第46期 | 11.27-11.28 | 基于结构协变网络的网络攻击分析、模块化与拓扑属性(GAT) | 训练营

文摘   科学   2024-10-24 18:05   浙江  

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主办单位

杭州脑海科技有限公司

脑海科技认知神经科学实验室

承办单位

杭州脑呈科技有限公司


















1. 训练营说明


本期课程以Kong et al., 2020发表在Schizophrenia Bulletin期刊(一区,影响因子9.3分)上使用的基于结构协变网络的网络攻击分析、模块化与拓扑属性分析方法为教学蓝本,使用工具包为GAT(Graph Analysis Toolbox)。GAT工具包发布于2012年,支持构建结构网络、全局指标与节点指标计算、模块化分析、计算度分布、HUB节点分析、网络攻击性分析等,已被广泛应用于研究各种脑疾病,相关文献发表在Neuroimage Clinical(二区,影响因子4.3分)、BMC Psychiatry(二区,影响因子 4.4分)等期刊。


2. 训练营学习内容


1. 基于结构协变网络分析概述

Kong et al., 2020文献方法解析

GAT工具包介绍

2. 灰质形态学指标分析

数据预处理与MASK制作

3. 基于结构协变网络分析

构建最小密度下的分组结构网络

生成随机网络

提取各ROI指标

构建计算模型

4. 全局指标计算

聚类系数

最短路径长度

小世界属性

AUC与FDA分析

5. 节点指标计算

节点间中心性

AUC与FDA分析

6. 网络攻击分析

基于目标的网络攻击分析

随机网络攻击

网络攻击的AUC/FDA分析

7. HUB节点分析

8. 模块化分析(Louvian算法)

9. 度分布分析(幂律分布函数)

10. 结果可视化

基于GAT结果制作球棍图

基于GAT结果制作皮层图

基于GAT结果制作最小密度矩阵图



3. 训练营预告


第47期:基于机器学习(SVM)的脑影像数据分析(ML02A)(11月29日-30日最低可享2780元/人)

第48期:基于滑动时间窗的动态分析基础(DY03A)(11月29日-30日最低可享2780元/人)




4. 脑海科技相关介绍


脑海科技核心团队组建于2018年,公司位于于萧山区紫橙国际创新中心3号楼6层及10层,是一家专注于脑影像相关的科研平台研发、技术培训、数据分析技术服务及脑科学相关设备销售的科技型公司,已被认定为“国家级高新技术企业”、“国家级科技型中小企业”、“浙江省创新型中小企业”及“浙江省科技型中小企业”,入选杭州市萧山区高层次人才创业创新“5213”领航类项目,已通过ISO9001质量管理体系认证,并经杭州市科协审批建立了“博士创新站”。

2021年脑海科技成立了下属的研究实验室(脑海科技认知神经科学实验室)专注于神经影像相关的学术工作,脑海实验室目前已累积联合培养硕士研究生41名、博士研究生12名。截止目前,实验室成员累积发表SCI文章85篇,其中JCR一区SCI文章28篇,JCR二区SCI文章41篇。实验室研究团队有着丰富的脑影像研究经验,目前已有近百余名研究生或医生的联合培养或短期访学的合作经验,联合培养了很多优秀的研究生,如:高*艳以主要作者发表SCI文章5篇、郝*奇以主要作者发表SCI文章6篇、李*婷以主要作者发表SCI文章6篇、孙*伟以主要作者发表SCI文章4篇、王*以主要作者发表SCI文章3篇、展*琳以主要作者发表SCI文章3篇等等(鉴于篇幅所限,仅列举部分同学)。学习中心核心团队具有丰富的SCI文章审稿经验,担任50余个SCI杂志审稿人,包括:Alzheimer's Research & Therapy、Molecular Autism、IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics、NeuroImage、BMC Psychiatry、Human Brain Mapping、Translational Stroke Research、CNS Neuroscience & Therapeutics、Journal of Affective Disorders、Autism Research等等。

