合成生物学与天然产物化学:用植物的力量开启药物合成的新未来

学术   2024-10-30 13:26   辽宁  


引言 /Introduction

在近期于英国举行的Synbio24会议上,来自英国诺里奇约翰·英尼斯中心的 Anne Osbourn教授发表了题为⌈植物合成生物学在健康和食品方面的应用⌋的演讲。

在该报告中 Anne 提到,团队使用了自行开发的特殊装置,将植物叶片浸入携带目的基因的农杆菌悬浮液中,并辅以真空设备来施加压力,使叶片气孔打开,方便悬浮液进入细胞间隙,从而有效地让农杆菌接触到叶片细胞并完成基因导入。利用这种方法获得的产物不仅产量极高,无需纯化,且只需在实验室规模操作即可。

这篇 2020 年 7 月 29 日发表于 The Biochemist 的经典文章⌈Making drugs out of sunlight and ‘thin air’: an emerging synergy of synthetic biology and natural product chemistry⌋中,作者阐述了演讲中所提到的上述技术,再创为各位读者进行了整理和翻译。



Michael J. Stephenson; Anne Osbourn / 作者
 丁小然 / 整理
范锐、孟凡康 / 审校


丁小然

曼彻斯特大学硕士,再创内容创作,再创海外人才招聘栏目主创之一




从天然到合成:三萜类化合物发现的新纪元

自然界一直都是具有药用相关生物活性的结构多样的小有机分子的丰富来源。尽管这些所谓的天然产物在历史上取得了成功,但大型制药公司以这些天然化合物作为药物设计指针的热情却时起时落。造成这种情况的主要原因是天然化合物通常具有固有的结构复杂性。因此,这些化合物很难通过合成获得,这一障碍可能会阻碍药物的开发,并妨碍可持续大规模商业化生产。近年来,合成生物学和天然产物化学之间出现的协同作用为我们获取天然产物进行药物发现和开发的能力提供了复兴的潜力。基因组测序、生物信息学和异源表达平台的不断成熟,使得研究和最终操纵植物生物合成途径成为可能。
三萜类化合物是结构最多样化的天然产物家族之一,可以说是临床上最不具代表性的家族之一。植物是三萜类化合物多样性最丰富的来源之一,迄今为止已报道的三萜类化合物有 20,000 多种。在适宜的植物物种中瞬时表达候选酶( candidate enzymes)和途径的基因正在成为研究和利用参与产生这种多样性的植物酶的一种强大而快速的手段。此类平台本身也有可能充当生产系统,并有可能使用相同的总体基本程序将这些发现升级为具有商业价值的产品。植物中产生高价值化合物的碳源是光合作用。因此,在不久的将来,我们可以借助植物,在绿色工厂中利用光合作用和“稀薄空气”生产新的药物。
长期以来,自然界一直是结构多样的小有机分子的丰富来源。许多所谓的天然产物都具有药用相关的生物活性。事实上,在过去一个世纪里,对这一化学空间的探索已经产生了许多临床使用的药物。在治疗传染病或恶性疾病方面尤其如此,其中超过一半的常见药物治疗是天然产物或其直接衍生的类似物。考虑到自然界对生物体施加的选择压力,天然产物作为药物的成功也许并不令人惊讶。这种进化的“军备竞赛”已经改进了大量的结构以提供选择性优势,例如提供对害虫和病原体的保护以及生物体间信号传导。这些药效团的内源性作用可直接用于治疗人类感染或异常细胞增殖状况,如癌症。事实上,抗生素最严格的定义是一种细菌产生的杀死另一种细菌的物质。

尽管天然产物在历史上取得了成功,但近几十年来,大型制药公司探索这些化合物作为药物设计先导物的热情却时起时落。造成这种情况的原因有很多,但主要原因是它们通常具有固有的结构复杂性。这使得许多天然产物难以/无法通过合成获得。这不仅对可持续和实用的大规模生产有前途的候选物构成了问题,而且还阻碍了它们在早期先导开发阶段通过类似物生成进行改进。此外,随着我们对许多疾病状态背后的分子生物学的了解不断加深,潜在药物靶标的范围也不断扩大。为了更具体地针对这些异常过程,药物发现过程中的重点往往集中在特定的蛋白质靶标上,而不是识别对整个系统有积极影响的化合物。在筛选针对已知靶蛋白的活性时,测试包含可通过实际的既定化学方法轻松获得的结构的化合物库或寻找可通过高产率反应组合的具有互补亲和力的片段是有意义的。这样,人们不仅发现具有所需活性的先导化合物,而且还发现已知合成途径的化合物。

