（一）纳税人和计税依据。水资源税的纳税人为直接从江河、湖泊（含水库、引调水工程等水资源配置工程）和地下取用水资源的单位和个人。水资源税实行从量计征。
（二）税额标准。水资源税根据水资源状况、取用水类型和经济发展等情况实行差别税额。国家统一明确各省、自治区、直辖市水资源税最低平均税额标准，具体适用税额由各省、自治区、直辖市确定。同时，要求对取用地下水、水资源严重短缺和超载地区取用水从高确定税额。
（三）税收优惠。对规定限额内的农业生产取用水等五种情形，免征水资源税；对超出规定限额的农业生产取用水以及农村集中饮水工程取用水，授权地方减免水资源税；对用水效率达到国家用水定额先进值的相关纳税人，减征水资源税。
（四）收入归属。全面实施水资源费改税试点后，水资源税收入全部归属地方（原水资源费收入实行中央和地方1:9分成），适当增加地方自主财力。
（五）税收征管。健全税务机关和水行政主管部门协作征税机制，强化对纳税人取水计量设施（器具）监管，规范和加强税收征管。
（一）完善税收制度。《办法》进一步界定了水资源税征收范围和对象；细化了纳税人取用水适用多个税额标准的申报纳税要求；强化了税收优惠政策的正向激励引导作用；与资源税法有关规定相衔接，将水资源税的纳税地点由生产经营所在地调整为取水口所在地等。
（二）扩大地方权限。《办法》适当扩大了地方税收管理权限，包括：新增了地方可以减征和免征的税收优惠政策；简化水资源税的税额标准，授权地方在确定具体税额时有更多调整空间；授权地方确定特定取用水的水资源税核定方法和计征方式等。
（三）健全征管机制。《办法》进一步明确了纳税人申报纳税的相关责任和义务。同时，进一步健全了税务部门和水行政主管部门的信息共享和征管协同配合机制，提高水资源税征管效率。