贾熙泽,博士,现任杭州脑海科技首席执行官、山东第二医科大学附属医院特聘专家、常熟市第二人民医院磁共振脑成像研究中心副主任、特聘研究员、兼任杭州师范大学附属医院认知与脑疾病研究中心副研究员、大连市友谊医院特聘教授、山东第二医科大学医学影像学院硕士生导师、宁波市康复医院医学技术顾问、佳木斯大学信息电子技术学院硕士生导师、中国心理学会积极心理学专委会委员、浙江省数理医学学会放射学专委会委员、浙江省康复医学会神经调控专委会委员及杭州市萧山区青年科技工作者协会会员。主持国自然青年基金项目、浙江省智能教育技术与应用重点实验室开放研究基金重点项目,入选杭州市青年科技人才培育工程项目,作为主要参与人参与 8 项国自然科学基金项目、 1 项科技部国家重大慢性非传染性疾病重点研发计划课题。以主要作者在Science Bulletin、 Human Brain Mapping、 The Journal of Headache and Pain 及 Journal of Affective Disorders 等杂志发表文章 30 余篇(第一作者或通讯作者),文章被 SCI 杂志引用近968次,h-index =16,担任 40余个SCI杂志的审稿人

5. 报名及费用说明

(1)学习内容:基于结构协变网络的网络攻击分析、模块化与拓扑属性(GAT)(GT02C )

(2)学习模式学习规划 + 导师制 +小组答疑(5人以内)  +  体系化视频课程  +  定期进度跟进 + 学习效果评估 + 完整案例数据

(3)硬件资源:每名学员配备2台电脑,1台用于观看学习视频,1台用于分析数据(Intel i7或以上配置)

(4)学习周期:2

(5)答疑方式:每天下午固定16点进行小组答疑,数据分析遇到报错,助教随时响应并协助解决问题

(6)学习费用

2024年11月27日-11月28日到场学习,可享受优惠价2980元/人,转发朋友圈,集赞超过28个,立减200元(即2780元/人

注:交通及食宿费用自理


6. 报名流程及付款方式


(1)报名流程。报名可先扫描以下二维码添加樊衍孜微信(扫描以下二维码或添加微信号:19906719439
(2)关于发票。可开具能够报销的正式发票(如:技术服务费及培训费等)。支持预存,可以现场刷公务卡或银行卡转账,学习期间谢绝录像及录音。
电话咨询:0571-2883 4398(请按3号键)
微信咨询:199 0671 9439
邮箱咨询:fanyanzi@brainimaging.cn
实验室地址:浙江省杭州市萧山区城厢街道金城路39号紫橙国际创新中心3号楼6楼602室

7. FAQ


Q:课程具体是什么形式?

A:脑海科技团队录制了完整的讲课视频,并且整理了相应的数据分析工具、代码以及技术文档,报名的学员会有一份学习规划,可根据学习规划观看对应教学视频。操作问题助教随时响应,理论以及科研问题每天下午16:00进行小组答疑(每5个学员配备1名助教)。

Q:随到随学吗?每次提前多久报名?

A:建议尽早报名,最迟提前3天报名,实验室位置有限,我们需要提前准备资料以及安排助教。少于3天报名可能会预约不上位置。

Q:与传统培训班相比,学习效果怎么样?

A:远比传统培训班学习效果好, 1)学习时间集中且充足,每天包括9小时的学习时间(9:00 ~ 18:00),方便请假和安排时间。2)小组答疑,操作问题可以随时响应,解决问题效率高。3)视频课程经过反复设计和打磨,可以根据自己的进度灵活调整,由浅入深,不怕跟不上。4)有导师定期跟进进度,确保能够跟上。目前来访的学员都可以掌握相应的技术,并且满意度都很高。

Q:训练营与1对1答疑的区别?

