下载：

DESeq2是一个比较常用的转录组分析R包，包的使用非常简单，与之前的limma包不一样，DESeq2需要的数据是Row counts矩阵，这点非常重要。所以不管你自己的测序数据，还是GEO下载的数据，你需要明确是不是Row counts矩阵。比如我从GEO下载GSE169758的测序数据（我这里只是举例子），如下操作，打开生物医学之家网站（swyxzj.com）进入GEO官网：

检索GSE号，并且明确知道是测序数据，不是芯片数据：

点击下载raw count：

下载、解压，整理成下面（前面三个对照组，后面3个实验组）：

下面我们可以跑代码了。

二、运行代码：

将raw count矩阵和代码放在同一个文件夹下（RNAseq_Deseq2）：

打开代码，一共是7个步骤：

### 一、DEseq2差异分析+标准化PCA图### 二、ENSG转Symbol----公众号：科研部，参考链接：https://mp.weixin.qq.com/s/l3jgf_GhglZ5pwUNhc1x1g### 三、输出差异基因### 四、作图，差异表达图，热图，火山图### 五、差异基因集的GO分析### 六、差异基因集的KEGG分析### 七、 所有基因集的GSEA富集分析

第一步、差异分析+PCA降维：

如上代码，是3个对照组和3个实验组，所以你如果你的数据是7个，你就修改为7就行。之后，你会生成一个PCA图（感觉分组分的不好，这个数据有点问题）：

同时，生成DEseq2差异分析结果文件：

那我们根据PCA图可以看到有个别样本不行，错综复杂。意思就是这个数据不太好。那我们再换一个我自己的数据重新差异分析看看，数据如下：

读入数据，DEseq2差异分析（唯一要改的就是7个对照组，几个实验组）：

PCA看看分组如何：

分的很开，结果可靠。差异分析结果文件如下（但是是ENSG的，我们后续做GO、kegg、gsea都是需要基因symbol，所以下一步，我们要转换）：

二、ENSG转Symbol :

ENSG转symbol，请仔细看这篇推文（点击查看）。我们测序之后，比对到基因组文件的时候是用的哪个版本的GTF文件，你就需要下载该版本的GTF文件，用ENSGmap进去，得到基因Symbol，那我这里是自己测序的数据，用的是gencode.v39.文件，所以就下载1_gencode.v39.annotation.gtf.gz（怎么下载，请点击查看），放在这个文件夹下：

运行代码（你需要自己下载gtf文件，修改8：21的21，这个代码意思就是说取根据8-21列取每行的中位数，后面好比对到gtf文件时，同名的symbol处理，21的意思是7+n，n是样本数，我是14个样本，所以7+14=21）：

就得到了symbol的DEseq2分析结果文件（有symbol了）：

三、输出差异基因：

我这里取的阈值是logFC为1，矫正后的p值小于0.05，也就是变化倍数大于2，并且有统计学意义的基因作为差异基因，用于后续的分析，打开如下：

我们仔细看看后会发现，我们第二列里面有些也是ENSG号。

我们回到GTF文件看看：

发现有些ENSG基因，它的名字就是ENSG号，数量不多，不影响的。

四、作图，差异表达图，热图，火山图：

首先就是做热图，我们不可能将所有的差异基因都展示出来，所以这里筛选出padj < 0.05和abs(log2FoldChange) >2的基因拿出来做热图展示，就是说明有部分基因变化非常明显：

接着我们画火山图，说明很多基因确实发生了变化（蓝色和红色的基因有很多）：

第五步、差异基因集的GO富集分析：

我们要先加载差异基因文件，然后将其转化为entrezID：

我们发现TEC这个基因有多个entrezID：

这样我们后面用entrezID做GO分析的时候就会报错：错误: near "7006": syntax error。如下：

这个时候，我们就可以随机选取该基因的任何一个entrezID都行。

所以，最终的差异基因GO分析代码是：

这里是将P小于0.05的结果保留下来（万能代码，这一步，你什么都不需要改，后面的KEGG分析也是一样，不需要改）：

第六步、差异基因集的KEGG富集分析：

先输入差异基因，随后kegg富集分析，并保存P小于0.05的结果：

再选择P小于0.05的前10作图，并将KEGGmap到的通路下载下来：

产生结果文件：

第七步、所有基因集的GSEA富集分析：

是用所有基因来做GSEA富集分析，不是用差异基因哦，并且按照logFC排序进行GSEA富集分析，运行到下面代码：

P小于0.05的结果将会被保存起来：

然后把自己想要的通路（hsa号）画出来即可：

每一张都保存起来就行了，就等于一篇论文（你的数据有多新，你就能发多大的文章）：

最终的结果文件：

全套代码一共是300多行，自己多练练就会了，不会写不要紧，看得懂就行了，每一句代码都有注释。代码和演示数据我都上传了：

如下免费获取：

“Raw count的Deseq2包差异分析+热图+火山图+GO分析+KEGG分析+GSEA分析全套万能代码（附代码交流群）”

如下免费下载：

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