一段时间以来,这种热度下降的趋势似乎还会持续下去。天然产物的全合成似乎更多地是对学术界化学家的智力挑战,或作为新反应的试验场,而不是真正实用的药物开发工具。虽然天然产物化学家继续从自然界中发现更复杂的生物活性化合物,但药物化学越来越多地转向高通量筛选合成库,以寻求灵感和更可靠的反应,以实现工程多样性。然而,天然产物的潮流可能再次出现转变。近年来,人们对天然产物的兴趣又重新燃起。这种复兴至少在一定程度上是由基因组测序、生物信息学的进步和异源表达平台的成熟所推动的。天然产物化学已经提供并将继续提供大量有趣的结构。然而,现在也越来越多产生不同化学物质的物种的基因组和转录组可供使用。结合强大而快速的异源表达方法的发展,这使得人们能够探索这些复杂化合物的生物合成,并且实际上,通过应用合成生物学,操纵这些途径来设计新的类似物。因此,合成生物学和天然产物化学之间的新界面正在成为未来药物化学家的潜在强大工具。

三萜是结构最多样化的天然产物家族之一。尽管多样性巨大,但所有三萜醇均来自同一种线性前体 — — 一种称为 2,3-氧化角鲨烯的化合物。氧化角鲨烯环化酶 (OSC) 控制这种底物的差异环化,形成大量不同的基础支架。然后,这些结构通过定制酶进一步修饰,例如但不限于细胞色素 P450 (CYP450s)(图 1)。结果是产生了丰富的结构多样性,但都具有共同的生物起源。鉴于这一化学空间的广度,据报道具有广泛的生物活性也就不足为奇了。然而,这种潜力尚未转化为大量临床使用的药物。事实上,三萜衍生药物在临床中的代表性不足,只有少数例子在临床使用或后期开发中,例如疫苗佐剂 QS-21 和半合成三萜巴多索隆甲基。这两种分子都基于相同的 OSC 产品(β-香树脂素)。QS-21 因其免疫刺激特性而用于疫苗制剂中,以预防带状疱疹,这是一种由带状疱疹病毒引起的疾病。这种疫苗的专利名称为 “Shingrix”,由葛兰素史克公司生产。QS-21 目前是从智利树 Quillaja saponaria 的树皮中分离出来的。美国公司 Reata Pharmaceuticals 目前正在寻求监管部门批准在美国使用巴多索隆甲基治疗慢性肾病。这种化合物的抗炎特性与 III 期临床试验中阿尔波特综合征患者的肾功能显著改善有关。

所有三萜的结构多样性都具有共同的起源。植物是这种多样性的丰富来源。OSC 和定制酶将 2,3-氧化角鲨烯转化为大量独特的化合物。已知自然界中有数万种三萜。

许多多环三萜骨架具有刚性但形状优美的性质,似乎是探索修饰以增加与靶蛋白结合亲和力的绝佳基础结构。在不同位置添加的功能基团将保持在一致的相对空间中,从而限制从高亲和力构象到低亲和力构象的变化。事实上,刚性化是药物开发过程中优化先导化合物的常用策略。然而,与自然界进化出能够用不同化学特征选择性修饰这些裸露骨架的酶不同,合成化学在可直接进行的修饰方面受到限制。此外,当目标是快速探索结构-活性关系时,通过一系列复杂的全合成生成类似物是一种不具吸引力的前景。

三萜在自然界中广泛存在,但三萜多样性最丰富的来源是植物界。动物通常只具有一种 OSC,它可以产生胆固醇和类固醇激素等必需代谢物的生物合成中的重要中间体,而植物基因组通常编码超过 10 种 OSC。这反映了植物利用三萜化学来发挥更多样化和专业化作用的程度,例如,生产化合物来抵御昆虫的攻击(图 1)。我们实验室的一个主要重点是应用瞬时植物表达来探索并越来越多地操纵这种化学空间的生物合成。


瞬时植物表达:三萜生物合成的新途径

瞬时植物表达是一种快速确定异源基因功能的策略。目的基因以表达构建体的形式引入植物。宿主细胞机制被劫持,异源基因得到表达,导致宿主细胞产生编码的蛋白质,就像病毒一样。事实上,瞬时表达中使用的许多载体都是基于病毒基因组的。一个非常成功的例子是 CPMV- HT™系统。该载体利用了一种名为豇豆花叶病毒的天然植物叶病原体的元素。目的基因两侧是来自该病毒的非翻译代码区。当载体被引入叶细胞时,5′ 序列的修改会导致高水平的蛋白质产生。事实上,HT 代表 HyperTranslatable

与病毒不同,CPMV- HT™ 载体不会复制或编码允许新副本进入邻近细胞的蛋白质。相反,载体通过农杆菌进入叶细胞,这一过程称为农杆菌浸润。在此过程中,携带载体的细菌悬浮液被迫通过叶子下侧的气孔。这通常是通过使用无针注射器施加压力来实现的,注射器嘴在叶子表面形成密封。结果是空气被取代,细胞间隙被悬浮液填充。一旦进入叶子内部,农杆菌就会发挥其自然功能,将遗传信息转移到叶细胞内部,包括来自引入的 CPMV- HT™ 载体的 T-DNA(图 2)。