A:1)训练营采用小组答疑制,每5位学员配置1名助教,报错等影响学员进度的问题助教随时响应;2)训练营在费用上会比1对1答疑更低。1对1会更加灵活,可以随到随学(提前预约),训练营有固定的开班时间。

Q:训练营的价格及优惠活动

A:我们会推出在固定时间段内的优惠价格,具体以当期通知为准,在此基础上,可参加朋友圈集赞等优惠活动。



8. 一对一学习方案欢迎详询


以下1对1学习方案现已开启,火热报名中!敬请关注“脑海科技学习中心”公众号:

一对一 | 大脑白质功能信号数据分析基础培训 | 随到随学(点击跳转至链接)

主要内容包含:白质功能信号相关研究进展概述、白质功能信号计算局部指标方法、白质功能脑网络创建、白质指标的统计分析与多重比较校正等。


一对一 | 静息态数据分析基础培训 | 随到随学(点击跳转至链接)

主要内容包含:静息态功能磁共振入门、数据整理、静息态功能磁共振文献解读、数据预处理、局部指标与功能连接指标计算、统计分析与多重比较校正、结果汇报及可视化等


一对一 磁共振结构数据分析(VBM)基础培训 | 随到随学(点击跳转至链接)

主要内容包含:基于体素的形态学分析流程介绍、横向及纵向数据的结构像分割、数据质量检查、VBM项目实战演示与结果汇报等


一对一 | 弥散张量成像(DTI)数据分析基础培训 | 随到随学(点击跳转至链接)

主要内容包含:Linux 基础命令、头动校正、涡流校正、张量指标计算(FA、AD、MD、RD指标),基于体素水平的分析(VBA)、基于白质纤维骨架的统计分析(TBSS)等。


一对一 | 基于结构协变网络的格兰杰因果分析(CaSCN) | 随到随学(点击跳转至链接)

主要内容包含:CaSCN方法概述、基于RSET的CaSCN分析、基于RSET的CaSCN分析、基于BCCT的CaSCN分析、图表制作与结果汇报等


一对一 功能复杂网络分析(Graph theory)基础训练 | 随到随学(点击跳转至链接)

主要内容包含:功能脑网络的构建、稀疏网络的创建、图论基础知识讲解、全局指标讲解与实操(小世界属性、全局效率等)、节点指标讲解与实操(度中心性、介数中心性等)、基于图论指标的统计分析与结果可视化等


一对一 | 独立成分分析与网络间连接(ICA+FNC)基础训练 | 随到随学(点击跳转至链接)

主要内容包含:ICA基本原理讲解、ICA参数设置讲解、独立成分挑选注意事项、大脑功能网络识别、FNC讲解与实操等


一对一 基于大脑皮层分析基础训练 | 随到随学(点击跳转至链接)

主要内容包含:FreeSurfer工具包介绍、recon-all步骤解析与命令实操、FreeSurfer生成结果讲解、统计分析与结果呈现等


一对一 共波动分析(Cofluctuation analysis) | 随到随学(点击跳转至链接)

主要内容包含:共波动分析流程讲解、共波动分析(包括连边RSS(和方根)计算、BOLD信号的RSS(和方根)计算)、共波动时间点的功能连接计算、高振幅时间点平均活动模式的主成分分析(PCA)


一对一 脑影像元分析(META)基础培训 | 随到随学点击跳转至链接)

主要内容包含:脑影像元分析入门及流程介绍、脑影像元分析文献解读、元分析文献检索、AES-SDM元分析基础操作、AES-SDM额外分析操作、ALE基础分析讲解与实操、脑影像元分析结果图表等


一对一 基于机器学习的脑影像数据分析基础培训 | 随到随学(点击跳转至链接)

主要内容包含:MATLAB编程入门、静息态脑影像数据分类特征的制作、常用核函数讲解、交叉验证方法讲解、信号提取与特征构建、支持向量机模型评价、项目实战等


一对一 基于结构协变网络的网络攻击分析、模块化与拓扑属性(GAT) 随到随学(点击跳转至链接)

主要内容包含:基于结构协变网络分析概述、灰质形态学指标分析、基于结构协变网络分析、全局指标计算、节点指标计算、网络攻击分析、HUB节点分析、模块化分析、度分布分析等


一对一 基于滑动时间窗的动态分析基础培训 | 随到随学(点击跳转至链接)

主要内容包含:动态分析方法概述、数据预处理、滑动窗参数设置、基于动态指标的统计分析、基于动态指标的聚类分析等


如有其他想要学习的内容,欢迎添加樊衍孜的微信反馈(微信号:19906719439),我们将研发新的学习方案。






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