农杆菌浸润过程示意图,用于在本氏烟中瞬时表达 CPMV- HT™ 载体编码的生物合成基因。翻译的蛋白质可以将内源性的 2,3-氧化角鲨烯供应转移到通常不会产生的三萜产品的植物上。
最常用于瞬时表达的植物是本氏烟,它是烟草植物的野生近亲。本氏烟生长迅速,特别适合该技术,其叶子形态也适合浸润。通常,5 周大的植物用于瞬时表达实验。该过程很快,只需几天时间,浸润的叶子组织中就会积累大量所需蛋白质。在研究植物蛋白质时,使用植物作为异源表达宿主比酵母和细菌等微生物系统有许多优势。细胞结构本质上支持适当的 mRNA 和蛋白质加工以及适当的区域化。此外,对于生物合成酶的研究,本氏烟本身具有许多必要的辅酶、还原酶(用于 CYP450)和代谢前体。
所有三萜类化合物的多样性都源自单一的线性前体,这一事实使得三萜类化合物的研究尤为有吸引力。通过相关生物合成酶的瞬时表达,可以将内源性的 2,3-氧化角鲨烯供应转移到生产来自其他物种的三萜衍生化合物,从而探索本氏烟中这一广阔的化学空间(图 2)。此外,碳源是光合作用。因此,植物可以简单地在优质堆肥中生长,只需要水、二氧化碳和阳光作为能源。
瞬时表达的一大优势是可以轻松研究酶组合的活性。无需构建大型多基因载体。只需将含有不同表达构建体的不同农杆菌菌株共浸润,以适当的浓度混合在单一悬浮液中,即可实现共表达(图 2)。这可以快速方便地筛选出疑似协同发挥作用的候选酶。利用这一优势可以快速拼凑生物合成途径。在这里,三萜的共同生物合成起源提供了另一个优势。由于所有三萜途径都是由 OSC 介导的特定支架生成启动的,因此这些酶提供了方便的生物信息学处理来探测下游步骤。OSC 基因可以用作诱饵,通过使用共表达分析来识别具有相似表达模式的基因,以搜索可能编码下游定制酶的基因。在基因组层面,这些信息还可以与物理接近度相结合,进一步优先考虑可能参与目标途径的基因。越来越多的所谓生物合成基因簇的例子在植物中被发现。这些是染色体区域,含有高密度的共定位和共表达基因,它们共同构成了不同类型的专门代谢物的生物合成途径(图 3)。

假设基因簇的示意图。在研究三萜生物合成途径时,OSC 可以作为发现剪裁酶的诱饵。与不同家族的剪裁酶相比,它们的数量较少。
随着这些策略的成熟,合成这些途径的操作正在成为设计新结构的真正可能性。共表达的便利性使得人们能够筛选出具有互补活性的非天然酶组合,即在相同支架上但以不同的生物合成途径起作用的酶。我们已经使用这种组合生物合成方法来生成新的 β-香树脂素变体。这使我们能够开始探究导致这种三萜化合物具有抗炎特性的结构-活性关系。
CPMV- HT™ 载体的发明者、使用瞬时表达生产疫苗病毒样颗粒等蛋白质的先驱 George Lomonossoff 教授曾表达过一著名观点:“瞬时表达很快就会失败”。这是一个事实,但也鼓励科学家们探索更具推测性和雄心勃勃的方案策略。同时,该系统不仅仅是一个发现平台。它本身也是一个潜在的生产系统,有可能使用相同的基本程序将这些发现转化为商业上有用的产品。只需增加实验中使用的植物数量,就可以线性且可靠地扩展该过程。从手工浸入单个叶子到真空浸入整个植物可以实现大规模生产(图 4)。事实上,这已经在蛋白质的工业规模上进行了。加拿大公司 Medicago 正在建造一个新的设施,该设施能够使用瞬时植物表达技术每年生产 5000 万剂流感疫苗。即使在实验室规模,我们也使用真空渗透法生产了克级数量的三萜产品。对于不熟悉此类技术的人来说,这可能听起来并不重要,但这比此类实验中生产的典型数量或实际上从复杂的天然产物的典型全合成中生产的数量高出许多个数量级,并且不需要长时间的优化。从某种角度来看,分离产品的商业价值超过 20,000 英镑(图 4)。事实上,即使是低克级生产也为更广泛的临床研究(如早期毒理学筛选和动物模型中的药代动力学研究)打开了大门。

农杆菌浸润法的瞬时表达可通过真空浸润法扩大规模,从而生产出高价值产品。图片显示,通过这种方式生产出价值超过 20,000 英镑的纯 β-香树脂素。该过程几乎不需要优化,并且可以在实验室规模上实现。该技术已在工业规模上用于生产疫苗蛋白质产品。还建立了中级扩大设施来协助转化。

天然产物在药物研发中的前景再次一片光明。自然界中仍有大量尚未开发的化学多样性等待开发。随着合成生物学和天然产物化学之间的协同作用不断增强,在不久的将来,我们就可以借助植物,利用光合作用和“稀薄空气”生产新药。

END \

再创丨Regenesis
机器,正在生物化;而生物,正在工程化。
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